More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3174 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2305  50S ribosomal protein L14  100 
 
 		 122 aa  241  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0162624  normal  0.103415 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3174  50S ribosomal protein L14  100 
 
 		 122 aa  241  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.992271  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5060  50S ribosomal protein L14  98.36 
 
 		 122 aa  238  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.750337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3438  50S ribosomal protein L14  99.18 
 
 		 122 aa  238  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286234  normal  0.516517 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3657  50S ribosomal protein L14  97.54 
 
 		 122 aa  237  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1374  50S ribosomal protein L14  97.54 
 
 		 122 aa  236  6.999999999999999e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.439933  normal  0.532331 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1555  50S ribosomal protein L14  97.54 
 
 		 122 aa  236  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0343  50S ribosomal protein L14  90.98 
 
 		 122 aa  227  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.867842  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1223  50S ribosomal protein L14  91.8 
 
 		 122 aa  226  7e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1186  50S ribosomal protein L14  91.8 
 
 		 122 aa  226  7e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.367223  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1966  50S ribosomal protein L14  91.8 
 
 		 122 aa  226  7e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00306344  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1342  50S ribosomal protein L14  90.98 
 
 		 122 aa  225  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0385141  normal  0.0414713 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1364  50S ribosomal protein L14  91.8 
 
 		 122 aa  226  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.279063  normal  0.0203367 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1668  50S ribosomal protein L14  89.34 
 
 		 122 aa  223  5.0000000000000005e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0136083  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1440  50S ribosomal protein L14  90.16 
 
 		 122 aa  223  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4594  normal  0.200304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2191  50S ribosomal protein L14  89.34 
 
 		 122 aa  223  9e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2208  50S ribosomal protein L14  89.34 
 
 		 122 aa  223  9e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.905763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0996  50S ribosomal protein L14  89.34 
 
 		 122 aa  222  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0292243 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1850  50S ribosomal protein L14  89.34 
 
 		 122 aa  221  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.114328  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2746  50S ribosomal protein L14  89.34 
 
 		 122 aa  222  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.014298  normal  0.185382 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1918  50S ribosomal protein L14  90.76 
 
 		 119 aa  221  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.320617  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0570  50S ribosomal protein L14  88.52 
 
 		 122 aa  220  6e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0676  50S ribosomal protein L14  86.07 
 
 		 122 aa  217  3e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000448087  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0708  50S ribosomal protein L14  86.07 
 
 		 122 aa  217  3e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000253605  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2154  50S ribosomal protein L14  89.08 
 
 		 119 aa  216  7e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.776638 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2469  50S ribosomal protein L14  89.08 
 
 		 119 aa  216  7e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.315328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1624  50S ribosomal protein L14  84.43 
 
 		 122 aa  213  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.118658  normal  0.312763 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0371  50S ribosomal protein L14  84.43 
 
 		 122 aa  209  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1725  50S ribosomal protein L14  84.43 
 
 		 122 aa  209  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535477  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1343  50S ribosomal protein MRPL14P  86.18 
 
 		 123 aa  208  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2524  50S ribosomal protein L14  84.43 
 
 		 122 aa  209  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0264  50S ribosomal protein L14  83.61 
 
 		 122 aa  207  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188398  normal  0.453731 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0601  50S ribosomal protein L14  83.61 
 
 		 122 aa  207  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0295  50S ribosomal protein L14  82.79 
 
 		 122 aa  207  4e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0769  50S ribosomal protein L14  83.61 
 
 		 122 aa  207  5e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.234537  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0729  50S ribosomal protein L14  79.51 
 
 		 122 aa  197  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0102983  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2164  50S ribosomal protein L14  80.49 
 
 		 123 aa  196  9e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000108066  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00948  50S ribosomal protein L14  77.87 
 
 		 122 aa  196  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000686211  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2247  50S ribosomal protein L14  77.87 
 
 		 122 aa  196  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000965477  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2362  ribosomal protein L14  77.87 
 
 		 122 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.956656  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2678  50S ribosomal protein L14P  79.51 
 
 		 122 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2764  ribosomal protein L14  77.05 
 
 		 122 aa  195  2.0000000000000003e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000816669  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0330  50S ribosomal protein L14  78.05 
 
 		 123 aa  194  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000213819  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2314  50S ribosomal protein L14P  77.87 
 
 		 122 aa  194  3e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.109714  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2159  ribosomal protein L14  77.87 
 
 		 122 aa  194  3e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal  0.234702 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0089  50S ribosomal protein L14  75.41 
 
 		 122 aa  194  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0890299 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3514  ribosomal protein L14  77.05 
 
