More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3894 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3159  adenylosuccinate synthetase  71.23 
 
 
432 aa  650  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2965  adenylosuccinate synthetase  85.58 
 
 
430 aa  774  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.125391  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0999  adenylosuccinate synthase  75.06 
 
 
448 aa  668  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.595096  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6845  adenylosuccinate synthase  74.59 
 
 
430 aa  664  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7581  adenylosuccinate synthetase  75.06 
 
 
430 aa  671  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0962  Adenylosuccinate synthase  75.29 
 
 
430 aa  670  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.470264  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1007  Adenylosuccinate synthase  72.73 
 
 
431 aa  650  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0196756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5638  adenylosuccinate synthase  77.16 
 
 
430 aa  694  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.171619  normal  0.25149 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3089  adenylosuccinate synthetase  71.69 
 
 
432 aa  662  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126084  normal  0.070043 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1330  adenylosuccinate synthetase  97.44 
 
 
430 aa  856  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.396862  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4086  adenylosuccinate synthetase  91.86 
 
 
430 aa  815  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0852587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4774  adenylosuccinate synthetase  90.23 
 
 
430 aa  800  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114501  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3894  adenylosuccinate synthetase  100 
 
 
430 aa  873  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.108834  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1123  adenylosuccinate synthetase  86.28 
 
 
457 aa  777  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0262  adenylosuccinate synthase  72.96 
 
 
431 aa  642  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0940  Adenylosuccinate synthase  75.29 
 
 
430 aa  668  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3346  adenylosuccinate synthetase  72.62 
 
 
432 aa  667  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.474516  hitchhiker  0.00582802 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3544  adenylosuccinate synthetase  71 
 
 
432 aa  649  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1850  adenylosuccinate synthetase  89.3 
 
 
430 aa  798  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0037  adenylosuccinate synthetase  74.25 
 
 
448 aa  674  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.505248  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2144  adenylosuccinate synthase  69.23 
 
 
430 aa  635  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2616  adenylosuccinate synthetase  72.16 
 
 
432 aa  663  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.199466  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1627  adenylosuccinate synthetase  69.7 
 
 
533 aa  631  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1231  adenylosuccinate synthetase  69.7 
 
 
429 aa  629  1e-179  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1683  adenylosuccinate synthetase  69.7 
 
 
429 aa  629  1e-179  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.469628  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1106  adenylosuccinate synthetase  70.33 
 
 
429 aa  627  1e-178  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0875  adenylosuccinate synthetase  68.07 
 
 
430 aa  621  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2010  adenylosuccinate synthetase  68.3 
 
 
430 aa  623  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.34638  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0366  adenylosuccinate synthetase  68.07 
 
 
430 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0285  adenylosuccinate synthetase  67.76 
 
 
429 aa  607  1e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0558  adenylosuccinate synthetase  66.51 
 
 
429 aa  609  1e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00595695 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0603  adenylosuccinate synthetase  65.19 
 
 
430 aa  605  1e-172  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2742  adenylosuccinate synthetase  66.43 
 
 
431 aa  598  1e-170  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0436902 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3179  adenylosuccinate synthetase  66.2 
 
 
431 aa  594  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0658  adenylosuccinate synthetase  67.13 
 
 
428 aa  592  1e-168  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.163412  normal  0.505489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4682  adenylosuccinate synthetase  65.42 
 
 
429 aa  592  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1969  adenylosuccinate synthetase  65.06 
 
 
437 aa  587  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.769944  normal  0.0974254 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2683  adenylosuccinate synthetase  63.32 
 
 
429 aa  572  1e-162  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0475  adenylosuccinate synthetase  68.07 
 
 
429 aa  570  1e-161  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.636476  hitchhiker  0.00197029 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0510  adenylosuccinate synthetase  62.94 
 
 
429 aa  566  1e-160  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.37093  normal  0.446838 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2784  adenylosuccinate synthetase  64.25 
 
 
429 aa  558  1e-157  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.436445  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0337  adenylosuccinate synthetase  54.23 
 
 
425 aa  497  1e-139  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.112659  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6526  adenylosuccinate synthetase  57.21 
 
 
432 aa  483  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.768523 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5832  adenylosuccinate synthase  56.74 
 
 
432 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6199  adenylosuccinate synthase  56.74 
 
 
453 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0247215 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6675  adenylosuccinate synthase  56.51 
 
 
432 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.250077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1523  adenylosuccinate synthetase  54.4 
 
 
442 aa  477  1e-133  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  1.40547e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0461  adenylosuccinate synthetase  51.05 
 
 
430 aa  475  1e-133  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0564  adenylosuccinate synthetase  50.58 
 
