More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3882 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3882  pyrroline-5-carboxylate reductase  100 
 
 
281 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4171  pyrroline-5-carboxylate reductase  87.54 
 
 
281 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.539807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4850  pyrroline-5-carboxylate reductase  82.73 
 
 
277 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1406  pyrroline-5-carboxylate reductase  76.89 
 
 
266 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.257606 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3106  pyrroline-5-carboxylate reductase  71.58 
 
 
278 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2514  pyrroline-5-carboxylate reductase  69.26 
 
 
301 aa  355  5.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.332545 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1743  pyrroline-5-carboxylate reductase  70.52 
 
 
273 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.126409 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2538  pyrroline-5-carboxylate reductase  59.56 
 
 
278 aa  263  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3168  pyrroline-5-carboxylate reductase  55.72 
 
 
273 aa  259  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.624032  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2249  pyrroline-5-carboxylate reductase  55.47 
 
 
274 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4063  pyrroline-5-carboxylate reductase  57.74 
 
 
277 aa  243  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4024  pyrroline-5-carboxylate reductase  55.68 
 
 
276 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324563  normal  0.363297 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3769  pyrroline-5-carboxylate reductase  56.6 
 
 
277 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.477016  normal  0.790636 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2265  pyrroline-5-carboxylate reductase  56.4 
 
 
293 aa  239  4e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.739581 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3281  pyrroline-5-carboxylate reductase  55.72 
 
 
274 aa  239  4e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1258  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.84 
 
 
276 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00981476 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0623  pyrroline-5-carboxylate reductase  54.72 
 
 
271 aa  235  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.648438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2755  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.65 
 
 
275 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3018  pyrroline-5-carboxylate reductase  51.52 
 
 
275 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3009  pyrroline-5-carboxylate reductase  54.34 
 
 
273 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.575876  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1138  pyrroline-5-carboxylate reductase  54 
 
 
273 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00268881 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4946  pyrroline-5-carboxylate reductase  58.11 
 
 
277 aa  219  5e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.891745  hitchhiker  0.000000908822 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1362  pyrroline-5-carboxylate reductase  54.44 
 
 
272 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.65645  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3364  pyrroline-5-carboxylate reductase  54.09 
 
 
255 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1323  pyrroline-5-carboxylate reductase  53.21 
 
 
273 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.709486  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0881  pyrroline-5-carboxylate reductase  53.96 
 
 
277 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.120962  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0782  pyrroline-5-carboxylate reductase  48.33 
 
 
271 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0732  pyrroline-5-carboxylate reductase  48.33 
 
 
271 aa  207  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3328  pyrroline-5-carboxylate reductase  46.97 
 
 
269 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.639937 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2645  pyrroline-5-carboxylate reductase  53.41 
 
 
273 aa  206  4e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4871  pyrroline-5-carboxylate reductase  48.31 
 
 
268 aa  199  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.552368 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3963  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.42 
 
 
280 aa  188  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.93073  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0151  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.22 
 
 
269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.779735  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1097  pyrroline-5-carboxylate reductase  46.64 
 
 
273 aa  181  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.616972  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1785  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.74 
 
 
289 aa  181  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9249  pyrroline-5-carboxylate reductase  46.67 
 
 
300 aa  177  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0562195  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1502  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.48 
 
 
289 aa  176  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.829406 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5474  pyrroline-5-carboxylate reductase  44.12 
 
 
273 aa  175  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5320  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.29 
 
 
272 aa  175  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3885  pyrroline-5-carboxylate reductase  44.36 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0846425  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4968  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.57 
 
 
272 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0370  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.11 
 
 
272 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0764  pyrroline-5-carboxylate reductase  49.82 
 
 
280 aa  174  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.253499 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5095  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.57 
 
 
272 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0340  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.86 
 
 
275 aa  173  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5145  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.38 
 
 
272 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03070  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.02 
 
 
272 aa  172  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2920  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.23 
 
 
275 aa  172  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.495585  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0390  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.28 
 
 
272 aa  171  9e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5062  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.37 
 
 
285 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25166  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5047  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.91 
 
 
272 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0476  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.67 
 
 
272 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0601  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.79 
 
 
280 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2198  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.45 
 
 
267 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00651972  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0929  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.35 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117445  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2901  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.48 
 
 
270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000081741  unclonable  0.000000152537 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4151  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.77 
 
 
273 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05150  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.2 
 
 
273 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59347  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0327  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.75 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00667686 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2704  pyrroline-5-carboxylate reductase  51.46 
 
 
270 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3055  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.26 
 
 
274 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1154  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.47 
 
 
272 aa  162  8.000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3982  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.8 
 
 
271 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0535  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.33 
 
 
277 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2416  pyrroline-5-carboxylate reductase  46.77 
 
 
272 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07387  Pyrroline-5-carboxylate reductase (EC 1.5.1.2) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q96WX7]  39.29 
 
 
283 aa  159  4e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0493  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.82 
 
 
273 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0262  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.37 
 
 
275 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.777137  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0439  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.37 
 
 
275 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148938 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0716  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.05 
 
 
271 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.796831  normal  0.766779 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2325  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.59 
 
 
282 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.664447 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0581  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.75 
 
 
271 aa  157  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.948649  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3679  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.69 
 
 
271 aa  156  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2802  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.35 
 
 
278 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2518  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.23 
 
 
271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.554672  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1017  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.42 
 
 
279 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.275974  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0475  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.68 
 
 
278 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2947  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.95 
 
 
272 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.810347  hitchhiker  0.0042807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4472  pyrroline-5-carboxylate reductase  41 
 
 
268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.432942  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4421  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.85 
 
 
271 aa  152  4e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000164624  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0165  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.29 
 
 
277 aa  152  5e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000543414  hitchhiker  0.0000203969 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0337  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.86 
 
 
282 aa  152  5e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000202087  hitchhiker  0.00000000614659 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2508  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.76 
 
 
274 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0677  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.42 
 
 
260 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2656  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.29 
 
 
270 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0469003 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2708  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.05 
 
 
264 aa  151  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.702325  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3816  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.64 
 
 
270 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.495016  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1997  hypothetical protein  34.96 
 
 
262 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2938  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.47 
 
 
273 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2058  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.08 
 
 
264 aa  150  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.736428  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5003  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.51 
 
 
264 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.102233  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3002  Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase  38.01 
 
 
278 aa  149  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1839  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.89 
 
 
282 aa  149  4e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1992  hypothetical protein  34.59 
 
 
262 aa  149  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2189  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.26 
 
 
274 aa  149  5e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.334092  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0946  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.67 
 
 
276 aa  149  6e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2684  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.61 
 
 
274 aa  148  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_181  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.96 
 
 
267 aa  148  8e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.136848  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0937  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.09 
 
 
268 aa  148  9e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0646  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.15 
 
 
270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>