More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3169 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  100 
 
 		 177 aa  353  5e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  97.74 
 
 		 177 aa  348  3e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  94.92 
 
 		 177 aa  340  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  85.88 
 
 		 177 aa  313  8e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  84.75 
 
 		 177 aa  313  9.999999999999999e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3433  50S ribosomal protein L6  85.31 
 
 		 177 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286607  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  84.18 
 
 		 177 aa  307  5e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2149  50S ribosomal protein L6  73.45 
 
 		 177 aa  264  5.999999999999999e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  72.88 
 
 		 177 aa  263  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  72.88 
 
 		 177 aa  263  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  71.75 
 
 		 177 aa  261  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 		 177 aa  260  6e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  69.49 
 
 		 177 aa  254  6e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  68.36 
 
 		 177 aa  250  7e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  68.36 
 
 		 177 aa  250  7e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  67.23 
 
 		 177 aa  246  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  68.93 
 
 		 177 aa  245  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  243  9e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  0.0000000834141 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0565  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 		 177 aa  239  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 		 177 aa  238  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2519  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  236  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  235  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  234  4e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  233  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1730  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 		 177 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00717993  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000134886  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0376  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 		 177 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.667963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 		 177 aa  231  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2751  ribosomal protein L6  63.84 
 
 		 177 aa  230  9e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.22493  normal  0.2065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 		 177 aa  229  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0269  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  230  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0431444  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0774  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 		 177 aa  226  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.498464  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0300  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  223  8e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.564979 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  58.19 
 
 		 177 aa  218  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  218  5e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  213  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  213  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  211  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  210  7e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  209  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  209  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  206  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2673  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  203  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711819  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3164  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  198  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000424619  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  197  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000965255  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3282  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  197  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000490691  hitchhiker  0.00000852439 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  197  7e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2935  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  197  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0214974  hitchhiker  0.00000101172 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  197  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  197  7e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3302  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  196  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 176 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 175 aa  196  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  53.93 
 
 		 178 aa  195  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000583709  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1004  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00326754  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0163  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  194  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000387746  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 176 aa  193  9e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  55.43 
 
 		 178 aa  193  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4302  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 176 aa  192  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000025349  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  56.98 
 
 		 177 aa  192  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0185  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  191  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000922994  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0228  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  192  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000431714  unclonable  0.00000804298 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4675  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  191  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000105609  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1931  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  191  6e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.551471  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0068  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  190  8e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00100116  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0065  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  190  8e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654167  hitchhiker  0.0000000000000139653 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  189  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000131703  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  189  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  189  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 		 178 aa  189  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2631  50S ribosomal protein L6P  52 
 
 		 178 aa  189  2e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.242825  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 176 aa  189  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3053  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  189  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000512294  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0441  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000296356  hitchhiker  0.000109216 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0264  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 176 aa  188  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000279479  hitchhiker  0.0041278 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3744  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  188  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000640948  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0211  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0215  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000103444  hitchhiker  0.000114271 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4041  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000805939  unclonable  0.00000000000307302 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4155  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000600192  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3509  ribosomal protein L6  54.19 
 
 		 177 aa  187  7e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000396017  hitchhiker  0.00000010719 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3462  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 176 aa  187  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000287307  decreased coverage  0.00473222 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0214  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  187  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000010053  hitchhiker  0.00000000158568 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3731  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000218121  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2617  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  186  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00663642  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3761  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0024508  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2981  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3154  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  186  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0206863  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3493  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  186  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.393113  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0214  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000958159  unclonable  0.0000000000152518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0209  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000225303  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1939  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  186  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0207492  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3789  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 176 aa  186  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>