More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3188 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3188  30S ribosomal protein S7  100 
 
 		 156 aa  320  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.863233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3671  30S ribosomal protein S7  97.44 
 
 		 156 aa  315  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2291  30S ribosomal protein S7  97.44 
 
 		 156 aa  311  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1360  30S ribosomal protein S7  93.59 
 
 		 156 aa  305  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.600626 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1541  30S ribosomal protein S7  92.95 
 
 		 156 aa  300  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5074  30S ribosomal protein S7  91.67 
 
 		 156 aa  298  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182809  normal  0.19105 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3452  30S ribosomal protein S7  89.1 
 
 		 156 aa  288  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.964453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1350  30S ribosomal protein S7  80.13 
 
 		 156 aa  270  4.0000000000000004e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.3065  hitchhiker  0.00975645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0584  30S ribosomal protein S7  79.49 
 
 		 156 aa  267  5e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1682  30S ribosomal protein S7  80.77 
 
 		 156 aa  266  8e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2119  30S ribosomal protein S7  78.21 
 
 		 156 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.369187 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2436  30S ribosomal protein S7  77.56 
 
 		 156 aa  262  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.421557 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2158  30S ribosomal protein S7  77.56 
 
 		 156 aa  262  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2214  30S ribosomal protein S7  76.92 
 
 		 156 aa  261  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0357  30S ribosomal protein S7  78.21 
 
 		 156 aa  260  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.720773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1952  30S ribosomal protein S7  78.85 
 
 		 156 aa  259  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00000345641  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1237  30S ribosomal protein S7  78.85 
 
 		 156 aa  258  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1200  30S ribosomal protein S7  78.85 
 
 		 156 aa  258  2e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.764609  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1904  30S ribosomal protein S7  76.92 
 
 		 156 aa  256  8e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0532387  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0694  30S ribosomal protein S7  76.28 
 
 		 156 aa  255  1e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000170955  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0662  30S ribosomal protein S7  76.28 
 
 		 156 aa  255  1e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000445482  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1834  30S ribosomal protein S7  76.28 
 
 		 156 aa  254  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0342202  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1328  30S ribosomal protein S7  76.28 
 
 		 156 aa  254  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.34373  normal  0.104548 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1426  30S ribosomal protein S7  75.64 
 
 		 156 aa  252  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0991095  normal  0.0239957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1675  30S ribosomal protein S7  76.28 
 
 		 156 aa  251  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.291204  hitchhiker  0.00290969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0802  30S ribosomal protein S7  77.07 
 
 		 157 aa  248  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.26449  normal  0.250065 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0982  30S ribosomal protein S7  73.72 
 
 		 156 aa  248  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.695424  normal  0.0667494 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0240  30S ribosomal protein S7  76.28 
 
 		 156 aa  247  4e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0357  30S ribosomal protein S7  74.36 
 
 		 156 aa  246  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1709  30S ribosomal protein S7  74.36 
 
 		 156 aa  246  6e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0343  30S ribosomal protein S7  74.36 
 
 		 156 aa  246  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2538  30S ribosomal protein S7  74.36 
 
 		 156 aa  246  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.655975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1357  30S ribosomal protein S7  75.64 
 
 		 156 aa  245  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216177  normal  0.156849 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1799  30S ribosomal protein S7  73.72 
 
 		 156 aa  242  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0695126  normal  0.152757 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0272  30S ribosomal protein S7  72.44 
 
 		 156 aa  240  3.9999999999999997e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.432697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2732  30S ribosomal protein S7  71.15 
 
 		 156 aa  239  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0576  30S ribosomal protein S7  71.79 
 
 		 156 aa  238  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.688542 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0754  30S ribosomal protein S7  72.44 
 
 		 156 aa  237  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.259118 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1949  30S ribosomal protein S7  72.78 
 
 		 158 aa  237  5e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2692  30S ribosomal protein S7  71.15 
 
 		 156 aa  236  6.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507657  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2822  30S ribosomal protein S7  76.55 
 
 		 156 aa  234  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0935176 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1245  30S ribosomal protein S7  71.79 
 
 		 156 aa  233  8e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.671959  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2963  30S ribosomal protein S7  70.89 
 
 		 158 aa  232  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1930  30S ribosomal protein S7  66.67 
 
 		 156 aa  226  7e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1949  30S ribosomal protein S7  66.67 
 
 		 156 aa  226  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.740845  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2015  30S ribosomal protein S7  66.67 
 
 		 156 aa  226  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1908  30S ribosomal protein S7  64.74 
 
 		 156 aa  223  9e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.049372 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00699  30S ribosomal protein S7  64.74 
 
