More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3548 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 257 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.44 
 
 		 257 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.27 
 
 		 257 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  85.21 
 
 		 257 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.8 
 
 		 254 aa  312  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62 
 
 		 254 aa  312  3.9999999999999997e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62 
 
 		 255 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 		 254 aa  305  3e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 		 254 aa  305  5.0000000000000004e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 		 255 aa  304  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3478  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.2 
 
 		 255 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 		 258 aa  298  5e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.8 
 
 		 255 aa  298  6e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.2 
 
 		 255 aa  298  8e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.11 
 
 		 255 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5098  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 		 255 aa  297  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 		 256 aa  275  8e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.675058  normal  0.0165705 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 		 259 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 258 aa  233  3e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 		 257 aa  230  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  45.42 
 
 		 256 aa  229  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 		 254 aa  228  9e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 		 254 aa  228  9e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 		 254 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 		 262 aa  223  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  44.66 
 
 		 254 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 		 254 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  44.66 
 
 		 254 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 		 260 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 		 253 aa  218  7e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 		 266 aa  216  2.9999999999999998e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 		 253 aa  216  4e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 		 254 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  43.15 
 
 		 255 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  43.08 
 
 		 254 aa  214  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  43.08 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  43.08 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 		 253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 255 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 		 255 aa  205  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2139  short chain dehydrogenase  41.25 
 
 		 254 aa  202  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 		 255 aa  201  8e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 		 255 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 		 255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 		 266 aa  199  5e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.264483  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  41.06 
 
 		 255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0523  short chain dehydrogenase  42.19 
 
 		 256 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 		 255 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0245  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 256 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.864875  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1428  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 256 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0944  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 256 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1625  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 256 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0281  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 256 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2651  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 256 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2513  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245002  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4321  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 		 255 aa  191  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0121776  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 		 252 aa  188  5.999999999999999e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19521  normal  0.023029 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 		 251 aa  177  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 255 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 255 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 		 255 aa  175  8e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 		 250 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6035  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0967664  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 		 264 aa  172  6.999999999999999e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.691642  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 		 258 aa  171  9e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 		 257 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.9 
 
 		 250 aa  169  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.43 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.24 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 		 263 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  40.32 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 		 253 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  40.73 
 
 		 253 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  39.68 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 		 257 aa  165  8e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 		 255 aa  164  9e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.27 
 
 		 251 aa  165  9e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  39.92 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  38.78 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 		 257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 		 260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 		 286 aa  163  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 		 270 aa  163  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.374056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 		 253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1682  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.5 
 
 		 252 aa  162  6e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  36.43 
 
 		 260 aa  162  7e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>