 		 122 aa  194  4.0000000000000005e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000000971398  hitchhiker  0.0000000993182 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03161  50S ribosomal protein L14  79.67 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0403  ribosomal protein L14  79.67 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000277059  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0403  50S ribosomal protein L14  79.67 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000132736  hitchhiker  0.0000717726 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4633  50S ribosomal protein L14  79.67 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000683604  normal  0.378647 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3605  50S ribosomal protein L14  79.67 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000364384  normal  0.0248646 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3504  50S ribosomal protein L14  79.67 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000579404  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3695  50S ribosomal protein L14  79.67 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000688942  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3793  50S ribosomal protein L14  79.67 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000402045  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03112  hypothetical protein  79.67 
 
 		 123 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000201498  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0415  50S ribosomal protein L14  78.86 
 
 		 123 aa  193  7e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0110237  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1076  50S ribosomal protein L14  77.87 
 
 		 122 aa  193  8.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00057031  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0338  50S ribosomal protein L14  74.59 
 
 		 160 aa  193  8.000000000000001e-49  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.47925  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001732  LSU ribosomal protein L14p (L23e)  78.05 
 
 		 123 aa  192  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000162129  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3899  50S ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  192  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00304511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0507  50S ribosomal protein L14  77.87 
 
 		 122 aa  192  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0120188  hitchhiker  0.000000000290326 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3741  50S ribosomal protein L14  79.67 
 
 		 123 aa  192  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000040815  hitchhiker  0.0036093 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00740  50S ribosomal protein L14  78.05 
 
 		 123 aa  192  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1936  50S ribosomal protein L14  81.15 
 
 		 122 aa  192  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0337  50S ribosomal protein L14  77.87 
 
 		 122 aa  192  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0857  50S ribosomal protein L14P  75.41 
 
 		 122 aa  192  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000045914  hitchhiker  0.000476718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0464  50S ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.825158  hitchhiker  0.0000027231 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0333  50S ribosomal protein L14  78.05 
 
 		 123 aa  191  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000092381  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0636  ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  192  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000379152  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2976  50S ribosomal protein L14  78.69 
 
 		 122 aa  191  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4538  50S ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  192  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.118021 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0443  50S ribosomal protein L14  75.41 
 
 		 122 aa  192  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00471045  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5069  50S ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  192  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000172755  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1259  50S ribosomal protein L14  77.05 
 
 		 122 aa  192  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.959032  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0497  50S ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000305715  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2808  50S ribosomal protein L14  78.69 
 
 		 122 aa  192  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.430047 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0494  50S ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0424686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0504  50S ribosomal protein L14  74.59 
 
 		 122 aa  191  2e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0466171  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3812  50S ribosomal protein L14  78.86 
 
 		 123 aa  191  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000039471  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3797  50S ribosomal protein L14  78.86 
 
 		 123 aa  191  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0323458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3626  50S ribosomal protein L14  78.86 
 
 		 123 aa  191  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00182904  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2055  ribosomal protein L14  74.59 
 
 		 122 aa  191  3e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000741427  normal  0.051973 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3626  50S ribosomal protein L14  78.86 
 
 		 123 aa  191  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000411381  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3699  50S ribosomal protein L14  78.86 
 
 		 123 aa  191  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000119434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0999  ribosomal protein L14  77.87 
 
 		 121 aa  191  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00274918  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3991  50S ribosomal protein L14  78.86 
 
 		 123 aa  191  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000125728  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3734  50S ribosomal protein L14  78.86 
 
 		 123 aa  191  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000182354  normal  0.0166061 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1565  50S ribosomal protein L14  73.77 
 
 		 122 aa  191  3e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0209  50S ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  191  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000783704  hitchhiker  0.0000000013297 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0593  50S ribosomal protein L14  78.05 
 
 		 123 aa  191  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000194944  normal  0.41091 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0293  50S ribosomal protein L14  78.05 
 
 		 123 aa  191  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000113985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3904  50S ribosomal protein L14  78.05 
 
 		 123 aa  191  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000392566  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08950  50S ribosomal protein L14  75.41 
 
 		 122 aa  191  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.459474  normal  0.0351235 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4534  50S ribosomal protein L14  78.86 
 
 		 123 aa  190  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143523  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0223  50S ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  191  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000101155  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0329  50S ribosomal protein L14  75.41 
 
 		 122 aa  190  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.5842e-28  unclonable  0.0000000445572 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4680  50S ribosomal protein L14  76.23 
 
 		 122 aa  190  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  unclonable  0.0000000117044 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1755  50S ribosomal protein L14  73.77 
 
 		 122 aa  190  5e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.487668  normal  0.39775 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0690  50S ribosomal protein L14  75.41 
 
 		 122 aa  190  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.114606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>