106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3906 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2969  phosphoserine aminotransferase  84.72 
 
 		 390 aa  679    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1314  phosphoserine aminotransferase  97.42 
 
 		 390 aa  760    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4107  phosphoserine aminotransferase  88.86 
 
 		 390 aa  684    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3906  phosphoserine aminotransferase  100 
 
 		 389 aa  777    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1118  phosphoserine aminotransferase  84.97 
 
 		 390 aa  677    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.837238  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1825  phosphoserine aminotransferase  85.23 
 
 		 390 aa  675    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4790  phosphoserine aminotransferase  91.71 
 
 		 390 aa  719    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1270  phosphoserine aminotransferase  77.78 
 
 		 390 aa  619  1e-176  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.722575  normal  0.0220026 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1759  phosphoserine aminotransferase  73.9 
 
 		 390 aa  591  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1687  phosphoserine aminotransferase  73.4 
 
 		 391 aa  582  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1631  phosphoserine aminotransferase  73.4 
 
 		 391 aa  582  1.0000000000000001e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1228  phosphoserine aminotransferase  73.4 
 
 		 391 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.858979  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3162  phosphoserine aminotransferase  72.42 
 
 		 390 aa  578  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4468  phosphoserine aminotransferase  72.91 
 
 		 395 aa  579  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0805419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3487  phosphoserine aminotransferase  73.2 
 
 		 392 aa  579  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.146301 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1203  phosphoserine aminotransferase  74.04 
 
 		 391 aa  573  1.0000000000000001e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.509685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2619  phosphoserine aminotransferase  71.76 
 
 		 392 aa  570  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.790284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3193  phosphoserine aminotransferase  73.35 
 
 		 392 aa  567  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2137  phosphoserine aminotransferase  71.5 
 
 		 390 aa  565  1e-160  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6799  phosphoserine aminotransferase  71.28 
 
 		 390 aa  566  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3596  phosphoserine aminotransferase  70.8 
 
 		 392 aa  563  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6395  phosphoserine aminotransferase  70.51 
 
 		 390 aa  556  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0271  phosphoserine aminotransferase  68.32 
 
 		 384 aa  553  1e-156  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1381  phosphoserine aminotransferase  66.06 
 
 		 391 aa  535  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.705513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4686  phosphoserine aminotransferase  68.24 
 
 		 385 aa  528  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0966475  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3625  phosphoserine aminotransferase  65.9 
 
 		 389 aa  527  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0111727 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0009  phosphoserine aminotransferase  70.13 
 
 		 385 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470966 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1351  phosphoserine aminotransferase  69.33 
 
 		 385 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0019  phosphoserine aminotransferase  69.07 
 
 		 385 aa  518  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.625481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0659  phosphoserine aminotransferase  67.37 
 
 		 391 aa  513  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.381901 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0670  phosphoserine aminotransferase  67.63 
 
 		 391 aa  514  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.786402  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5460  phosphoserine aminotransferase  65.37 
 
 		 385 aa  513  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0638  phosphoserine aminotransferase  65.17 
 
 		 391 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.612941  normal  0.204061 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1171  phosphoserine aminotransferase  62.79 
 
 		 392 aa  504  1e-141  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0861672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3317  phosphoserine aminotransferase  70.67 
 
 		 384 aa  504  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.904643 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6961  phosphoserine aminotransferase  62.86 
 
 		 399 aa  504  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0260  phosphoserine aminotransferase  67.46 
 
 		 389 aa  501  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2679  phosphoserine aminotransferase  63.99 
 
 		 379 aa  497  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3020  phosphoserine aminotransferase  68.09 
 
 		 381 aa  495  1e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.285129 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0813  phosphoserine aminotransferase  67.7 
 
 		 384 aa  495  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.120229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1104  phosphoserine aminotransferase  64.4 
 
 		 384 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0295  phosphoserine aminotransferase  60.27 
 
 		 372 aa  481  1e-135  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000953711  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2651  phosphoserine aminotransferase  62.69 
 
 		 396 aa  484  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311061  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1332  phosphoserine aminotransferase  60.26 
 
 		 371 aa  479  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1294  phosphoserine aminotransferase  61.74 
 
 		 370 aa  474  1e-133  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.303177  normal  0.291609 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0617  phosphoserine aminotransferase  61.26 
 
 		 376 aa  476  1e-133  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.890804 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0508  phosphoserine aminotransferase  58.73 
 
