72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4263 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4263  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  100 
 
 		 400 aa  770    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409839  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4379  hypothetical protein  86.25 
 
 		 400 aa  635    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.204255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4968  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  78.75 
 
 		 400 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1528  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  57.69 
 
 		 368 aa  363  4e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3665  YeeE/YedE family membrane protein  43.52 
 
 		 352 aa  237  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0151  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  40.24 
 
 		 345 aa  207  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4152  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  42.15 
 
 		 347 aa  206  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0839918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2872  hypothetical protein  38.53 
 
 		 357 aa  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.418737  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2813  hypothetical protein  36.75 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.106511 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3923  hypothetical protein  37.32 
 
 		 348 aa  173  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.554926 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4145  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  37.9 
 
 		 349 aa  169  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689999  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2696  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  35.82 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0739  hypothetical protein  34.03 
 
 		 371 aa  159  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.359729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2671  hypothetical protein  34.76 
 
 		 371 aa  159  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00350575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0811  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  32.48 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.865482  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3776  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  36.63 
 
 		 373 aa  156  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1028  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  33.23 
 
 		 373 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4041  YeeE/YedE  34.18 
 
 		 367 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0799  YeeE/YedE  34.74 
 
 		 373 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236196  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1941  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  32.81 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.368246 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0688  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  34.63 
 
 		 371 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277778  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1268  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  38.19 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0777  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  34.23 
 
 		 368 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.226768  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4381  hypothetical protein  36.73 
 
 		 351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0732  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  34.63 
 
 		 371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.90241  normal  0.157208 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4970  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  34.4 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.317851  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1667  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  31.62 
 
 		 423 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.432658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2201  transmembrane protein  31.67 
 
 		 420 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000866574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3681  putative membrane protein of unknown function with YeeE/YedE motives  32.68 
 
 		 366 aa  123  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0571  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  30.77 
 
 		 423 aa  123  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.484751  normal  0.560137 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1987  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  31.44 
 
 		 374 aa  120  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3126  YeeE/YedE  30.6 
 
 		 361 aa  113  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4250  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  34.23 
 
 		 363 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.778498  normal  0.233136 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2224  hypothetical protein  31.18 
 
 		 421 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1485  putative transmembrane protein  34.64 
 
 		 374 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.552146 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4366  hypothetical protein  33.94 
 
 		 363 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4955  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  32.04 
 
 		 370 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1966  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  29.44 
 
 		 421 aa  103  8e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629772  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1097  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  31.03 
 
 		 355 aa  100  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.661012 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3774  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  30.53 
 
 		 374 aa  98.2  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1287  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  32 
 
 		 364 aa  97.8  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.298807 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00550  predicted transporter component  31.62 
 
 		 385 aa  95.5  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2440  putative transmembrane protein  31.47 
 
 		 373 aa  94  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.746191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3909  hypothetical protein  32.44 
 
 		 353 aa  93.2  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.192183 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2119  hypothetical protein  23.8 
 
 		 359 aa  88.6  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0187465  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2082  hypothetical protein  23.8 
 
 		 359 aa  88.6  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000100553  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4161  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  29.31 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.521985 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04720  YeeE/YedE family protein (DUF395)  30.03 
 
 		 359 aa  85.9  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2151  YeeE/YedE family membrane protein  24.64 
 
 		 352 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01902  hypothetical protein  26.3 
 
 		 352 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01916  predicted inner membrane protein  26.3 
 
 		 352 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1823  transporter component  26.27 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00974172  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1627  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  24.06 
 
 		 352 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.275433 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2101  inner membrane protein YeeE  26.65 
 
 		 344 aa  72.4  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1047  YeeE/YedE family membrane protein  26.3 
 
 		 352 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.588627  normal  0.12651 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2946  membrane protein, YeeE/YedE family  25.72 
 
 		 352 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000897604 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1759  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  28.96 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000112803  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2304  YeeE/YedE family membrane protein  24.35 
 
 		 349 aa  66.6  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1644  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.61 
 
 		 334 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0511  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  25.62 
 
 		 330 aa  63.2  0.000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000413537  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22780  YeeE/YedE family protein (DUF395)  27.76 
 
 		 375 aa  60.8  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1691  hypothetical protein  26.95 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.187562 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1055  hypothetical protein  26.15 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.523045  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3453  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  33.84 
 
 		 371 aa  54.3  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0045  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  30.09 
 
 		 216 aa  50.1  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4319  protein of unknown function DUF395, YeeE/YedE  29.53 
 
 		 354 aa  49.3  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0355318  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2590  hypothetical protein  29.33 
 
 		 455 aa  49.7  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0449  hypothetical protein  33.33 
 
 		 394 aa  47  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1260  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  30.43 
 
 		 402 aa  46.6  0.0009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1170  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  26.65 
 
 		 368 aa  44.3  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.100634  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04350  YeeE/YedE family protein (DUF395)  25.21 
 
 		 355 aa  43.9  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00217444 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1696  protein of unknown function DUF395 YeeE/YedE  28.86 
 
 		 185 aa  43.1  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000839516 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>