78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3785 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  84.73 
 
 
478 aa  762    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  82.97 
 
 
484 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  82.11 
 
 
483 aa  705    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  74.08 
 
 
475 aa  640    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  98.74 
 
 
475 aa  919    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  100 
 
 
475 aa  929    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  94.5 
 
 
473 aa  835    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  94.93 
 
 
473 aa  837    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  60.85 
 
 
476 aa  496  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  58.89 
 
 
467 aa  493  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  57.45 
 
 
459 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  57.05 
 
 
480 aa  484  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  61.57 
 
 
465 aa  484  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  58.09 
 
 
477 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  58.82 
 
 
477 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  58.61 
 
 
477 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  57.24 
 
 
459 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  60.52 
 
 
481 aa  472  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  58.61 
 
 
477 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  57.24 
 
 
459 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  61.04 
 
 
476 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  60.04 
 
 
477 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  59.44 
 
 
481 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  60.3 
 
 
481 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  58.97 
 
 
475 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  53.83 
 
 
481 aa  409  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  53.63 
 
 
478 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  54.32 
 
 
479 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  53.66 
 
 
479 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  53.66 
 
 
479 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  47.66 
 
 
475 aa  362  1e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  39.43 
 
 
474 aa  238  2e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  37.91 
 
 
474 aa  216  5.9999999999999996e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  34.38 
 
 
472 aa  212  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  33.03 
 
 
433 aa  162  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  31.21 
 
 
432 aa  157  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.49 
 
 
434 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  27.63 
 
 
488 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  29.9 
 
 
434 aa  140  7e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  26.42 
 
 
477 aa  133  6.999999999999999e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  32.54 
 
 
433 aa  133  6.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  30.55 
 
 
452 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  25.33 
 
 
481 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  29.52 
 
 
447 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  27.63 
 
 
478 aa  124  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  26.98 
 
 
472 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  29.59 
 
 
447 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  26.33 
 
 
487 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  26.33 
 
 
487 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  28.26 
 
 
483 aa  120  7e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  28.27 
 
 
452 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  29.48 
 
 
438 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  29.89 
 
 
447 aa  118  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  27.85 
 
 
449 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  28.24 
 
 
448 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  28.03 
 
 
433 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  28.31 
 
 
449 aa  108  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  27.4 
 
 
450 aa  108  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  30.26 
 
 
449 aa  106  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  27.73 
 
 
427 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  29.08 
 
 
444 aa  104  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  26.07 
 
 
472 aa  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  26.71 
 
 
457 aa  101  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  28.67 
 
 
455 aa  100  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  26.1 
 
 
449 aa  100  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  27.93 
 
 
427 aa  100  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  29.09 
 
 
455 aa  99  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  27.13 
 
 
448 aa  97.8  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  27.68 
 
 
427 aa  97.4  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  27.11 
 
 
448 aa  94  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  26.22 
 
 
457 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  31.45 
 
 
448 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  27.36 
 
 
459 aa  86.7  8e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  27.54 
 
 
458 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  27.47 
 
 
459 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  30.23 
 
 
417 aa  84.3  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  28.32 
 
 
512 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  25.17 
 
 
452 aa  77  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>