179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3859 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4073  formamidase  74.63 
 
 		 410 aa  653    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.398995  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0598  formamidase  85.54 
 
 		 409 aa  738    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.412035  normal  0.0121636 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5506  formamidase  82.84 
 
 		 409 aa  693    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5673  formamidase  83.09 
 
 		 412 aa  723    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1257  formamidase  98.29 
 
 		 409 aa  829    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.66975  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0569  formamidase  80.64 
 
 		 410 aa  701    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1706  formamidase (FmdA)  86.27 
 
 		 410 aa  750    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0170244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3859  formamidase  100 
 
 		 409 aa  839    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3737  formamidase  82.84 
 
 		 412 aa  721    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3566  Formamidase  84.07 
 
 		 409 aa  703    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4631  formamidase  82.84 
 
 		 412 aa  721    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.250924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3860  formamidase  75.06 
 
 		 410 aa  654    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3592  formamidase  82.35 
 
 		 409 aa  692    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0659  formamidase (formamide amidohydrolase)  91.69 
 
 		 409 aa  763    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190134  normal  0.386066 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0981  formamidase  80.2 
 
 		 410 aa  698    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.068454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0179  formamidase  81.13 
 
 		 410 aa  698    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0225  formamidase  83.13 
 
 		 409 aa  721    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1598  Formamidase  71.92 
 
 		 411 aa  635    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.52036  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1448  Formamidase  95.6 
 
 		 409 aa  807    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3375  formamidase  83.82 
 
 		 409 aa  715    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3140  Formamidase  82.35 
 
 		 410 aa  688    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3684  Formamidase  83.82 
 
 		 409 aa  715    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2970  formamidase  74.75 
 
 		 410 aa  614  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1777  formamidase  71.11 
 
 		 406 aa  599  1e-170  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00161545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3110  Formamidase  66.75 
 
 		 408 aa  571  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441852  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3569  formamidase  68.17 
 
 		 408 aa  549  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.704003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2309  Formamidase  61.38 
 
 		 397 aa  500  1e-140  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19680  predicted acetamidase/formamidase  56.86 
 
 		 414 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0111175 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0422  Formamidase  57.46 
 
 		 415 aa  493  9.999999999999999e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0857845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2658  formamidase  56.61 
 
 		 416 aa  483  1e-135  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04577  FormamidasePutative uncharacterized protein (EC 3.5.1.49); [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9C453]  56.52 
 
 		 411 aa  470  1.0000000000000001e-131  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.469129 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2262  formamidase  56.01 
 
 		 417 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2309  formamidase  56.01 
 
 		 417 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.215194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2301  formamidase  56.01 
 
 		 417 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.506693 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5199  Formamidase  55.56 
 
 		 417 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0076  Formamidase  53.24 
 
 		 418 aa  449  1e-125  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_54476  formidase  53.36 
 
 		 451 aa  449  1e-125  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.185862  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12120  predicted acetamidase/formamidase  52.17 
 
 		 418 aa  439  9.999999999999999e-123  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.181447  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2158  Formamidase  53.61 
 
 		 417 aa  441  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.062604  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2285  Acetamidase/Formamidase  54.09 
 
 		 423 aa  437  1e-121  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.117842 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28914  formamidase  51.69 
 
 		 426 aa  433  1e-120  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0986635 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1721  Formamidase  54.68 
 
 		 418 aa  429  1e-119  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.787514  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2157  Formamidase  51.09 
 
 		 420 aa  425  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174868  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21390  predicted acetamidase/formamidase  46.58 
 
 		 401 aa  326  5e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.737575  normal  0.761775 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2612  formamidase  60.99 
 
 		 206 aa  229  7e-59  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0583639  normal  0.408367 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2662  formamidase  35.73 
 
 		 393 aa  187  3e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0965  formamidase  33.59 
 
 		 388 aa  159  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0855422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0022  Formamidase  31.02 
 
 		 459 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.846742  normal  0.0101399 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0627  Formamidase  32.63 
 