 		 374 aa  464  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957618  normal  0.349025 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0477  phosphoserine aminotransferase  58.33 
 
 		 393 aa  451  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108745 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42458  phosphoserine transaminase  58.25 
 
 		 409 aa  448  1e-125  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.809086  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0555  phosphoserine aminotransferase  50.52 
 
 		 410 aa  399  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00636071 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0711  phosphoserine transaminase  26.42 
 
 		 383 aa  99  1e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000109089 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7228  phosphoserine aminotransferase  28.06 
 
 		 374 aa  90.9  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0082  phosphoserine aminotransferase  28.09 
 
 		 374 aa  90.5  5e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5033  phosphoserine aminotransferase  27.34 
 
 		 371 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.621605  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0246  phosphoserine aminotransferase  26.05 
 
 		 373 aa  88.6  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.132433  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0519  phosphoserine aminotransferase  25.66 
 
 		 370 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.300823  normal  0.0573772 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4464  phosphoserine aminotransferase  25.06 
 
 		 370 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4551  phosphoserine aminotransferase  25.06 
 
 		 370 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.413402  normal  0.39579 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4847  phosphoserine aminotransferase  25.06 
 
 		 370 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.599568  normal  0.0428667 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1718  phosphoserine aminotransferase  25.52 
 
 		 395 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.017199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04180  phosphoserine aminotransferase  25.71 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0305971  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10901  phosphoserine aminotransferase  24.42 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0832  phosphoserine aminotransferase  24.87 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.588102  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4171  phosphoserine aminotransferase  25.41 
 
 		 376 aa  82.8  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.309749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33860  phosphoserine aminotransferase  24.42 
 
 		 376 aa  82.8  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8790  phosphoserine aminotransferase  25.26 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0114  phosphoserine aminotransferase  24.87 
 
 		 377 aa  80.9  0.00000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0510  phosphoserine aminotransferase  25.2 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00655495  hitchhiker  0.00256557 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1783  phosphoserine aminotransferase  26.18 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1004  Phosphoserine aminotransferase-like protein  25.13 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0020  aminotransferase class V  25.45 
 
 		 373 aa  79.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13530  phosphoserine aminotransferase  24.87 
 
 		 387 aa  79.3  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.39837  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0325  phosphoserine aminotransferase  24.62 
 
 		 372 aa  79  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.349645  normal  0.0459701 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0514  phosphoserine aminotransferase  24.74 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0238654  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4709  phosphoserine aminotransferase  26.56 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0829  phosphoserine aminotransferase  25.52 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.726132  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0847  phosphoserine aminotransferase  23.13 
 
 		 374 aa  74.7  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1990  phosphoserine aminotransferase  25.06 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0422  phosphoserine aminotransferase  24.35 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0880  phosphoserine aminotransferase  26.46 
 
 		 378 aa  74.3  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00411134  normal  0.22946 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1532  phosphoserine aminotransferase  25.52 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3591  phosphoserine aminotransferase  25.44 
 
 		 385 aa  72.8  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.465609  normal  0.244351 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4249  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  24.94 
 
 		 993 aa  68.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496909  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0793  phosphoserine aminotransferase  24.55 
 
 		 376 aa  63.5  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.371607  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30790  phosphoserine aminotransferase  24.87 
 
 		 378 aa  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.514499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2846  phosphoserine aminotransferase  25.51 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0910  phosphoserine aminotransferase  25.14 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.412993 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1258  phosphoserine aminotransferase  23.21 
 
 		 381 aa  62  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0730  phosphoserine aminotransferase  23.18 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.835116  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0771  phosphoserine aminotransferase  24.68 
 
 		 393 aa  57.4  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5113  aminotransferase class V  23.12 
 
 		 352 aa  55.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2704  phosphoserine aminotransferase  24.51 
 
 		 346 aa  55.1  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0995  phosphoserine aminotransferase  27.4 
 
 		 361 aa  54.7  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.140971 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0557  phosphoserine aminotransferase  24.94 
 
 		 369 aa  54.7  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.6132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0684  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  25.78 
 
 		 991 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4691  aminotransferase class V  25.07 
 
 		 357 aa  52.8  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.439088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2434  aminotransferase class V  22.62 
 
 		 338 aa  51.2  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2576  phosphoserine aminotransferase  23.55 
 
 		 383 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0448308  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0122  phosphoserine aminotransferase  23.57 
 
 		 363 aa  47.8  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1351  aminotransferase class V  29.84 
 
 		 363 aa  47.8  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>