171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3564 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  81.68 
 
 		 670 aa  1086    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 724 aa  1455    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  52.44 
 
 		 665 aa  687    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  54.6 
 
 		 680 aa  748    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  53.94 
 
 		 693 aa  730    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  41.37 
 
 		 692 aa  430  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  51.84 
 
 		 498 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  42.2 
 
 		 674 aa  420  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  38.83 
 
 		 661 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  51.11 
 
 		 498 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  48.57 
 
 		 462 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  48.81 
 
 		 446 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  38.66 
 
 		 689 aa  416  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.83 
 
 		 598 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  48.56 
 
 		 501 aa  405  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  39.05 
 
 		 662 aa  398  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  39.63 
 
 		 710 aa  395  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  35.59 
 
 		 708 aa  357  5e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  37.07 
 
 		 703 aa  344  4e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  37.5 
 
 		 703 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  37.22 
 
 		 703 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  42.75 
 
 		 482 aa  310  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  42.75 
 
 		 482 aa  310  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  41.99 
 
 		 492 aa  305  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  40.65 
 
 		 499 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  42.27 
 
 		 482 aa  303  9e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  41.55 
 
 		 476 aa  301  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  37.35 
 
 		 494 aa  279  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  38.33 
 
 		 471 aa  271  4e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  39.57 
 
 		 437 aa  262  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  37.26 
 
 		 472 aa  247  4e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  38.3 
 
 		 478 aa  242  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 458 aa  226  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.86 
 
 		 490 aa  208  3e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  28.73 
 
 		 473 aa  144  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  28.51 
 
 		 471 aa  142  3e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  33.18 
 
 		 225 aa  99.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  30.18 
 
 		 232 aa  90.9  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  31.47 
 
 		 240 aa  90.1  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  33.19 
 
 		 447 aa  89.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  29.92 
 
 		 261 aa  87.4  8e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  33.49 
 
 		 452 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  33.94 
 
 		 449 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  30.59 
 
 		 240 aa  86.3  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  28.83 
 
 		 236 aa  83.6  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  29.13 
 
 		 578 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  33.98 
 
 		 236 aa  82.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  30.7 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  28.69 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.8 
 
 		 236 aa  80.1  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  30.91 
 
 		 229 aa  80.1  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  29.91 
 
 		 228 aa  79  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  31.34 
 
 		 454 aa  78.2  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  30.57 
 
 		 449 aa  77.4  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  30.15 
 
 		 566 aa  76.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  30.92 
 
 		 207 aa  75.9  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  31.7 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  32.14 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  33.77 
 
 		 453 aa  73.6  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  28.16 
 
 		 645 aa  73.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  24.89 
 
 		 250 aa  73.2  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  27.78 
 
 		 638 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  30.95 
 
 		 234 aa  72.8  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  30.04 
 
 		 561 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  33.49 
 
 		 246 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  30.32 
 
 		 255 aa  73.2  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  29.58 
 
 		 559 aa  71.6  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  27.75 
 
 		 234 aa  72  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  29.27 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  29.27 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  28.11 
 
 		 254 aa  71.6  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  30.58 
 
 		 562 aa  71.2  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  30.8 
 
 		 570 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  33.33 
 
 		 997 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  37.06 
 
 		 212 aa  70.1  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  28.63 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.39 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  27.56 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  28.76 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  26.86 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  31.07 
 
 		 206 aa  66.6  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  30.73 
 
 		 243 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  30.49 
 
 		 570 aa  66.6  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  31.56 
 
 		 238 aa  66.6  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  29.91 
 
 		 243 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  26.72 
 
 		 258 aa  66.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  27.27 
 
 		 248 aa  66.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  27.19 
 
 		 250 aa  65.9  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  30 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  33.33 
 
 		 241 aa  65.1  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  27.42 
 
 		 490 aa  64.7  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  28.24 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  28.84 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.61 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  29.09 
 
 		 238 aa  63.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  30.8 
 
 		 242 aa  63.9  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  23.61 
 
 		 284 aa  63.2  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000007665  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  28.93 
 
 		 212 aa  63.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  28.64 
 
 		 207 aa  62  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  29.61 
 
 		 207 aa  62  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>