More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3131 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3131  ABC transporter related  100 
 
 		 250 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00980337  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2763  ABC transporter related  92 
 
 		 250 aa  447  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1948  ABC transporter related  90 
 
 		 250 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3714  ABC transporter related  89.6 
 
 		 250 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.473058  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3826  ABC transporter related  86.8 
 
 		 250 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1385  ABC transporter related  69.79 
 
 		 251 aa  328  7e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.692316  normal  0.0515657 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1400  ABC transporter related  66.53 
 
 		 251 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1515  ABC transporter related  64.54 
 
 		 251 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.274382  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2808  ABC transporter related  50.43 
 
 		 232 aa  237  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.491763  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1755  ABC transporter related  48.23 
 
 		 234 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0225  ABC transporter related  43.53 
 
 		 237 aa  204  9e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.633175  normal  0.041415 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3208  ABC transporter related  46.7 
 
 		 231 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0050  ABC transporter related  45.73 
 
 		 232 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.906419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1177  ABC transporter related  43.04 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.496575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0556  ABC transporter-like  44.73 
 
 		 238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000214193  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3676  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  43.53 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0601  ABC transporter  43.88 
 
 		 238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.190896  normal  0.541783 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4185  ABC transporter related protein  47.6 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0263202  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4863  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  45.11 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000477464  hitchhiker  0.0000052401 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4741  ABC transporter related  45.11 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000344378  hitchhiker  0.000000131699 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4915  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  43.88 
 
 		 238 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4268  ABC transporter related  45.49 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4919  ABC transporter related  44.68 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000800081  decreased coverage  0.0000000000000903598 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0655  ABC transporter related  43.53 
 
 		 231 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.139364 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4655  ABC transporter related  44.68 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000808014  hitchhiker  0.00473023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0661  ABC transporter related  43.53 
 
 		 231 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.579097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4479  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP binding protein  42.24 
 
 		 234 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00225011  hitchhiker  0.00953157 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0545  ABC transporter related  45.34 
 
 		 234 aa  193  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.756199 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2495  ABC transporter related  43.88 
 
 		 238 aa  193  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0761  ABC transporter related  46.26 
 
 		 237 aa  193  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0615  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.1 
 
 		 231 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3827  ABC transporter related  44.05 
 
 		 237 aa  191  7e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4904  ABC transporter related  44.05 
 
 		 237 aa  191  7e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3131  ABC transporter related  43.7 
 
 		 237 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3456  ABC transporter related  44.93 
 
 		 236 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3199  ABC transporter-related protein  44.35 
 
 		 234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5724  ABC transporter related  40.52 
 
 		 233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6088  ABC transporter related  40.52 
 
 		 233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.89804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2185  ABC transporter related protein  44.58 
 
 		 247 aa  189  5e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1048  ABC transporter related  44.49 
 
 		 236 aa  189  5e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2306  ABC transporter related protein  41.38 
 
 		 236 aa  188  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64860  ABC transporter ATP-binding protein  43.64 
 
 		 238 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000027849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2432  ABC transporter related protein  41.95 
 
 		 237 aa  188  9e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00198447  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6570  ABC transporter related  42.24 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0192562  normal  0.0138442 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2768  ABC transporter related  40.43 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0458182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5634  ABC transporter ATP-binding protein  43.4 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6571  ABC transporter related  40.52 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177691  normal  0.0408481 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3616  ABC transporter related  41.95 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.537996 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3056  ABC transporter related  44.03 
 
 		 239 aa  187  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0387789  hitchhiker  0.000278383 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3737  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  44.78 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.548098  normal  0.605749 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1730  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.5 
 
 		 247 aa  186  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0028  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  38.66 
 
 		 238 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3554  ABC transporter related  44.35 
 
 		 234 aa  186  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.256863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2654  ABC transporter-like protein  43.22 
 
 		 237 aa  185  7e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00480746  hitchhiker  0.00390953 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2042  ABC transporter related  42.92 
 
 		 247 aa  185  8e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000858552 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1020  ABC transporter related  42.68 
 
 		 240 aa  184  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0537  ABC transporter related  41.41 
 
 		 249 aa  184  8e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.135709  unclonable  0.0000000163343 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2562  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  41.81 
 
 		 233 aa  184  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0197  ABC transporter related  41.99 
 
 		 234 aa  184  9e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1284  ABC transporter related  44.35 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3053  ABC transporter related protein  42.79 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0506  ABC transporter related  42.24 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00971431  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2365  ABC transporter related  44.12 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5861  ABC transporter related  41.15 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0731407 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1446  ABC transporter related  44.35 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0771597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2855  ABC transporter related protein  44.74 
 
 		 245 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3002  ABC transporter related  40.68 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3462  ABC transporter related  41.81 
 
 		 235 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1952  ABC transporter related  41.1 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.571715  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0589  ABC transporter related protein  39.44 
 
 		 259 aa  182  3e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1473  ABC transporter related  39.24 
 
 		 236 aa  182  3e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1851  ABC transporter related  41.53 
 
 		 234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0531443  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0518  ABC transporter related  39.75 
 
 		 241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0593095  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3423  ABC transporter related  42.02 
 
 		 237 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1903  ABC transporter related  42.13 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.638808  normal  0.412761 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1585  ABC transporter related  42.92 
 
 		 237 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3728  ABC transporter related  42.06 
 
 		 236 aa  181  7e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0255597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0566  ABC transporter related  41.42 
 
 		 241 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.328556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1162  ABC transporter related  41 
 
 		 241 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.596535 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2960  ABC transporter related protein  42.92 
 
 		 256 aa  181  9.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0025  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  38.24 
 
 		 238 aa  181  9.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2888  high-affinity branched-chain amino acid transport protein (ABC transporter ATP-binding protein)  41.25 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.101845  normal  0.0641084 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2891  ABC transporter related protein  41.6 
 
 		 240 aa  181  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1261  ABC transporter related  41.18 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2363  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  41.25 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0731  ABC transporter related  41.88 
 
 		 237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0419  ABC transporter-like protein  45.92 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2027  ABC transporter related  43.22 
 
 		 234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.813889  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2125  ABC transporter related  42.08 
 
 		 247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0936  ABC transporter related  41 
 
 		 234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000438141  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0269  ABC transporter related  39.83 
 
 		 244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00740442  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2028  ABC transporter related  42.49 
 
 		 235 aa  179  4e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1865  ABC transporter related  42.5 
 
 		 247 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4818  ABC transporter related  38.49 
 
 		 243 aa  179  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2979  ABC transporter related  39.66 
 
 		 237 aa  178  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3512  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  42.62 
 
 		 243 aa  178  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.151432  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0484  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, ATPase component  40.43 
 
 		 237 aa  178  8e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0990  ABC transporter related  37.82 
 
 		 237 aa  178  9e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000228508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5682  ABC transporter related  42.21 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4754  ABC transporter-related protein  43.36 
 
 		 234 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>