More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3815 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 252 aa  520  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  81.97 
 
 		 244 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  78.32 
 
 		 260 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 246 aa  209  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 209 aa  173  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0153  TetR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 210 aa  155  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 770 aa  126  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2747  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 233 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.02505  normal  0.237475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1934  TetR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 202 aa  105  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0322407  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 201 aa  92.4  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 217 aa  89.4  5e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 202 aa  89.4  5e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 211 aa  89  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 285 aa  87.8  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  24.06 
 
 		 207 aa  85.9  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 231 aa  85.5  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 223 aa  85.1  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 208 aa  81.3  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2454  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1851  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.144681  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 212 aa  75.1  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  31.89 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5527  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107312  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3862  regulatory protein, TetR  28.48 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.07928  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  26.59 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1958  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455038  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  24.04 
 
 		 214 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4581  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 453 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0520678  hitchhiker  0.00576912 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0817  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 210 aa  68.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.577348  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 204 aa  68.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4066  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  26.95 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0571  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.22949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 211 aa  67  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3642  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3068  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1240  transcriptional regulator, TetR family  26.27 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.567777  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 205 aa  66.2  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 269 aa  65.9  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1610  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 424 aa  65.5  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  21.58 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 200 aa  64.7  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  23.76 
 
 		 208 aa  65.1  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0750  transcriptional regulator, TetR family  24.41 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0322855 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 221 aa  63.5  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 192 aa  63.2  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  27.03 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5045  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2740  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 230 aa  62  0.000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0291953  hitchhiker  0.000390237 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 221 aa  62  0.000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 209 aa  62  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 224 aa  62  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  26.78 
 
 		 211 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 209 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>