117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3212 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3212  hypothetical protein  100 
 
 
186 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.617159  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2255  hypothetical protein  83.33 
 
 
186 aa  323  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3731  hypothetical protein  75 
 
 
188 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.352743  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3624  hypothetical protein  63.74 
 
 
185 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.018546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6652  hypothetical protein  58.29 
 
 
175 aa  221  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00938181 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7395  hypothetical protein  53.14 
 
 
175 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0967548  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5231  hypothetical protein  57.14 
 
 
175 aa  198  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.376233 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5562  hypothetical protein  53.71 
 
 
175 aa  195  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.425424  normal  0.0185018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5193  hypothetical protein  59.01 
 
 
180 aa  193  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19201  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4652  hypothetical protein  58.02 
 
 
181 aa  188  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.603696 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5115  hypothetical protein  58.02 
 
 
181 aa  188  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.85355  normal  0.468603 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2979  hypothetical protein  53.14 
 
 
174 aa  187  5e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.281823 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1504  hypothetical protein  46.63 
 
 
193 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7119  hypothetical protein  51.69 
 
 
177 aa  180  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188362  normal  0.116456 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3833  hypothetical protein  51.15 
 
 
176 aa  174  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.797851  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3401  hypothetical protein  47.98 
 
 
190 aa  168  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.380854  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6350  hypothetical protein  43.7 
 
 
163 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.041892  normal  0.708608 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2716  hypothetical protein  37.89 
 
 
185 aa  109  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.451978  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5178  putative outer membrane protein  35.81 
 
 
183 aa  99.8  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.22765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3515  hypothetical protein  34.76 
 
 
190 aa  95.1  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5576  outer membrane protein-like protein  36.76 
 
 
179 aa  90.9  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1353  hypothetical protein  36.73 
 
 
169 aa  90.9  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4032  outer membrane protein  33.33 
 
 
208 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333349 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5617  hypothetical protein  39.26 
 
 
165 aa  89  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.19111 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3284  putative secreted protein  37.04 
 
 
179 aa  87  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3606  putative secreted protein  37.04 
 
 
179 aa  86.7  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0129  hypothetical protein  34.9 
 
 
201 aa  84.7  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359868  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4919  putative outer membrane protein  36.76 
 
 
216 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3182  outer membrane protein-like protein  36.69 
 
 
187 aa  83.6  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.731503 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5552  outer membrane protein-like protein  39.71 
 
 
194 aa  83.2  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.847922 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5287  hypothetical protein  37.5 
 
 
178 aa  82.8  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.900899  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3558  hypothetical protein  32.64 
 
 
207 aa  82  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0580723  normal  0.864917 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3904  hypothetical protein  30.37 
 
 
167 aa  81.3  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0471754  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3316  hypothetical protein  33.85 
 
 
235 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.080599  normal  0.507999 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3445  putative outer membrane protein  29.93 
 
 
173 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000556959 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3178  hypothetical protein  38.73 
 
 
174 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.613777  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1367  hypothetical protein  34.97 
 
 
204 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0295237  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36980  hypothetical protein  38.73 
 
 
190 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0430291  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6462  hypothetical protein  34.97 
 
 
204 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6054  hypothetical protein  34.97 
 
 
204 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.127595 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0816  putative outer membrane protein  29.93 
 
 
173 aa  79  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5441  hypothetical protein  35.92 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3241  hypothetical protein  33.55 
 
 
166 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1165  hypothetical protein  36.11 
 
 
187 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.137159 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5634  hypothetical protein  32.86 
 
 
203 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00782523  normal  0.0387967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2005  outer membrane protein-like protein  30.14 
 
 
192 aa  77.4  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.779308  normal  0.328183 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2520  outer membrane protein-like protein  33.12 
 
 
166 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.991788  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1713  outer membrane protein  33.76 
 
 
194 aa  76.6  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000156481 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3254  hypothetical protein  33.09 
 
 
185 aa  76.6  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.111604  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6382  hypothetical protein  32.14 
 
