More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3431 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3431  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  100 
 
 
202 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1955  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  92.57 
 
 
202 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4095  Thiamine-phosphate diphosphorylase  92.08 
 
 
202 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000665873  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6225  thiamine phosphate pyrophosphorylase  83.66 
 
 
202 aa  345  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0618316  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2163  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  84.42 
 
 
202 aa  343  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.507656  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2467  thiamine monophosphate synthase  83.5 
 
 
214 aa  342  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.571514  normal  0.992674 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2894  thiamine-phosphate diphosphorylase  82 
 
 
208 aa  336  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.511972  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4170  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  58.12 
 
 
201 aa  222  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.623908  normal  0.52609 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2565  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  53.33 
 
 
206 aa  213  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.795825  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0214  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  52.36 
 
 
203 aa  209  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5922  thiamine-phosphate pyrophosphorylase protein  52.08 
 
 
203 aa  209  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.581006  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0281  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
209 aa  209  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3653  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.81 
 
 
198 aa  207  6e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0205  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.83 
 
 
203 aa  206  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2163  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  53.89 
 
 
201 aa  203  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.460146  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1417  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  59.22 
 
 
208 aa  203  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0038  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.55 
 
 
198 aa  199  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539865  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0012  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.5 
 
 
202 aa  196  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.170597  normal  0.127003 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0911  thiamine-phosphate diphosphorylase  50.26 
 
 
199 aa  193  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.307572  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0442  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.98 
 
 
201 aa  176  3e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4406  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48 
 
 
211 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4569  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.98 
 
 
211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00615742 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03870  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4535  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4032  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00913543 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03823  hypothetical protein  50 
 
 
211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4495  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
211 aa  171  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  hitchhiker  0.0000191197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4311  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.06 
 
 
314 aa  171  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.411869  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4373  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.46 
 
 
211 aa  171  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4441  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50.54 
 
 
211 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235463 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4484  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
211 aa  171  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4493  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
211 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0244501 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5461  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50 
 
 
211 aa  171  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.262167 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4227  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.46 
 
 
211 aa  170  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0206  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.92 
 
 
211 aa  170  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0267078 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4001  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.46 
 
 
211 aa  169  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3716  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  51.93 
 
 
211 aa  167  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0463908  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0346  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.33 
 
 
224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3854  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.33 
 
 
215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0454  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.33 
 
 
224 aa  165  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016732 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1745  hydroxymethylpyrimidine kinase  44.27 
 
 
479 aa  165  5e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0441  thiamine-phosphate pyrophosphorylase/thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.75 
 
 
479 aa  164  6.9999999999999995e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00801461  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0023  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  48.94 
 
 
213 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.564168  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3871  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  50.83 
 
 
211 aa  162  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0041  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.94 
 
 
215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0283  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.57 
 
 
212 aa  162  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513591 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0215  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.17 
 
 
213 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2984  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.89 
 
 
226 aa  160  8.000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0219  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  49.72 
 
 
213 aa  159  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00145  Thiamine monophosphate synthase  45.3 
 
 
526 aa  159  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3071  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  46.91 
 
 
302 aa  158  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.047455  normal  0.645558 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0254  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase  44.2 
 
 
529 aa  157  9e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0208  thiamine monophosphate synthase  42.93 
 
 
349 aa  156  2e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.287057  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0893  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.71 
 
 
244 aa  155  4e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.401641  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0042  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.16 
 
 
214 aa  155  4e-37  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3290  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.85 
 
 
307 aa  155  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0892  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.62 
 
 
308 aa  154  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000295383  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0361  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.09 
 
 
500 aa  149  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2391  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.62 
 
 
513 aa  149  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0637429  normal  0.579661 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2451  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.39 
 
 
440 aa  148  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1939  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.09 
 
 
309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.850438  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2467  thiamine-phosphate diphosphorylase  44.51 
 
 
312 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.371081  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1783  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  47.09 
 
 
309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2771  thiamine-phosphate diphosphorylase  46.63 
 
 
375 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207667  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1526  hypothetical protein  38.46 
 
 
488 aa  145  5e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1457  hypothetical protein  38.19 
 
 
488 aa  144  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0386  putative thiamin-phosphate pyrophosphorylase, ThiE  43.81 
 
 
367 aa  144  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2395  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  42.86 
 
 
309 aa  144  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00365  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  36.7 
 
 
471 aa  142  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1935  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  41.21 
 
 
612 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002073  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  36.24 
 
 
471 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3005  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  44.51 
 
 
364 aa  139  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2727  thiamin-phosphate pyrophosphorylase  44.51 
 
 
216 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2777  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.51 
 
 
367 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3705  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.51 
 
 
367 aa  136  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1776  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.51 
 
 
367 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3227  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.51 
 
 
367 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1882  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.1 
 
 
565 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2096  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.1 
 
 
565 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3736  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  45.05 
 
 
367 aa  136  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0331  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.39 
 
 
374 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3678  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.51 
 
 
367 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336628  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0340  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.39 
 
 
374 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.502306  normal  0.460006 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47293  predicted protein  38.86 
 
 
580 aa  135  4e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3322  thiamine monophosphate synthase  42.44 
 
 
384 aa  134  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2444  phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase, putative  44.1 
 
 
526 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0108  thiamine-phosphate pyrophosphorylase protein  42.44 
 
 
383 aa  132  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.244017  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2014  phosphomethylpyrimidine kinase, thiamine-phosphate diphosphorylase  42.54 
 
 
557 aa  132  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.50038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1771  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  41.55 
 
 
613 aa  132  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0209  thiamine-phosphate diphosphorylase  41.54 
 
 
378 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.418209  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1937  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.28 
 
 
560 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2382  phosphomethylpyrimidine kinase  38.46 
 
 
530 aa  129  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3572  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  43.48 
 
 
367 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.480222  hitchhiker  0.0000254394 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3646  thiamine monophosphate synthase  41.54 
 
 
384 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2591  phosphomethylpyrimidine kinase  41.71 
 
 
535 aa  128  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0347459 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1923  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  41.95 
 
 
637 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2025  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.93 
 
 
650 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00308953 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2438  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.85 
 
 
632 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2322  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.85 
 
 
632 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.756854  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0413  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  44.24 
 
 
375 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>