More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3561 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
409 aa  835    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  84.5 
 
 
410 aa  694    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  74.81 
 
 
410 aa  609  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  69.74 
 
 
409 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  68.89 
 
 
410 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  69.67 
 
 
404 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  69.17 
 
 
409 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  67.95 
 
 
409 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  68.15 
 
 
407 aa  568  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  65.85 
 
 
410 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  66.17 
 
 
411 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  62.72 
 
 
411 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  59.36 
 
 
435 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  59.32 
 
 
418 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  62.04 
 
 
411 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  61.6 
 
 
411 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  59.69 
 
 
410 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  60.05 
 
 
411 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  59.89 
 
 
410 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  57.74 
 
 
407 aa  491  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  56.25 
 
 
405 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  58.51 
 
 
395 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  57.98 
 
 
406 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  54.89 
 
 
415 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  56.65 
 
 
406 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  56.46 
 
 
406 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  56.61 
 
 
405 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  53.07 
 
 
401 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  53.99 
 
 
406 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  53.68 
 
 
403 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  53.08 
 
 
437 aa  421  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  51.69 
 
 
406 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  53.32 
 
 
406 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  50.63 
 
 
400 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 
407 aa  403  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  47.15 
 
 
407 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  47.65 
 
 
402 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  47.12 
 
 
406 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  46.63 
 
 
406 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  46.22 
 
 
406 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  43.83 
 
 
409 aa  358  7e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  44.36 
 
 
399 aa  351  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  44.12 
 
 
402 aa  342  7e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  39.52 
 
 
412 aa  301  1e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  35.19 
 
 
438 aa  194  3e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 
441 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  29.76 
 
 
434 aa  184  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  32.14 
 
 
414 aa  180  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  32.43 
 
 
436 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
415 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
408 aa  138  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
386 aa  124  4e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
403 aa  119  9e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.54 
 
 
425 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
382 aa  110  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 
472 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
401 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  24.47 
 
 
480 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
407 aa  105  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  29.19 
 
 
539 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
386 aa  103  6e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 
387 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
423 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
398 aa  100  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
386 aa  99  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.56 
 
 
519 aa  99.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
378 aa  98.6  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.19 
 
 
517 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  33.16 
 
 
411 aa  98.6  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
394 aa  97.4  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
392 aa  97.1  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
385 aa  97.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
385 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 
387 aa  95.9  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
411 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 
388 aa  95.1  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
384 aa  94.7  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
377 aa  93.2  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  24.72 
 
 
379 aa  93.2  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  28.31 
 
 
447 aa  92.4  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 
389 aa  92.8  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  28.3 
 
 
385 aa  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 
592 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  34.44 
 
 
377 aa  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
368 aa  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26 
 
 
496 aa  90.5  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
390 aa  90.1  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
380 aa  89.7  8e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
367 aa  89  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
377 aa  87.8  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
377 aa  87.8  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
373 aa  86.3  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
400 aa  85.9  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
382 aa  85.9  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  22.04 
 
 
425 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.07 
 
 
512 aa  84.7  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
375 aa  84.7  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 
382 aa  84  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 
382 aa  84  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
378 aa  83.6  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>