More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00359 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS00359  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 
255 aa  520  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.580904  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1602  extracellular solute-binding protein  65.71 
 
 
258 aa  348  5e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0401  extracellular solute-binding protein  65.09 
 
 
254 aa  340  1e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0301  extracellular solute-binding protein  63.68 
 
 
255 aa  324  8.000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0246  extracellular solute-binding protein  57.76 
 
 
253 aa  290  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.469708 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0240  extracellular solute-binding protein family 3  57.33 
 
 
253 aa  288  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.551221  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0360  extracellular solute-binding protein  57.69 
 
 
256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 
252 aa  256  3e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  49.8 
 
 
272 aa  240  2e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
260 aa  142  6e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 
266 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
261 aa  135  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.77 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  35.78 
 
 
264 aa  133  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  33.77 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.81 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  33.62 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  32.2 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  32.2 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  32.2 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  32.02 
 
 
265 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  34.58 
 
 
261 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.42 
 
 
264 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.22 
 
 
251 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  32.2 
 
 
266 aa  128  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  32.2 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  32.03 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.03 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.03 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  32.03 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  35.04 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  31.73 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.03 
 
 
264 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  31.5 
 
 
266 aa  126  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
258 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  31.73 
 
 
285 aa  126  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  31.64 
 
 
264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  33.49 
 
 
264 aa  125  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  31.33 
 
 
266 aa  125  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  31.33 
 
 
266 aa  125  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  35.87 
 
 
251 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.03 
 
 
264 aa  125  7e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  34.05 
 
 
266 aa  125  8.000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  34.05 
 
 
266 aa  125  8.000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  31.33 
 
 
266 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 
253 aa  125  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  34.05 
 
 
266 aa  125  8.000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  31.33 
 
 
285 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  32.43 
 
 
263 aa  124  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  31.88 
 
 
266 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  32.56 
 
 
268 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  32.16 
 
 
265 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
252 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  34.08 
 
 
249 aa  122  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 
260 aa  122  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  35.18 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  32.79 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  34.3 
 
 
265 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.29 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  35.87 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2998  extracellular solute-binding protein family 3  34 
 
 
273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.29 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.3 
 
 
250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.3 
 
 
250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.69 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 
260 aa  119  6e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 
277 aa  119  6e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.79 
 
 
253 aa  119  7e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.75 
 
 
265 aa  118  9e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  34.75 
 
 
265 aa  118  9e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  34.75 
 
 
265 aa  118  9e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.75 
 
 
265 aa  118  9e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  34.51 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.75 
 
 
265 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.89 
 
 
250 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 
246 aa  117  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.03 
 
 
256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  34.1 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.89 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.32 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.32 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.89 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.32 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  34.98 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  31.28 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  34.98 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.89 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.89 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.46 
 
 
268 aa  116  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.61 
 
 
260 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  31.91 
 
 
264 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  32.68 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  34.1 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  31.92 
 
 
262 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.8 
 
 
266 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>