189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4143 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  100 
 
 		 345 aa  679    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  77.81 
 
 		 321 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  70.51 
 
 		 345 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  62.5 
 
 		 305 aa  372  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  60.63 
 
 		 336 aa  346  3e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  58.64 
 
 		 348 aa  338  9e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  56.53 
 
 		 323 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  38.24 
 
 		 386 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  33.43 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  37.15 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  37.92 
 
 		 395 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  33.82 
 
 		 341 aa  157  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  33.82 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  32.65 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  31.27 
 
 		 329 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  32.35 
 
 		 328 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  31.91 
 
 		 329 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  31.13 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  28.18 
 
 		 333 aa  122  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  28.79 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  38.64 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  31.88 
 
 		 505 aa  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  31.16 
 
 		 488 aa  90.1  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  34.15 
 
 		 279 aa  90.1  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  31.16 
 
 		 488 aa  90.1  6e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  32.68 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  36.36 
 
 		 283 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  32.48 
 
 		 377 aa  74.3  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  36.54 
 
 		 325 aa  72.8  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  33.63 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  40.45 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  34.31 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  35.16 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  30.23 
 
 		 236 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  33.33 
 
 		 258 aa  65.5  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  32.74 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  34.48 
 
 		 487 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  30 
 
 		 335 aa  63.5  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  29.79 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  30.33 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3115  TPR repeat-containing protein  31.19 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.479676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  30.77 
 
 		 300 aa  62  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  30.77 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  26.45 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  36.73 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  30.36 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  28.3 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  28.3 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  31.13 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003911  TPR repeat-containing protein  30.5 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100041  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  29.38 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  31.13 
 
 		 272 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  31.91 
 
 		 222 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  29 
 
 		 261 aa  58.9  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  27 
 
 		 266 aa  59.3  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1427  hypothetical protein  41.67 
 
 		 254 aa  59.3  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610917  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  26.72 
 
 		 262 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  29.38 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  28.3 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  29.25 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  32.35 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  30.36 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  29.06 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  29.38 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  29.61 
 
 		 263 aa  57  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 262 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  28.85 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  29.41 
 
 		 285 aa  57  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 262 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 262 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  29.25 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  29.61 
 
 		 263 aa  57  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  29.61 
 
 		 263 aa  57  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  34.88 
 
 		 257 aa  57  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 262 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  29.61 
 
 		 263 aa  57  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  29.61 
 
 		 263 aa  57  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  29.61 
 
 		 263 aa  57  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  29.25 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  28.04 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  24.8 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  34.86 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  29.77 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  30.89 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  29.41 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  29.41 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  34.52 
 
 		 257 aa  55.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  29.25 
 
 		 279 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  33.33 
 
 		 188 aa  55.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  31.11 
 
 		 264 aa  55.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  30.7 
 
 		 322 aa  54.7  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  30.34 
 
 		 283 aa  54.7  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1900  hypothetical protein  36.11 
 
 		 254 aa  54.7  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.311417  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  29.29 
 
 		 258 aa  55.1  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  25.25 
 
 		 269 aa  54.3  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  25.25 
 
 		 269 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  28.04 
 
 		 350 aa  54.3  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  31.31 
 
 		 271 aa  54.3  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  25.25 
 
 		 269 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>