168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3138 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3138  PilT protein-like  100 
 
 		 140 aa  276  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464533  normal  0.496916 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2332  PilT protein-like  78.57 
 
 		 140 aa  217  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.221502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7721  plasmid stability protein  78.99 
 
 		 140 aa  210  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.859418 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3889  PilT domain-containing protein  73.91 
 
 		 142 aa  206  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4764  PilT domain-containing protein  70.29 
 
 		 138 aa  196  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.310304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1214  PilT domain-containing protein  76.09 
 
 		 140 aa  196  1.0000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3521  PilT domain-containing protein  76.09 
 
 		 140 aa  196  1.0000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764562 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1456  PilT protein domain protein  70.59 
 
 		 139 aa  194  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.208651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1780  plasmid stability protein, putative  70.59 
 
 		 139 aa  194  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2302  plasmid stabilization protein  65.47 
 
 		 142 aa  190  4e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.171886  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3455  PilT protein, N-terminal  69.85 
 
 		 144 aa  165  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3027  PilT protein domain protein  57.14 
 
 		 140 aa  160  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3569  PilT protein domain protein  55.47 
 
 		 140 aa  151  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4710  PilT domain-containing protein  54.74 
 
 		 139 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.552962 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4188  PilT domain-containing protein  54.74 
 
 		 139 aa  149  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.990127  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0018  plasmid stability protein StbB  53.96 
 
 		 139 aa  147  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0242004  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3474  PilT domain-containing protein  53.96 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0469  PilT domain-containing protein  53.57 
 
 		 141 aa  146  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3767  PilT domain-containing protein  54.01 
 
 		 140 aa  143  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546918  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5841  PilT domain-containing protein  51.43 
 
 		 141 aa  139  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3797  PilT domain-containing protein  50 
 
 		 151 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238578 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3192  PilT domain-containing protein  56.2 
 
 		 141 aa  137  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4334  PilT domain-containing protein  59.71 
 
 		 139 aa  137  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0896  PilT protein-like  47.48 
 
 		 139 aa  135  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4674  PilT protein domain protein  53.24 
 
 		 141 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1045  PilT domain-containing protein  45.65 
 
 		 139 aa  121  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0543043  normal  0.324928 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0728  PilT protein domain protein  52.52 
 
 		 141 aa  120  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.5519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2075  PilT domain-containing protein  51.82 
 
 		 144 aa  120  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0526989 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4619  PilT domain-containing protein  42.14 
 
 		 159 aa  114  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3575  PilT protein domain protein  43.07 
 
 		 140 aa  113  6.9999999999999995e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00704853  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0074  PilT protein domain protein  43.38 
 
 		 139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1070  PilT protein-like protein  43.8 
 
 		 145 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4538  PilT protein domain protein  39.13 
 
 		 140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.104439 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3697  PilT protein domain protein  42.75 
 
 		 138 aa  108  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1880  PilT-type plasmid stability protein  42.86 
 
 		 140 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0630  PilT protein domain protein  43.07 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4028  PilT protein domain protein  43.57 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23550  predicted nucleic acid-binding protein, contains PIN domain protein  40.29 
 
 		 142 aa  105  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.46968  normal  0.640927 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3180  PilT domain-containing protein  42.86 
 
 		 141 aa  102  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2640  PilT domain-containing protein  39.42 
 
 		 139 aa  101  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1777  PilT domain-containing protein  38.69 
 
 		 143 aa  99.8  1e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.406004  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1876  plasmid stabilization protein StbB-like  39.57 
 
 		 139 aa  98.6  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.417395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5262  PilT protein domain protein  33.58 
 
 		 142 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0679342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0792  nucleic acid binding protein  40.34 
 
 		 155 aa  96.3  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.705991  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1823  PilT domain-containing protein  35.82 
 
 		 142 aa  95.9  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.402154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1045  putative nucleic acid-binding protein  38.24 
 
 		 139 aa  95.9  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.883513  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5671  putative plasmid stability protein  71.01 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0805  PilT protein-like  46.72 
 