 
431 aa  478  1e-133  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5753  adenylosuccinate synthase  56.64 
 
 
429 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.590489 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5997  adenylosuccinate synthase  56.64 
 
 
429 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140056  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5326  adenylosuccinate synthase  56.64 
 
 
432 aa  468  1e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0668634 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2007  adenylosuccinate synthetase  54.44 
 
 
431 aa  449  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0203  adenylosuccinate synthetase  51.63 
 
 
431 aa  448  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.77348e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0662  adenylosuccinate synthetase  51.28 
 
 
431 aa  445  1e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.681047  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2504  adenylosuccinate synthetase  52.44 
 
 
431 aa  447  1e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000458788 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3308  adenylosuccinate synthetase  50.93 
 
 
433 aa  444  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00120298  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3260  adenylosuccinate synthetase  51.52 
 
 
430 aa  441  1e-122  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0574684  hitchhiker  1.14461e-12 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0607  adenylosuccinate synthetase  51.05 
 
 
432 aa  438  1e-122  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.272974 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1978  adenylosuccinate synthetase  52.68 
 
 
432 aa  441  1e-122  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0518  adenylosuccinate synthetase  50.12 
 
 
430 aa  440  1e-122  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.289891  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3251  adenylosuccinate synthetase  51.87 
 
 
430 aa  440  1e-122  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.220385  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5009  adenylosuccinate synthetase  51.66 
 
 
458 aa  436  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.470264  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0660  adenylosuccinate synthetase  53.61 
 
 
431 aa  436  1e-121  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0578  adenylosuccinate synthetase  52.68 
 
 
432 aa  437  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.206e-11 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0676  adenylosuccinate synthetase  50.11 
 
 
446 aa  435  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.678663  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1181  adenylosuccinate synthetase  51.88 
 
 
458 aa  435  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.4333 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1101  adenylosuccinate synthetase  52.11 
 
 
458 aa  436  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.415884  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1281  adenylosuccinate synthetase  50.23 
 
 
446 aa  432  1e-120  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1939  adenylosuccinate synthetase  51.29 
 
 
431 aa  433  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2029  adenylosuccinate synthetase  48.95 
 
 
429 aa  434  1e-120  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00381049  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2641  adenylosuccinate synthetase  49.65 
 
 
428 aa  432  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3648  adenylosuccinate synthetase  51.04 
 
 
432 aa  433  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0694  adenylosuccinate synthetase  51.28 
 
 
432 aa  433  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1265  adenylosuccinate synthetase  51.51 
 
 
432 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0163864  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0441  adenylosuccinate synthetase  51.03 
 
 
435 aa  433  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.83493  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1434  adenylosuccinate synthetase  50.78 
 
 
459 aa  431  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104272  normal  0.451204 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2691  adenylosuccinate synthetase  51.51 
 
 
432 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.321196  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3793  adenylosuccinate synthetase  51.28 
 
 
432 aa  433  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2180  adenylosuccinate synthetase  50.47 
 
 
432 aa  433  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.34883e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2598  adenylosuccinate synthetase  51.51 
 
 
432 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.0051551  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3357  adenylosuccinate synthetase  51.28 
 
 
431 aa  428  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0113184  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1271  adenylosuccinate synthetase  49.18 
 
 
429 aa  429  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231459  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2958  adenylosuccinate synthetase  49.65 
 
 
428 aa  431  1e-119  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1282  adenylosuccinate synthetase  51.96 
 
 
431 aa  429  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3379  adenylosuccinate synthetase  51.84 
 
 
436 aa  430  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2096  adenylosuccinate synthetase  51.38 
 
 
447 aa  428  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0821268 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0565  adenylosuccinate synthetase  50 
 
 
432 aa  431  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22549e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0552  adenylosuccinate synthetase  49.53 
 
 
432 aa  430  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  1.30749e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2661  adenylosuccinate synthetase  50.93 
 
 
431 aa  430  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07600  Adenylosuccinate synthetase  50.59 
 
 
430 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1473  adenylosuccinate synthetase  51.61 
 
 
448 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209737  normal  0.290596 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1712  adenylosuccinate synthetase  50.92 
 
 
448 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.12828  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5667  adenylosuccinate synthetase  51.76 
 
 
430 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0540  adenylosuccinate synthetase  50.58 
 
 
432 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.311763  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2974  adenylosuccinate synthetase  50.35 
 
 
435 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.823957 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1825  adenylosuccinate synthetase  51.15 
 
 
448 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.260214  normal  0.42401 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2076  adenylosuccinate synthetase  51.72 
 
 
446 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2198  adenylosuccinate synthetase  50.92 
 
 
443 aa  426  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0497  adenylosuccinate synthetase  49.77 
 
 
432 aa  428  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>