More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4289 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4289  ABC transporter related  100 
 
 
239 aa  487  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00311988 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2666  ABC transporter related  60.67 
 
 
240 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297517  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3205  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  60.5 
 
 
238 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3017  ABC transporter related  60.76 
 
 
239 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.207365 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3319  ABC transporter related  59.32 
 
 
248 aa  300  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0806  ABC transporter related  50.21 
 
 
241 aa  245  4e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5756  ABC transporter related  50.85 
 
 
236 aa  240  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.638783  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1563  ABC transporter related protein  48.52 
 
 
259 aa  226  3e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1253  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  44.63 
 
 
244 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.133556 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3501  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  46.67 
 
 
257 aa  209  5e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.638418  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4449  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.92 
 
 
242 aa  208  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112692 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2989  ABC transporter ATP-binding protein  45.34 
 
 
271 aa  204  8e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.866149 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3457  ABC transporter related  46.34 
 
 
254 aa  202  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1049  ABC transporter related  46.34 
 
 
254 aa  201  6e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2698  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  44.86 
 
 
245 aa  201  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.358687  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3699  ABC transporter related  42.62 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.195914  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1424  ABC transporter-related protein  46.22 
 
 
268 aa  198  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3507  ABC transporter related  41.8 
 
 
254 aa  198  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0491012  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2775  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  46.55 
 
 
254 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4188  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  40.98 
 
 
254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2158  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  43.85 
 
 
278 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1991  ABC transporter related  43.44 
 
 
265 aa  196  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.662576  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1797  ABC transporter related  41.39 
 
 
254 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131538  normal  0.177117 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1047  ABC transporter related  45.04 
 
 
244 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  42.35 
 
 
264 aa  195  5.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0352  ABC transporter related  42.8 
 
 
243 aa  195  5.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.97784 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  41.57 
 
 
265 aa  195  6e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4901  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  45.34 
 
 
285 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0221262 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2972  response regulator receiver domain-containing protein  44.77 
 
 
248 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.85607  normal  0.195493 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0191  ABC transporter related  43.03 
 
 
280 aa  193  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4844  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  44.94 
 
 
285 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.21445 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1375  ABC transporter related  41.15 
 
 
255 aa  192  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4636  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  44.53 
 
 
285 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.880683  normal  0.0525731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4722  ABC transporter related  44.94 
 
 
285 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.194668  hitchhiker  0.00869396 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1100  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  44.31 
 
 
276 aa  191  8e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.873778  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2497  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.62 
 
 
273 aa  190  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0109341  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5582  urea ABC transporter ATP-binding protein UrtD  44.08 
 
 
285 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1022  ABC transporter related  42.62 
 
 
255 aa  189  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.216915  normal  0.173863 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2310  ABC transporter related  42.39 
 
 
290 aa  189  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3520  ABC transporter-related protein  41.53 
 
 
257 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.341337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2998  ABC transporter related  42.21 
 
 
274 aa  190  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64300  putative ATP-binding component of ABC transporter  44.08 
 
 
285 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2004  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  43.8 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3371  ABC transporter related  41.13 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2743  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  41.39 
 
 
263 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3237  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  43.57 
 
 
259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0314824  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3864  ABC transporter related  43.15 
 
 
252 aa  188  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0587  ABC transporter-like  42.86 
 
 
289 aa  188  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2123  ABC transporter-like protein  42.45 
 
 
250 aa  188  7e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.542398 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1945  ABC transporter related protein  41.41 
 
 
257 aa  188  8e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2247  ATPase  41.8 
 
 
251 aa  187  1e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0951  ABC transporter related  42.11 
 
 
283 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2270  ABC transporter related  41.8 
 
 
257 aa  187  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.881925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4888  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.86 
 
 
286 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0196  ABC transporter related  43.03 
 
 
251 aa  186  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3344  ABC transporter ATP-binding protein  42.11 
 
 
256 aa  186  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3539  ABC transporter related  41.3 
 
 
256 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.610144  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4009  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  40.98 
 
 
292 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3213  ABC transporter related  41.3 
 
 
256 aa  185  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1396  ABC transporter related  40.57 
 
 
293 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.299838  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7015  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  41.22 
 
 
253 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.61355  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4429  ABC transporter  42.86 
 
 
286 aa  185  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0944  ABC transporter related  43.39 
 
 
244 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2168  ABC transporter related  43.31 
 
 
274 aa  185  6e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1435  ABC transporter related  41.49 
 
 
278 aa  184  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627828  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1956  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.08 
 
 
247 aa  184  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1820  ABC transporter related protein  40.57 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.257202  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1499  ABC transporter related  43.64 
 
 
244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.229827  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1671  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  45.04 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.513247  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3487  ABC transporter related  40.41 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.170607  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1000  ABC transporter related  40.74 
 
 
292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4075  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.21 
 
 
253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.416831  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3060  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  40.82 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.963696  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1446  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.98 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.685432  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1503  ABC transporter related  42.62 
 
 
246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.560839  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3782  ABC transporter related  41.63 
 
 
263 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0698  ABC transporter related  42.04 
 
 
280 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3209  ABC transporter related  41.06 
 
 
253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.271169  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1286  ABC transporter related  43.09 
 
 
246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4226  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  43.09 
 
 
257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0369826  normal  0.231992 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1514  ABC transporter related  41.9 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.168064  normal  0.658577 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3315  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  40.82 
 
 
251 aa  182  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1075  ABC transporter related  41.46 
 
 
278 aa  182  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00032373  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3861  ABC transporter related  43.62 
 
 
251 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3569  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  43.15 
 
 
262 aa  182  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.376374  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1280  ABC transporter-related protein  41.13 
 
 
277 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78204  normal  0.312074 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1255  ABC transporter related  42.56 
 
 
251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4907  ABC transporter related  41.74 
 
 
266 aa  182  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0700  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  41.37 
 
 
294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3378  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.74 
 
 
262 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0596  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.98 
 
 
256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393475  normal  0.0536117 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3687  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  42.74 
 
 
262 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1723  ABC transporter related  39.36 
 
 
256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  42.44 
 
 
247 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00618326  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  37.85 
 
 
254 aa  182  6e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3392  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  41.41 
 
 
256 aa  181  7e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3142  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  41.84 
 
 
247 aa  181  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589399  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3208  ABC transporter related  41.8 
 
 
291 aa  181  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.260719  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0657  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  42.04 
 
 
251 aa  181  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.357814 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2553  ABC transporter related  38.89 
 
 
255 aa  181  9.000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>