 
203 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.141353  normal  0.501614 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5458  hypothetical protein  32.14 
 
 
204 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.646751  hitchhiker  0.00225101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11110  hypothetical protein  34.07 
 
 
170 aa  74.3  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0334  putative outer membrane protein  31.62 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1728  outer membrane protein  32.12 
 
 
214 aa  73.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403983  hitchhiker  0.000467772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5499  putative outer membrane protein  30.22 
 
 
191 aa  73.2  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.234024  decreased coverage  0.000160663 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0323  putative outer membrane protein  32.35 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3371  outer membrane protein-like protein  34.97 
 
 
195 aa  72.4  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.435295  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1069  outer membrane protein  30.14 
 
 
214 aa  69.7  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0683436 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0076  hypothetical protein  41.86 
 
 
199 aa  70.1  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.580617 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5348  hypothetical protein  35.82 
 
 
184 aa  68.6  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.956984 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5098  hypothetical protein  32.21 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0602  hypothetical protein  30.29 
 
 
181 aa  67.8  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0040  hypothetical protein  33.33 
 
 
200 aa  67.4  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.142691 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5299  hypothetical protein  39.5 
 
 
182 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0560052  normal  0.052078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2670  putative lipoprotein  30.06 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.541057  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6394  hypothetical protein  31.15 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4242  hypothetical protein  30.53 
 
 
231 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.962866  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0511  outer membrane protein-like protein  28.89 
 
 
172 aa  63.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.303175  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0744  hypothetical protein  26.74 
 
 
189 aa  62.4  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3132  hypothetical protein  32.48 
 
 
173 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5975  hypothetical protein  31.72 
 
 
208 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.566181  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3550  outer membrane protein  33.58 
 
 
204 aa  60.5  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00012513  normal  0.0785876 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2274  outer membrane protein-like protein  29.5 
 
 
174 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0408901  hitchhiker  0.00589861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2290  hypothetical protein  36.99 
 
 
233 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.75728  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3987  hypothetical protein  31.51 
 
 
212 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.498228  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4380  hypothetical protein  31.51 
 
 
212 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.116285  normal  0.971701 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5023  hypothetical protein  27.66 
 
 
201 aa  57.8  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0763629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5210  hypothetical protein  27.66 
 
 
179 aa  55.5  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000680106  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1639  hypothetical protein  29.58 
 
 
203 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.204047 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3794  hypothetical protein  28.57 
 
 
214 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4259  hypothetical protein  27.86 
 
 
214 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.464103 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3148  hypothetical protein  25.19 
 
 
201 aa  52  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.456613  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2966  hypothetical protein  24.39 
 
 
174 aa  52  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.204675  normal  0.0956768 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1767  hypothetical protein  36.51 
 
 
236 aa  52  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2103  hypothetical protein  36.51 
 
 
236 aa  52  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00149204  normal  0.726583 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2536  outer membrane protein  25.98 
 
 
173 aa  51.6  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1324  hypothetical protein  29.38 
 
 
167 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1527  hypothetical protein  36.51 
 
 
236 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178788  normal  0.568134 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1970  hypothetical protein  24.44 
 
 
201 aa  50.4  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.589425  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1369  hypothetical protein  24.44 
 
 
201 aa  50.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.75101  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0990  hypothetical protein  24.44 
 
 
201 aa  50.4  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1277  hypothetical protein  24.44 
 
 
201 aa  50.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3019  hypothetical protein  24.44 
 
 
201 aa  50.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2252  hypothetical protein  24.44 
 
 
201 aa  50.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.705781  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3728  hypothetical protein  29.87 
 
 
235 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4659  hypothetical protein  28.57 
 
 
230 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0126  hypothetical protein  34.43 
 
 
234 aa  48.9  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0925  hypothetical protein  29.85 
 
 
193 aa  48.5  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2686  hypothetical protein  29.85 
 
 
193 aa  48.5  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2389  hypothetical protein  29.85 
 
 
193 aa  48.5  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>