More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3329 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  100 
 
 
386 aa  761    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  63.81 
 
 
386 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  66.4 
 
 
384 aa  443  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  64.97 
 
 
384 aa  426  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  51.14 
 
 
393 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.97 
 
 
441 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.94 
 
 
446 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  45.97 
 
 
441 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.83 
 
 
385 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  50.14 
 
 
384 aa  301  9e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  47.89 
 
 
406 aa  297  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  48.67 
 
 
378 aa  292  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.54 
 
 
394 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.77 
 
 
398 aa  289  6e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  46.2 
 
 
447 aa  287  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  46.17 
 
 
428 aa  286  5e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  46.11 
 
 
385 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  45.95 
 
 
430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  44.09 
 
 
377 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.55 
 
 
424 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  45.63 
 
 
367 aa  278  8e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  43.95 
 
 
399 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  45.55 
 
 
398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  47.13 
 
 
434 aa  273  3e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  45.89 
 
 
433 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  43.5 
 
 
402 aa  271  1e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.88 
 
 
390 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.82 
 
 
392 aa  270  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  45.87 
 
 
381 aa  268  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  45.05 
 
 
430 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  44.72 
 
 
415 aa  268  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.67 
 
 
422 aa  267  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.55 
 
 
411 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.28 
 
 
410 aa  266  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  45.07 
 
 
408 aa  265  7e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.26 
 
 
399 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.39 
 
 
436 aa  265  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  42.5 
 
 
386 aa  264  2e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  45.28 
 
 
412 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  42.7 
 
 
387 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  44.09 
 
 
386 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  46.63 
 
 
391 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.36 
 
 
395 aa  261  1e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.25 
 
 
433 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  42.82 
 
 
405 aa  260  3e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  41.89 
 
 
392 aa  259  4e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  45.28 
 
 
391 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  41.84 
 
 
405 aa  258  8e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  44.57 
 
 
398 aa  258  9e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  43.37 
 
 
380 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  41.98 
 
 
386 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  41.87 
 
 
385 aa  258  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  46.92 
 
 
397 aa  257  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.46 
 
 
391 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  46.46 
 
 
391 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2742  secretion protein HlyD  42.19 
 
 
401 aa  253  3e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.63 
 
 
396 aa  252  7e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  46.09 
 
 
404 aa  251  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  41.81 
 
 
387 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  44.63 
 
 
415 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  40.83 
 
 
417 aa  251  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  44.87 
 
 
400 aa  250  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  42.51 
 
 
394 aa  250  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  42.63 
 
 
400 aa  249  8e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  39.79 
 
 
395 aa  247  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  43.33 
 
 
378 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  41.78 
 
 
382 aa  246  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.54 
 
 
398 aa  246  6.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2887  RND family efflux transporter MFP subunit  45.5 
 
 
430 aa  246  6.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.303028  normal  0.0961096 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  41.71 
 
 
390 aa  245  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  42.09 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.8 
 
 
423 aa  243  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  40.39 
 
 
381 aa  243  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.5 
 
 
382 aa  242  7e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  39.84 
 
 
386 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.8 
 
 
469 aa  242  9e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  41.42 
 
 
386 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  40.91 
 
 
381 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  40.95 
 
 
382 aa  241  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  40.39 
 
 
382 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.62 
 
 
381 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  39.52 
 
 
395 aa  239  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  39.52 
 
 
395 aa  239  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  39.52 
 
 
388 aa  239  4e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  40.62 
 
 
381 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2730  secretion protein HlyD  41.35 
 
 
388 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.299945  normal  0.0908172 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  41.91 
 
 
409 aa  239  6.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  41.51 
 
 
397 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.51 
 
 
397 aa  237  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  41.51 
 
 
397 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  41.51 
 
 
397 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  41.64 
 
 
409 aa  238  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  41.64 
 
 
409 aa  238  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  41.51 
 
 
397 aa  237  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  41.51 
 
 
397 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  40.22 
 
 
425 aa  237  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  41.24 
 
 
379 aa  237  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  37.87 
 
 
379 aa  236  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  40.39 
 
 
382 aa  236  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  39.35 
 
 
385 aa  236  6e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>