 		 318 aa  144  4e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0465  formamidase  31.9 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000577809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3711  Formamidase  28.68 
 
 		 328 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3253  acetamidase / formamidase  30.16 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.426618  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3987  acetamidase/formamidase  30.16 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0213  acetamidase/formamidase  29.7 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179184  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3274  ABC-type oligopeptide transport system periplasmic component-like protein  29.62 
 
 		 319 aa  106  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3551  acetamidase/formamidase  27.32 
 
 		 312 aa  104  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1337  acetamidase/formamidase  27.05 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6677  Acetamidase/Formamidase  28.3 
 
 		 314 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.47216 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5629  formamidase  27.08 
 
 		 314 aa  95.5  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3454  formamidase  28.67 
 
 		 224 aa  92.8  9e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0172386  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1803  acetamidase/formamidase  30.82 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0385546 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1750  acetamidase/formamidase  29.97 
 
 		 314 aa  86.7  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.122228 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2188  acetamidase/formamidase  27.76 
 
 		 379 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.318866  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1690  Acetamidase/Formamidase  27.76 
 
 		 438 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.177288  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1761  Acetamidase/Formamidase  27.76 
 
 		 438 aa  84.3  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4455  Acetamidase/Formamidase  28.95 
 
 		 418 aa  83.2  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.182113  normal  0.335394 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0982  acetamidase/formamidase  29.14 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.555434 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2379  acetamidase/formamidase  28.29 
 
 		 416 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2426  acetamidase/formamidase  28.29 
 
 		 416 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00499516  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4153  Acetamidase/Formamidase  29.74 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2779  Acetamidase/Formamidase  28.76 
 
 		 363 aa  80.5  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.0000139746 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2616  acetamidase/formamidase family protein  28.57 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00237605  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2654  acetamidase/formamidase family protein  28.17 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00018513  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1423  acetamidase/formamidase  29.72 
 
 		 340 aa  79.7  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0486  Acetamidase/Formamidase  25.07 
 
 		 347 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.123442 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2420  acetamidase/formamidase  27.96 
 
 		 416 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0497  acetamidase/formamidase  31.31 
 
 		 481 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.380834 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17320  predicted acetamidase/formamidase  27.81 
 
 		 412 aa  76.6  0.0000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00772804  normal  0.101325 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0412  Acetamidase/Formamidase  25.94 
 
 		 301 aa  75.9  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0290  acetamidase/formamidase  26.87 
 
 		 373 aa  75.9  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4612  acetamidase/formamidase  31.49 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.153809  normal  0.617772 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0636  Acetamidase/Formamidase  25.08 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1964  acetamidase/formamidase  29.53 
 
 		 350 aa  75.5  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.21645 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5754  Acetamidase/Formamidase  28.8 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4962  acetamidase/formamidase  31.36 
 
 		 491 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.511221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4293  acetamidase/formamidase  26.61 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0097508 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5149  acetamidase/formamidase  30.23 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.606988  normal  0.788992 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3600  hypothetical protein  31.05 
 
 		 485 aa  73.9  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.229476  normal  0.563302 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5574  acetamidase/formamidase  29.25 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6506  hypothetical protein  26.58 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3711  acetamidase/formamidase  32.46 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1548  amidase  24.22 
 
 		 439 aa  72.8  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0188778 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2810  Acetamidase/Formamidase  30.86 
 
 		 313 aa  72.4  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.451627 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0751  Acetamidase/Formamidase  29.59 
 
 		 479 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.271097 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0872  Acetamidase/Formamidase  28.9 
 
 		 345 aa  71.6  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0603  acetamidase/formamidase  32.39 
 
 		 343 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0804  Acetamidase/Formamidase  27.95 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.700678  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0788  Acetamidase/Formamidase  29.17 
 
 		 479 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0609458 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_37719  formamidase-like protein  27.86 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.990726  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2569  acetamidase/formamidase family protein  27.78 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>