More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3801 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  100 
 
 		 237 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  84.16 
 
 		 244 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  81.28 
 
 		 248 aa  357  7e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  74.79 
 
 		 243 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 238 aa  251  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  53.06 
 
 		 227 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  50.24 
 
 		 216 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  50.73 
 
 		 221 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  47.42 
 
 		 237 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 226 aa  167  9e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  48.8 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  45.92 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  45.92 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 242 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 226 aa  161  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  45.73 
 
 		 228 aa  160  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 221 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  45.73 
 
 		 230 aa  160  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  45.23 
 
 		 222 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  45.73 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  49.27 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  45.88 
 
 		 230 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 234 aa  152  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  43.46 
 
 		 216 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 220 aa  148  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 218 aa  148  8e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  42.41 
 
 		 216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  46.94 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  41.33 
 
 		 219 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 224 aa  144  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  43.02 
 
 		 216 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  47.42 
 
 		 218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  42.05 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 217 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 227 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  38.65 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  39.59 
 
 		 218 aa  125  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 216 aa  118  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 218 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 224 aa  109  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  41 
 
 		 225 aa  108  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 233 aa  106  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 212 aa  105  6e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  34.8 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  37.43 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 218 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 262 aa  102  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 254 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 233 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  34.59 
 
 		 216 aa  100  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 230 aa  100  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 216 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 230 aa  99.8  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 211 aa  99.4  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 238 aa  99.4  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 223 aa  99  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 253 aa  98.2  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.79 
 
 		 223 aa  98.2  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 223 aa  98.2  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 255 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 219 aa  98.2  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 242 aa  95.9  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 241 aa  95.1  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 231 aa  95.1  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  34.22 
 
 		 222 aa  94.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 222 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 		 225 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 254 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 222 aa  94  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 222 aa  92.8  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 233 aa  93.2  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 229 aa  92.8  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  30.09 
 
 		 241 aa  92.4  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>