 		 156 aa  223  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000258418  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0601  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 		 156 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00129105  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0417  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 		 156 aa  218  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00230825  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0715  30S ribosomal protein S7  62.18 
 
 		 156 aa  216  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000287313  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06200  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 		 156 aa  214  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0843  30S ribosomal protein S7  63.46 
 
 		 156 aa  214  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00121052  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2728  30S ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 156 aa  213  7e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000610678  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0319  ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 156 aa  213  7e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000298761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0450  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 		 156 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0295757  unclonable  0.000000315052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4753  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 		 156 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00430296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0480  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 		 156 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.037317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0483  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 		 156 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0139239  normal  0.0328546 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3913  30S ribosomal protein S7  64.1 
 
 		 156 aa  213  9e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.240756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0927  30S ribosomal protein S7  62.18 
 
 		 156 aa  212  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000491637  hitchhiker  0.000862524 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0833  30S ribosomal protein S7  64.74 
 
 		 156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.628851  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0316  30S ribosomal protein S7  62.18 
 
 		 156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08810  30S ribosomal protein S7  64.74 
 
 		 156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.517353  normal  0.0114228 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4766  30S ribosomal protein S7  60.9 
 
 		 156 aa  211  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.256339  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0401  30S ribosomal protein S7  66.03 
 
 		 156 aa  211  3.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000162716  normal  0.0793455 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0697  30S ribosomal protein S7  63.46 
 
 		 156 aa  209  9e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.92672e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3342  30S ribosomal protein S7  65.38 
 
 		 156 aa  209  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00383081  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1552  30S ribosomal protein S7  61.54 
 
 		 156 aa  209  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00138461  normal  0.948328 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01130  ribosomal protein S7  61.04 
 
 		 155 aa  209  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.61057e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0315  30S ribosomal protein S7  62.18 
 
 		 156 aa  209  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.99875e-22  hitchhiker  0.000536681 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2464  30S ribosomal protein S7  63.46 
 
 		 156 aa  208  2e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.025991 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0418  30S ribosomal protein S7  60.26 
 
 		 156 aa  208  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000139374  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0622  ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 156 aa  207  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0341393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5083  30S ribosomal protein S7  64.33 
 
 		 157 aa  207  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000594669  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4008  ribosomal protein S7  64.2 
 
 		 162 aa  208  3e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0613135  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0808  30S ribosomal protein S7  62.42 
 
 		 157 aa  207  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000412886  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0103  30S ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 156 aa  207  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2173  ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 155 aa  207  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.147945  normal  0.690329 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0046  30S ribosomal protein S7  63.46 
 
 		 156 aa  207  4e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000296735  hitchhiker  6.48919e-23 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0863  30S ribosomal protein S7  61.54 
 
 		 156 aa  207  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000741191  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002298  SSU ribosomal protein S7p (S5e)  61.54 
 
 		 156 aa  207  6e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000149814  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3447  30S ribosomal protein S7  62.18 
 
 		 156 aa  207  6e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0304282  normal  0.373801 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2337  30S ribosomal protein S7  60.26 
 
 		 156 aa  207  6e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000011851  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0311  30S ribosomal protein S7  60.9 
 
 		 156 aa  206  8e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00398327  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2772  30S ribosomal protein S7  62.18 
 
 		 156 aa  206  8e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000143156  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4552  30S ribosomal protein S7  62.18 
 
 		 156 aa  206  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal  0.0692383 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00056  30S ribosomal protein S7  61.54 
 
 		 156 aa  206  9e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4280  30S ribosomal protein S7  61.15 
 
 		 157 aa  206  9e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000700691  unclonable  0.00000000000287747 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0049  30S ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 156 aa  206  9e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000574292  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3439  30S ribosomal protein S7  60.9 
 
 		 156 aa  206  9e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000192356  decreased coverage  0.0000249886 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2328  30S ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 155 aa  206  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000186286  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0454  30S ribosomal protein S7  63.46 
 
 		 156 aa  206  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3184  30S ribosomal protein S7  63.46 
 
 		 156 aa  205  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0610715  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2778  ribosomal protein S7  62.18 
 
 		 156 aa  205  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.114553  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3023  30S ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 156 aa  204  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000569817  decreased coverage  0.00269493 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2954  30S ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 156 aa  204  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404513  hitchhiker  0.000060996 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3301  30S ribosomal protein S7  62.82 
 
 		 156 aa  204  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00000779893  hitchhiker  0.00480124 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0752  30S ribosomal protein S7  61.15 
 
 		 157 aa  204  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.637103  normal  0.155777 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0209  30S ribosomal protein S7  60.9 
 
 		 156 aa  204  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000277948  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>