81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3124 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3124  Beta-lactamase  100 
 
 
271 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2340  twin-arginine translocation pathway signal  90.07 
 
 
272 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0669803  normal  0.380486 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3398  Beta-lactamase  80.51 
 
 
272 aa  438  1e-122  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.130069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5028  Beta-lactamase (OXA-5), class D  72.06 
 
 
272 aa  400  1e-110  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4075  Beta-lactamase  41.57 
 
 
271 aa  201  1e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.709144 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3962  Beta-lactamase  41.57 
 
 
271 aa  201  1e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3157  Beta-lactamase  40.86 
 
 
270 aa  199  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280746  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3440  penicillin-binding protein, transpeptidase  40.15 
 
 
265 aa  197  2e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0694  Beta-lactamase  39.77 
 
 
265 aa  195  5e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.96311e-06  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3328  Beta-lactamase  39.77 
 
 
265 aa  196  5e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.306621  normal  0.885767 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3220  Beta-lactamase  44.81 
 
 
268 aa  192  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0828246  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0837  beta-lactamase, putative  41.03 
 
 
265 aa  192  5e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3016  Beta-lactamase  43.33 
 
 
264 aa  192  5e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.535281 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0838  Beta-lactamase  43.44 
 
 
295 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  4.82216e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0813  Beta-lactamase  39.92 
 
 
295 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00568131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3522  Beta-lactamase  42.99 
 
 
295 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0845  Beta-lactamase  42.99 
 
 
295 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.965986  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0412  penicillin-binding protein, transpeptidase  39.44 
 
 
283 aa  188  8e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0605163 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0120  Beta-lactamase  40.96 
 
 
262 aa  185  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2040  Beta-lactamase  40.24 
 
 
300 aa  176  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00121228  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8961  Beta-lactamase  39.75 
 
 
302 aa  174  1e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0951  Beta-lactamase  38.27 
 
 
268 aa  173  3e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3505  Beta-lactamase  36.19 
 
 
262 aa  172  4e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1887  beta-lactamase class D  37.4 
 
 
272 aa  169  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.131226  normal  0.0179427 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2477  Beta-lactamase  37.5 
 
 
260 aa  164  1e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1050  Beta-lactamase  39.48 
 
 
262 aa  159  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00250127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0907  Beta-lactamase  35.02 
 
 
267 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.175545  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2220  beta-lactamase  38.53 
 
 
282 aa  148  1e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526982  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72760  putative beta-lactamase  40.28 
 
 
262 aa  147  1e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.40823  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1596  Beta-lactamase  41.36 
 
 
263 aa  146  4e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.569759  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6316  beta-lactamase PSE-2  38.32 
 
 
262 aa  145  8e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0427  Beta-lactamase  34.23 
 
 
306 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284518  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3353  Beta-lactamase  35.12 
 
 
277 aa  142  6e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2637  Beta-lactamase  36.03 
 
 
279 aa  141  1e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.578583  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1109  Beta-lactamase  40.1 
 
 
261 aa  139  6e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00564969  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0424  Beta-lactamase  34.63 
 
 
271 aa  139  7e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1435  Beta-lactamase  37.99 
 
 
262 aa  138  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.716267 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0301  Beta-lactamase  32.44 
 
 
264 aa  135  7e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  2.9774e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2332  Beta-lactamase  36.21 
 
 
266 aa  134  1e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428372  normal  0.506587 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1276  Beta-lactamase  34.36 
 
 
272 aa  134  2e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.261729  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0483  putative beta-lactamase  29.15 
 
 
303 aa  130  2e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0344  beta-lactamase  32.2 
 
 
253 aa  125  5e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.148651  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  31.9 
 
 
596 aa  122  8e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1383  conserved hypothetical protein, possible beta-lactamase  30.8 
 
 
248 aa  120  2e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0184  Beta-lactamase  30.29 
 
 
288 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0389  Beta-lactamase  32.66 
 
 
281 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.384736 
 
 
-
 
NC_003296  RS02005  oxacillin hydrolase  33.96 
 
 
272 aa  97.8  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  23.1 
 
 
585 aa  92.8  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  23.1 
 
 
585 aa  92.8  5e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  23.1 
 
 
585 aa  92.8  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0211  Beta-lactamase  35.26 
 
 
274 aa  92.8  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0373  beta-lactamase precursor  30.21 
 
 
269 aa  92.4  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313009  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0077  hypothetical protein  28.06 
 
 
266 aa  92  9e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  hitchhiker  0.00231876  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1588  hypothetical protein  28.86 
 
 
266 aa  90.9  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4544  Beta-lactamase  31.94 
 
 
266 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1405  hypothetical protein  28.5 
 
 
266 aa  90.1  4e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2719  class D beta-lactamase  29.5 
 
 
269 aa  89  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2872  class D beta-lactamase  29.5 
 
 
269 aa  89  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314604  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2825  Beta-lactamase  23.53 
 
 
405 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.141892  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0004  regulatory protein BlaR1  22.94 
 
 
585 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0356117  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3930  Beta-lactamase  29.95 
 
 
275 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.204659 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1441  Beta-lactamase  31.37 
 
 
279 aa  87.8  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.653891 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1106  class D beta-lactamase  29.5 
 
 
473 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.56971  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2748  Beta-lactamase  23.38 
 
 
585 aa  87.4  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.282517  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3817  Beta-lactamase  29.95 
 
 
275 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485737 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  23.11 
 
 
585 aa  86.7  4e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2849  Beta-lactamase  29.76 
 
 
269 aa  84.7  1e-15  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.1055 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4788  Beta-lactamase  28.57 
 
 
270 aa  80.9  2e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802032  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4137  Beta-lactamase  28.57 
 
 
270 aa  80.9  2e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3379  Beta-lactamase  28.57 
 
 
320 aa  80.1  3e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1053  beta-lactamase class D  27.81 
 
 
295 aa  77  3e-13  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1304  penicillin-binding protein 2  31.96 
 
 
701 aa  48.5  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000662569  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0772  stage V sporulation protein D  27.72 
 
 
719 aa  48.5  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.655623  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09030  stage V sporulation protein D  28.09 
 
 
695 aa  43.5  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1048  stage V sporulation protein D  31.63 
 
 
708 aa  42.7  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4054  sporulation specific penicillin-binding protein  30.61 
 
 
638 aa  42.7  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3930  sporulation specific penicillin-binding protein  30.61 
 
 
638 aa  42.7  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892193 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3674  sporulation specific penicillin-binding protein  30.61 
 
 
638 aa  42.7  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3766  sporulation specific penicillin-binding protein  30.61 
 
 
638 aa  42.7  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3657  sporulation specific penicillin-binding protein  30.61 
 
 
638 aa  42.7  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0489  peptidoglycan glycosyltransferase  30.53 
 
 
568 aa  42.4  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  3.13702e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>