More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3562 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  84.33 
 
 		 407 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  91.93 
 
 		 409 aa  759    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  90.22 
 
 		 409 aa  758    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  100 
 
 		 409 aa  835    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  72.97 
 
 		 404 aa  606  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  70.44 
 
 		 410 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  68.07 
 
 		 409 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  69.36 
 
 		 410 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  68.22 
 
 		 411 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  67.53 
 
 		 410 aa  566  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  66.32 
 
 		 411 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  66.58 
 
 		 411 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  66.16 
 
 		 407 aa  547  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  65.71 
 
 		 411 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  63.71 
 
 		 410 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  62.34 
 
 		 435 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  63.42 
 
 		 410 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  63.9 
 
 		 410 aa  531  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  61.65 
 
 		 418 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  59.9 
 
 		 415 aa  514  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  60.96 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  59.4 
 
 		 405 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  60.69 
 
 		 406 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  59.42 
 
 		 406 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  60.41 
 
 		 395 aa  492  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  58.05 
 
 		 406 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  58.35 
 
 		 437 aa  468  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  57.33 
 
 		 401 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  57.41 
 
 		 405 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  55.44 
 
 		 407 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  53.66 
 
 		 406 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  55.79 
 
 		 403 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  54.26 
 
 		 406 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  53.85 
 
 		 406 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  52.93 
 
 		 400 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  51.54 
 
 		 402 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  48.64 
 
 		 407 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  48.88 
 
 		 406 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  49.63 
 
 		 406 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  49.2 
 
 		 406 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  46.31 
 
 		 409 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  48.13 
 
 		 402 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  47.06 
 
 		 399 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  42.4 
 
 		 412 aa  322  8e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  36.09 
 
 		 414 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  31.93 
 
 		 438 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  31.98 
 
 		 434 aa  189  8e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 		 441 aa  188  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 		 436 aa  173  5.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 		 415 aa  160  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 		 423 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.36 
 
 		 425 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  26.27 
 
 		 480 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.47 
 
 		 519 aa  117  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 		 472 aa  116  6e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 		 378 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 		 368 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 		 407 aa  106  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 		 387 aa  106  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 401 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.98 
 
 		 379 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 403 aa  104  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 367 aa  104  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 387 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 392 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 375 aa  102  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 		 388 aa  101  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.91 
 
 		 517 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 377 aa  100  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 377 aa  99.8  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 373 aa  98.6  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 		 398 aa  97.8  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 389 aa  97.8  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 		 411 aa  97.4  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 		 370 aa  97.4  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 370 aa  97.1  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 370 aa  96.7  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.66 
 
 		 496 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 		 411 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 		 388 aa  95.5  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 		 377 aa  94.4  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 		 384 aa  93.6  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  25.07 
 
 		 539 aa  93.2  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 394 aa  92.4  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 		 377 aa  90.1  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 		 368 aa  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.57 
 
 		 512 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 		 592 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 425 aa  87.8  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  25.65 
 
 		 383 aa  87.4  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 		 378 aa  87.4  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 		 385 aa  87.4  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 386 aa  87.4  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>