More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3900 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3900  hypothetical protein  100 
 
 		 341 aa  664    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1322  hypothetical protein  90.03 
 
 		 301 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00901243  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4780  protein of unknown function DUF6 transmembrane  86.71 
 
 		 301 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.8061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1842  DMT family permease  66.44 
 
 		 324 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3897  hypothetical protein  58.36 
 
 		 345 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1325  hypothetical protein  59.39 
 
 		 306 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0356003  normal  0.196429 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4778  protein of unknown function DUF6 transmembrane  56.31 
 
 		 309 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289299  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4097  hypothetical protein  57.68 
 
 		 310 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.913855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1845  DMT family permease  56.85 
 
 		 309 aa  318  6e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1200  hypothetical protein  52.26 
 
 		 311 aa  278  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.380417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29710  hypothetical protein  42.01 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.299323  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1999  hypothetical protein  41.87 
 
 		 293 aa  211  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.355274  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1277  hypothetical protein  41.45 
 
 		 310 aa  203  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.507228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.63 
 
 		 291 aa  200  3e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0716  hypothetical protein  40.57 
 
 		 313 aa  197  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.209538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2828  hypothetical protein  39.24 
 
 		 294 aa  195  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.474129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2617  hypothetical protein  35.99 
 
 		 325 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3160  hypothetical protein  37.54 
 
 		 322 aa  194  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2183  hypothetical protein  46.15 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2576  hypothetical protein  39.64 
 
 		 329 aa  186  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.398851 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1695  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.99 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.173483  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1766  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.79 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.548508  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0144  hypothetical protein  37.41 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.555978  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2900  hypothetical protein  37.01 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0023  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.98 
 
 		 291 aa  180  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2038  hypothetical protein  36.01 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0987  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.56 
 
 		 310 aa  170  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3804  hypothetical protein  38.83 
 
 		 331 aa  169  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1938  hypothetical protein  33.57 
 
 		 309 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.94685  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0473  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.17 
 
 		 317 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0230422 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3090  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.36 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.689039  normal  0.0602464 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3347  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.36 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00477347 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8133  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.74 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512786  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2645  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.53 
 
 		 309 aa  155  7e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3902  hypothetical protein  37.85 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.773994  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3611  hypothetical protein  36.43 
 
 		 312 aa  153  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603638  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3468  hypothetical protein  32.75 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.889932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1784  hypothetical protein  33.91 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0557513  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3401  hypothetical protein  35.85 
 
 		 322 aa  146  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0214667 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1870  hypothetical protein  33.33 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0962  hypothetical protein  33.33 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0226  hypothetical protein  33.33 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0501312  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0335  DMT family permease  33.33 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.848117  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1374  hypothetical protein  33.33 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0725871  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0416  hypothetical protein  33.33 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275222  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3545  hypothetical protein  34.04 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4849  drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease  34.14 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.551565  normal  0.306112 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1754  hypothetical protein  33.92 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302164  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4181  hypothetical protein  36.84 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1359  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.06 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4552  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.84 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.629192 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1257  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.24 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.484482  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3233  hypothetical protein  32.76 
 
 		 299 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0072  hypothetical protein  29.39 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1891  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.73 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000802295  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3469  hypothetical protein  34.04 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.782956 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0882  transporter, EamA family  29.09 
 
 		 303 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0755337  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1039  hypothetical protein  33.79 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.371653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4453  transporter, EamA family  29.09 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0045987  normal  0.86451 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0739  hypothetical protein  28.62 
 
 		 303 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4508  integral membrane protein  28.76 
 
 		 309 aa  126  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.563212  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4157  DMT family permease  30.1 
 
 		 309 aa  126  6e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000489633  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0725  DMT family permease  28.73 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.123032  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4503  hypothetical protein  29.77 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00148993 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0789  EamA family protein  28.73 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000376936  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4694  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.94 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.119165 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0829  eama family protein  28.73 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000248571  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0924  transporter, EamA family  28.73 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.64365e-45 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0919  EamA family protein  28.73 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.23491  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0738  DMT family permease  28.36 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000110425  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1426  hypothetical protein  33.9 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0993  transporter, EamA family  28.36 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00144449  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1227  hypothetical protein  33.23 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5389  hypothetical protein  30.45 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.716094  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0679  hypothetical protein  28.36 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4168  permeases of the drug/metabolite transporter (DMT)  29.57 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.221065  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1146  hypothetical protein  31.16 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00200161  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2946  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.14 
 
 		 298 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3406  hypothetical protein  32.08 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.562022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2741  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.42 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02670  predicted permease, DMT superfamily  32.49 
 
 		 319 aa  116  6.9999999999999995e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1370  hypothetical protein  33.44 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2905  hypothetical protein  33.7 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4731  hypothetical protein  29.96 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00404903 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4853  hypothetical protein  29.96 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0128243 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1374  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.92 
 
 		 300 aa  113  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124016  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2701  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.77 
 
 		 312 aa  112  7.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0301  hypothetical protein  28.92 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05223  hypothetical protein  29.86 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0574  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.56 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4645  hypothetical protein  30.69 
 
 		 297 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.430538  normal  0.037772 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1230  hypothetical protein  33.67 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.112754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4910  hypothetical protein  29.24 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000131826 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0798  integral membrane protein  30.28 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.252294  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3558  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.24 
 
 		 297 aa  105  8e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001333  hypothetical protein  28.22 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000132961  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2528  hypothetical protein  29.93 
 
 		 289 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00740472  normal  0.181025 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2730  hypothetical protein  30.42 
 
 		 292 aa  96.7  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.23893  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0926  hypothetical protein  28.03 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1695  hypothetical protein  30.72 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>