44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3881 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3881  hypothetical protein  100 
 
 
179 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.832488  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4170  hypothetical protein  92.17 
 
 
166 aa  321  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4848  Protein of unknown function DUF1790  87.95 
 
 
166 aa  310  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1407  hypothetical protein  83.13 
 
 
166 aa  295  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.246502 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3105  hypothetical protein  77.65 
 
 
179 aa  282  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2513  hypothetical protein  77.11 
 
 
166 aa  278  4e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.31273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1744  hypothetical protein  72.29 
 
 
166 aa  268  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2546  hypothetical protein  56.63 
 
 
166 aa  201  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4947  hypothetical protein  52.66 
 
 
169 aa  201  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.399738  hitchhiker  0.000000153474 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1137  Protein of unknown function DUF1790  55.84 
 
 
166 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00643359 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0854  hypothetical protein  50.94 
 
 
167 aa  192  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3770  hypothetical protein  49.37 
 
 
168 aa  189  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.465916  normal  0.757189 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1475  hypothetical protein  50.29 
 
 
243 aa  189  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0717176  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4064  Protein of unknown function DUF1790  49.37 
 
 
168 aa  189  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1376  Protein of unknown function DUF1790  50.31 
 
 
167 aa  189  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4025  Protein of unknown function DUF1790  49.37 
 
 
168 aa  189  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.377233  normal  0.351333 
 
 
-
 
NC_004310  BR1525  hypothetical protein  50.29 
 
 
220 aa  189  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2250  hypothetical protein  51.81 
 
 
166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.338275  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1641  hypothetical protein  51.81 
 
 
166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2148  hypothetical protein  51.2 
 
 
166 aa  188  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.8454  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2756  Protein of unknown function DUF1790  50.6 
 
 
166 aa  188  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3019  Protein of unknown function DUF1790  50.6 
 
 
166 aa  188  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3169  hypothetical protein  50.6 
 
 
166 aa  186  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1259  hypothetical protein  51.95 
 
 
166 aa  184  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00906465 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2264  hypothetical protein  51.3 
 
 
167 aa  183  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.652496 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3280  hypothetical protein  46.1 
 
 
166 aa  161  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0991  hypothetical protein  44.3 
 
 
166 aa  157  9e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0359037  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2703  hypothetical protein  42.58 
 
 
167 aa  149  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.600419  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1096  Protein of unknown function DUF1790  43.87 
 
 
167 aa  148  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.820328  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0763  hypothetical protein  44.81 
 
 
167 aa  145  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.396097 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0676  hypothetical protein  37.66 
 
 
168 aa  133  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.298237  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0039  hypothetical protein  42.36 
 
 
152 aa  130  9e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.158376  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0622  hypothetical protein  37.35 
 
 
166 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1141  hypothetical protein  32.04 
 
 
167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4471  hypothetical protein  36.54 
 
 
170 aa  118  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.39855  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1322  hypothetical protein  33.75 
 
 
167 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19423  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2646  hypothetical protein  33.93 
 
 
176 aa  114  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.364701  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2199  hypothetical protein  34.34 
 
 
166 aa  111  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00724399  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3330  hypothetical protein  33.53 
 
 
167 aa  107  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.635014  normal  0.855915 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3363  hypothetical protein  34.42 
 
 
173 aa  106  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3008  hypothetical protein  34.42 
 
 
167 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.719619  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1940  hypothetical protein  32.05 
 
 
151 aa  43.9  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.473224  normal  0.0765452 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0545  hypothetical protein  26.02 
 
 
156 aa  42.7  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0531  hypothetical protein  28.83 
 
 
159 aa  42  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.543368  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>