68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3777 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4023  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  94.88 
 
 		 410 aa  807    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.53217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3777  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  100 
 
 		 410 aa  846    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0498224  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1245  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  83.62 
 
 		 409 aa  726    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  unclonable  0.0000000241639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1688  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  86.57 
 
 		 409 aa  734    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3268  putative coenzyme F420 hydrogenase  67.16 
 
 		 409 aa  579  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.96965 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0937  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  69.17 
 
 		 410 aa  580  1e-164  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0300  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  63.34 
 
 		 412 aa  544  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1640  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  67.77 
 
 		 419 aa  524  1e-147  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.326327  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1359  coenzyme F420 hydrogenase  37.34 
 
 		 401 aa  297  3e-79  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0101  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  36.72 
 
 		 397 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0353763 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1394  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  35.43 
 
 		 401 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1364  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  35.43 
 
 		 401 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0742  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  36.46 
 
 		 401 aa  283  4.0000000000000003e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4214  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  36.22 
 
 		 397 aa  281  2e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.14758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2254  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  36.41 
 
 		 402 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3552  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain-containing protein  34.38 
 
 		 399 aa  262  6.999999999999999e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.935534  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3479  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  35.59 
 
 		 429 aa  257  2e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36251  predicted protein  33 
 
 		 428 aa  238  1e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0805225  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0188  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  32.13 
 
 		 428 aa  225  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2739  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  32.64 
 
 		 391 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1791  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  32.44 
 
 		 416 aa  208  1e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.000000000803312  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0603  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  28.57 
 
 		 381 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.110275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0952  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  30.05 
 
 		 381 aa  192  6e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.529831  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0696  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  29.76 
 
 		 352 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43972  predicted protein  29.88 
 
 		 536 aa  169  8e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.549222  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0255  F420H2 dehydrogenase subunit F  27.8 
 
 		 346 aa  96.3  9e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2371  F420H2 dehydrogenase subunit F  25.23 
 
 		 343 aa  91.3  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2329  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  26.83 
 
 		 288 aa  82.8  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0174  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  28.85 
 
 		 362 aa  82  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.318509  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0087  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  26.36 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127818  normal  0.061617 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0331  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  28.22 
 
 		 339 aa  75.9  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0881  coenzyme F420 hydrogenase, beta subunit  24.27 
 
 		 387 aa  75.1  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2177  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.31 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0012  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  26.02 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0646  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.9 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0076  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.19 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2707  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  30.16 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.889848  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0139  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  24.84 
 
 		 428 aa  70.1  0.00000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.668002  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0476  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.71 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.601068 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1693  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  32.13 
 
 		 340 aa  69.3  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.884047  normal  0.69888 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0662  coenzyme F420 hydrogenase beta subunit  31.25 
 
 		 344 aa  68.9  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.368347 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1288  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.79 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1042  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.71 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0778  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  22.84 
 
 		 618 aa  67  0.0000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.542223  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0619  nitrite and sulphite reductase  23.93 
 
 		 639 aa  67  0.0000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00799056  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0630  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.38 
 
 		 282 aa  65.9  0.000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.9157 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0695  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  23.55 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.507932  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0783  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  26.75 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00366682  normal  0.213871 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0193  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.38 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0449  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  26.09 
 
 		 291 aa  62.4  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0214  iron-sulfur cluster-binding protein/coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit, putative  23.45 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1150  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  26.22 
 
 		 364 aa  60.5  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2290  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  22.77 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.107219 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1326  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  23.43 
 
 		 498 aa  58.2  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137293  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0422  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  26.86 
 
 		 355 aa  55.1  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.664623 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4135  hypothetical protein  25.22 
 
 		 440 aa  54.7  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2944  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  24.44 
 
 		 409 aa  54.7  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0242  Coenzyme F420 hydrogenase  23.58 
 
 		 538 aa  53.9  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0964  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like protein  25.39 
 
 		 400 aa  52.8  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0907338  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1303  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.11 
 
 		 357 aa  50.1  0.00008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.808254  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1334  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  23.81 
 
 		 396 aa  49.3  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4481  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  23.26 
 
 		 418 aa  47.4  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1832  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  26.67 
 
 		 425 aa  45.8  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000318663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1081  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  22.61 
 
 		 359 aa  44.3  0.004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2261  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like protein  21.34 
 
 		 389 aa  44.3  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1095  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.63 
 
 		 358 aa  43.9  0.006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2892  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  23.9 
 
 		 537 aa  43.5  0.007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1595  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.91 
 
 		 359 aa  43.1  0.008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.502541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>