More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3211 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  100 
 
 
221 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  87.78 
 
 
221 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  88.73 
 
 
220 aa  344  7e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  77.38 
 
 
218 aa  338  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  72.43 
 
 
223 aa  318  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
227 aa  162  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
229 aa  105  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
212 aa  102  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  35.12 
 
 
212 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
212 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  35.12 
 
 
227 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
212 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
228 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
212 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
213 aa  99  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  38.99 
 
 
210 aa  97.4  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  38.99 
 
 
210 aa  97.4  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
211 aa  97.1  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  36.69 
 
 
234 aa  95.9  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
215 aa  95.5  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
295 aa  95.9  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  34.15 
 
 
214 aa  95.1  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  9.3152e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
273 aa  94.4  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
273 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
212 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
212 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  36.02 
 
 
340 aa  94  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  34.13 
 
 
288 aa  93.6  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  30.41 
 
 
207 aa  94  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
273 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
239 aa  93.6  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
212 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
273 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
220 aa  93.2  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
272 aa  93.2  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
276 aa  92.8  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 
222 aa  92.8  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
272 aa  92.8  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
318 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
316 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
318 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
316 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
317 aa  90.9  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
318 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
318 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
316 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
238 aa  89.7  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
211 aa  89.7  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
215 aa  89.7  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
219 aa  88.6  6e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  32.18 
 
 
213 aa  88.2  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  33.49 
 
 
216 aa  87.8  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
227 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4015  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
239 aa  84.7  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
290 aa  84.7  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 
354 aa  84  2e-15  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  38.82 
 
 
205 aa  83.2  3e-15  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  32.04 
 
 
238 aa  82  6e-15  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
231 aa  81.6  8e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  33.8 
 
 
352 aa  81.3  1e-14  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
242 aa  81.3  1e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
335 aa  79.3  4e-14  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 
227 aa  78.6  6e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
210 aa  78.2  9e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
240 aa  77.8  1e-13  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
225 aa  77.8  1e-13  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
227 aa  77  2e-13  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  28.77 
 
 
214 aa  77  2e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
233 aa  75.9  4e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 
209 aa  74.7  1e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  3.22137e-05 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  27.03 
 
 
208 aa  73.9  2e-12  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4006  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
237 aa  73.2  3e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 
242 aa  72.4  5e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
224 aa  72  6e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
313 aa  71.6  8e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 
224 aa  71.6  9e-12  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  33.51 
 
 
239 aa  70.9  1e-11  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1888  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
204 aa  71.2  1e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
242 aa  69.7  3e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4603  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
240 aa  68.6  7e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 
207 aa  68.6  7e-11  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
239 aa  68.2  9e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  56.14 
 
 
238 aa  65.9  4e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
235 aa  66.2  4e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
235 aa  66.2  4e-10  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  31.18 
 
 
233 aa  66.2  4e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
235 aa  66.2  4e-10  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
235 aa  65.9  5e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  56.14 
 
 
238 aa  65.9  5e-10  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  29.73 
 
 
233 aa  65.9  5e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 
235 aa  65.5  7e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  56.14 
 
 
235 aa  65.1  8e-10  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2597  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 
218 aa  65.1  9e-10  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.127933  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0588  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
276 aa  63.5  3e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  54.24 
 
 
191 aa  63.5  3e-09  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6888  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
254 aa  62.8  4e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0388  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
249 aa  59.7  4e-08  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.190078  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
195 aa  59.3  4e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2034  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
216 aa  59.3  4e-08  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.480509  normal  0.0875613 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3897  regulatory protein, TetR  32.35 
 
 
248 aa  58.9  5e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0396363  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>