89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00385 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00385  putative glycin-rich transmembrane protein  100 
 
 		 222 aa  414  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3620  17 kDa surface antigen  67.93 
 
 		 236 aa  165  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4697  17 kDa surface antigen  67.93 
 
 		 236 aa  165  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.333957  normal  0.0653539 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0840  17 kDa surface antigen  48.41 
 
 		 168 aa  87  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0572265 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0899  outer membrane lipoprotein transmembrane  55.05 
 
 		 167 aa  85.9  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00272241  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0769  17 kDa surface antigen  51.38 
 
 		 163 aa  85.1  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.529266  normal  0.0236925 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2480  17 kDa surface antigen-like protein  45.86 
 
 		 177 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.980301  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0918  17 kDa surface antigen  44.85 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1003  17 kDa surface antigen  44.85 
 
 		 165 aa  82  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0849  17 kDa surface antigen  48.61 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5234  17 kDa surface antigen  40.24 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5575  surface antigen protein  46.7 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.424494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5625  17 kDa surface antigen  40.24 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220709  normal  0.0159802 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0066  outer membrane lipoprotein  38.12 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.647379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4605  17 kDa surface antigen  39.52 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109506  hitchhiker  0.000338876 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1411  surface antigen family protein  40.56 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.895937  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1607  surface antigen family protein  40.56 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.962323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2531  surface antigen family protein  40.56 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0957  SlyB protein  40.56 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0228  hypothetical protein  40.56 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.557986  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0265  surface antigen family protein  40.56 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2673  surface antigen family protein  40.56 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.110868  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3644  surface antigen precursor  50.89 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3565  17 kDa surface antigen  34.94 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.221572 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1189  17 kDa surface antigen  44.64 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.476114  normal  0.804966 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0511  hypothetical protein  42.31 
 
 		 208 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3223  17 kDa surface antigen  38.96 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.866673  normal  0.25243 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2656  17 kDa surface antigen  42.5 
 
 		 173 aa  67  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.128557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4902  17 kDa surface antigen  34.59 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.336046 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0072  17 kDa surface antigen  48.15 
 
 		 157 aa  63.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5451  17 kDa surface antigen  42.17 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.349423  normal  0.317102 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3177  17 kDa surface antigen  41.61 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0223  17 kDa surface antigen  40.29 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1308  17 kDa surface antigen  38.68 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2792  putative outer membrane lipoprotein transmembrane  34.82 
 
 		 155 aa  57  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00797712  normal  0.981386 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3449  17 kDa surface antigen  41.58 
 
 		 157 aa  56.6  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499306  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1311  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000260311 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2491  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075989 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2537  17 kDa surface antigen  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.014281  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1232  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0260587  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1233  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01114  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01106  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1490  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00309897 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2157  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000013622 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1973  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.126955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2213  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1288  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1326  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000689224 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04811  peptidoglycan-associated outer membrane lipoprotein  33.57 
 
 		 159 aa  53.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.671039  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1625  hypothetical protein  49.15 
 
 		 175 aa  53.9  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.813311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1927  hypothetical protein  46.38 
 
 		 178 aa  53.5  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.339305  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2016  hypothetical protein  49.15 
 
 		 179 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246184 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2635  17 kDa surface antigen  39.47 
 
 		 162 aa  52  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1330  17 kDa surface antigen  36.88 
 
 		 185 aa  51.6  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3687  17 kDa surface antigen  56.1 
 
 		 175 aa  47.8  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.108599  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0501  17 kDa surface antigen  36.05 
 
 		 208 aa  47.4  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.38892  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2052  hypothetical protein  38.95 
 
 		 155 aa  47.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000276746  normal  0.361668 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1882  hypothetical protein  44.44 
 
 		 242 aa  47  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.899605  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2866  hypothetical protein  47.46 
 
 		 179 aa  46.6  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0152  17 kDa surface antigen  35.22 
 
 		 294 aa  46.6  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1597  hypothetical protein  47.46 
 
 		 179 aa  46.2  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0188562  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3439  17 kDa surface antigen  40.56 
 
 		 166 aa  46.2  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1151  17 kDa surface antigen  40.2 
 
 		 154 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.965272  normal  0.0962172 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1705  hypothetical protein  47.46 
 
 		 179 aa  46.2  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0526  putative outer membrane lipoprotein, SlyB-like  37.72 
 
 		 158 aa  45.8  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0527356  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2528  17 kDa surface antigen  37.65 
 
 		 158 aa  45.4  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000371225  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0470  17 kDa surface antigen  38 
 
 		 150 aa  45.1  0.0009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000215158  normal  0.945637 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2485  hypothetical protein  49.23 
 
 		 179 aa  44.7  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0957  17 kDa surface antigen  34.67 
 
 		 247 aa  43.5  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.20991  normal  0.0647122 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1033  17 kDa surface antigen  40.54 
 
 		 234 aa  43.5  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.244609 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1609  hypothetical protein  47.46 
 
 		 179 aa  43.9  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.443793  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3432  17 kDa surface antigen  36.84 
 
 		 158 aa  43.5  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0751416  normal  0.0130273 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2791  hypothetical protein  49.23 
 
 		 179 aa  43.9  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0358  17 kDa surface antigen  52.38 
 
 		 124 aa  43.1  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.649032 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2871  17 kDa surface antigen-like protein  34.58 
 
 		 155 aa  43.1  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000441534  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1640  hypothetical protein  50 
 
 		 179 aa  43.1  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0746149  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0170  17 kDa surface antigen  36.43 
 
 		 280 aa  43.1  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0398625  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1890  17 kDa surface antigen  35.8 
 
 		 158 aa  42.7  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.219648  hitchhiker  0.0000108744 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1300  17 kDa surface antigen  31.34 
 
 		 155 aa  42.7  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.843728  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3682  outer membrane lipoprotein  30.28 
 
 		 157 aa  42.7  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0863126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3462  17 kDa surface antigen  38.24 
 
 		 259 aa  42.4  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0116  17 kDa surface antigen  33.33 
 
 		 157 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.72771  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0599  17 kDa surface antigen  33.33 
 
 		 157 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.181181  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0568  17 kDa surface antigen  33.33 
 
 		 157 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.533396  decreased coverage  0.000059328 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1027  hypothetical protein  40.59 
 
 		 250 aa  42  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.58697  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1639  17 kDa surface antigen  53.19 
 
 		 171 aa  42  0.008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3513  17 kDa surface antigen  41.11 
 
 		 241 aa  41.6  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.673151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4587  17 kDa surface antigen  41.11 
 
 		 241 aa  41.6  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>