 		 139 aa  94.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.402403 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2795  PilT domain-containing protein  38.69 
 
 		 140 aa  94.7  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.517688  normal  0.128803 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1362  plasmid stability protein, putative  40.58 
 
 		 142 aa  94.7  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00298137  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1400  PilT protein domain protein  37.78 
 
 		 140 aa  92.8  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.310156 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4581  PilT protein-like  34.31 
 
 		 140 aa  92.8  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.766949  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4151  PilT protein-like  37.86 
 
 		 140 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0713  PilT domain-containing protein  37.78 
 
 		 141 aa  91.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000185206  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2339  PilT protein domain protein  34.78 
 
 		 141 aa  91.3  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4019  PilT protein-like  38.97 
 
 		 144 aa  91.3  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0505  putative plasmid stability protein  38.13 
 
 		 145 aa  90.5  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1964  PilT protein domain protein  37.23 
 
 		 141 aa  90.1  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.313407 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4284  prevent-host-death protein  36.5 
 
 		 145 aa  90.1  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.600657  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1545  plasmid stabilization protein StbB-like  38.73 
 
 		 151 aa  88.6  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00762824 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1999  PIN domain protein  39.86 
 
 		 150 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0463072  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1710  PilT domain-containing protein  38.13 
 
 		 140 aa  87  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.164761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4575  PilT protein-like  38.97 
 
 		 137 aa  85.9  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4210  PilT domain-containing protein  45 
 
 		 146 aa  84.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.242184  normal  0.98897 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0624  PilT protein-like  37.96 
 
 		 141 aa  84.3  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.810517  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3418  PilT protein, N-terminal  38.51 
 
 		 150 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317439  normal  0.0554428 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0013  PilT protein-like  35.56 
 
 		 140 aa  82.8  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5170  PilT protein domain protein  36.03 
 
 		 147 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0091  PilT protein-like  43.66 
 
 		 144 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0076  PilT protein domain protein  36.43 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.379626  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1602  PilT protein-like  36.81 
 
 		 135 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4543  PilT protein domain protein  36.96 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0857  PilT protein  39.44 
 
 		 140 aa  77.8  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.159356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4574  PilT domain-containing protein  36.03 
 
 		 147 aa  76.3  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0680986  normal  0.0209411 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2839  nucleic acid-binding protein contains PIN domain  38.19 
 
 		 140 aa  74.7  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2084  PilT protein-like protein  34.97 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.236876  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2505  PilT protein domain protein  36.03 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4833  PilT protein-like  36.62 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3333  PilT domain-containing protein  36.62 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4182  PilT domain-containing protein  36.62 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3163  PilT protein domain protein  36.55 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.732092  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0871  putative plasmid stability-like protein  30.66 
 
 		 137 aa  72  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852163  normal  0.0312935 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2039  PilT domain-containing protein  35.62 
 
 		 140 aa  72  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.837298  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3079  PilT protein-like  37.14 
 
 		 146 aa  71.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.046913  normal  0.55485 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2733  PilT protein-like  36.23 
 
 		 145 aa  71.2  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.489446  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4565  PilT protein domain protein  35 
 
 		 140 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3346  PilT protein-like  35.71 
 
 		 146 aa  68.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.732175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5884  PilT domain-containing protein  34.97 
 
 		 148 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1213  PilT domain-containing protein  34.93 
 
 		 143 aa  67  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.401096 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1397  PilT protein-like  39.73 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00639192  normal  0.0193425 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0679  putative plasmid stability protein  36.81 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.536522  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2539  PilT domain-containing protein  33.81 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.948556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0057  PilT protein domain protein  28.47 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.033229 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2534  PilT protein, N-terminal  34.31 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.641844  normal  0.62652 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3420  PilT protein domain protein  30.71 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5181  PilT domain-containing protein  32.64 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0688  PilT domain-containing protein  25.74 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.442109  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1526  PilT protein domain protein  30.87 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2919  PilT protein domain protein  29.5 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0305  PilT protein domain protein  32.82 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0032427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>