171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3114 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3114  hypothetical protein  100 
 
 
130 aa  270  4e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0274298  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2351  hypothetical protein  93.02 
 
 
130 aa  254  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.387375  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3606  protein of unknown function DUF35  89.23 
 
 
130 aa  243  5e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215549  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5005  hypothetical protein  80.47 
 
 
129 aa  218  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  0.0828633 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4153  hypothetical protein  47.24 
 
 
132 aa  145  2e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280027  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3806  hypothetical protein  49.19 
 
 
132 aa  144  4e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2662  hypothetical protein  53.12 
 
 
136 aa  141  4e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1501  hypothetical protein  46.72 
 
 
133 aa  140  6e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3828  hypothetical protein  47.9 
 
 
132 aa  140  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4412  hypothetical protein  47.54 
 
 
132 aa  139  1e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  5.85754e-05  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5500  hypothetical protein  53.28 
 
 
132 aa  139  1e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4566  putative thiolase subunit  45.6 
 
 
132 aa  137  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00449482  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4786  hypothetical protein  48.8 
 
 
144 aa  135  3e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.259655  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1758  hypothetical protein  50 
 
 
130 aa  133  8e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.799098  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5096  hypothetical protein  46.28 
 
 
128 aa  114  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5254  hypothetical protein  38.28 
 
 
133 aa  110  7e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3402  hypothetical protein  40.94 
 
 
136 aa  98.6  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0631046 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1602  hypothetical protein  34.92 
 
 
143 aa  95.5  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1979  protein of unknown function DUF35  35.29 
 
 
137 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0353441  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1880  hypothetical protein  35.29 
 
 
137 aa  93.6  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0682045 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4045  hypothetical protein  33.86 
 
 
141 aa  93.6  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.589309 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1687  hypothetical protein  36.22 
 
 
137 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0475632  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3587  hypothetical protein  35.29 
 
 
137 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0510  hypothetical protein  37.88 
 
 
143 aa  90.1  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2932  hypothetical protein  35.43 
 
 
137 aa  90.1  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241273  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2010  hypothetical protein  33.33 
 
 
137 aa  85.1  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.392361  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0235  hypothetical protein  30.47 
 
 
136 aa  84.3  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.737012  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2745  nucleic-acid-binding protein containing a Zn-ribbon  30.95 
 
 
135 aa  82.4  2e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0775897 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4179  hypothetical protein  35.34 
 
 
145 aa  82  3e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5301  hypothetical protein  30.6 
 
 
143 aa  80.1  9e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.653983 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2101  hypothetical protein  34.11 
 
 
139 aa  79.7  1e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.416637  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0859  hypothetical protein  32.26 
 
 
132 aa  77.8  4e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0302426  normal  0.401608 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5112  hypothetical protein  33.06 
 
 
132 aa  77.4  6e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  9.23569e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0860  hypothetical protein  30.47 
 
 
138 aa  77.4  6e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4493  hypothetical protein  30.83 
 
 
148 aa  77  7e-14  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4265  hypothetical protein  27.78 
 
 
146 aa  77  8e-14  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16799  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3311  hypothetical protein  31.75 
 
 
135 aa  77  8e-14  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.367067 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8196  hypothetical protein  30.89 
 
 
319 aa  76.6  1e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2337  protein of unknown function DUF35  35.43 
 
 
149 aa  75.9  2e-13  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5281  hypothetical protein  33.05 
 
 
146 aa  74.3  5e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5278  hypothetical protein  34.91 
 
 
135 aa  73.9  7e-13  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7489  hypothetical protein  30.08 
 
 
139 aa  72.4  2e-12  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840415  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6482  hypothetical protein  30.83 
 
 
146 aa  72  2e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1832  hypothetical protein  29.32 
 
 
138 aa  71.6  3e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0184205  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1804  hypothetical protein  31.06 
 
 
140 aa  70.5  7e-12  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1994  hypothetical protein  29.91 
 
 
120 aa  70.1  9e-12  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253194  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0899  hypothetical protein  32.2 
 
 
131 aa  69.7  1e-11  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.312493  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2934  hypothetical protein  33.06 
 
 
144 aa  69.3  2e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.431872  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5539  hypothetical protein  34.17 
 
 
141 aa  68.9  2e-11  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0843  hypothetical protein  31.5 
 
 
145 aa  68.2  4e-11  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2138  hypothetical protein  30.16 
 
 
321 aa  67.4  6e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2152  hypothetical protein  28.46 
 
 
311 aa  67.4  6e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3932  protein of unknown function DUF35  33.66 
 
 
144 aa  67.4  6e-11  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3511  hypothetical protein  32.04 
 
 
131 aa  67  9e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2378  hypothetical protein  28.07 
 
 
143 aa  67  9e-11  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.301734  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4268  hypothetical protein  29.51 
 
 
140 aa  66.2  1e-10  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.450465 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3705  hypothetical protein  30.16 
 
 
550 aa  65.5  2e-10  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.724372  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3765  hypothetical protein  30.16 
 
 
550 aa  65.9  2e-10  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.981168 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3692  hypothetical protein  30.16 
 
 
550 aa  65.9  2e-10  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0042  hypothetical protein  28.95 
 
 
138 aa  65.1  3e-10  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4171  hypothetical protein  28.91 
 
 
548 aa  65.5  3e-10  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0051  hypothetical protein  28.95 
 
 
138 aa  65.1  3e-10  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0173713  normal  0.0421472 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0032  hypothetical protein  28.95 
 
 
138 aa  64.7  4e-10  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.662095  normal  0.14279 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2788  hypothetical protein  28 
 
 
132 aa  64.7  4e-10  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159844  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5453  hypothetical protein  26.92 
 
 
152 aa  64.3  5e-10  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0654575  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5850  hypothetical protein  26.92 
 
 
152 aa  64.3  5e-10  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0806522  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6630  hypothetical protein  31.36 
 
 
120 aa  64.3  5e-10  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0233518  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2363  hypothetical protein  35.24 
 
 
130 aa  63.5  8e-10  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5775  protein of unknown function DUF35  28.3 
 
 
129 aa  63.2  1e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0423668  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3482  protein of unknown function DUF35  31.78 
 
 
319 aa  62  2e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.893274  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4017  hypothetical protein  30.7 
 
 
155 aa  62  3e-09  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188869  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3214  hypothetical protein  29.91 
 
 
145 aa  61.2  4e-09  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.907218  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1903  hypothetical protein  30.97 
 
 
132 aa  61.2  4e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.539737  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3225  hypothetical protein  29.91 
 
 
145 aa  61.2  4e-09  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.730825  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3276  hypothetical protein  29.91 
 
 
145 aa  61.2  4e-09  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4020  hypothetical protein  30.83 
 
 
141 aa  60.8  5e-09  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.909625 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2483  hypothetical protein  28.12 
 
 
548 aa  60.8  5e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.207424 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0351  hypothetical protein  31.25 
 
 
141 aa  60.8  6e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  5.46433e-07  hitchhiker  6.44081e-06 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2360  hypothetical protein  35.2 
 
 
131 aa  60.8  6e-09  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4054  hypothetical protein  28.69 
 
 
151 aa  60.8  7e-09  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0163629  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0892  hypothetical protein  30.65 
 
 
142 aa  60.5  7e-09  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.204366  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0343  hypothetical protein  28.95 
 
 
119 aa  60.5  8e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619973  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0582  hypothetical protein  29.2 
 
 
137 aa  60.1  1e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00877368  normal  0.438267 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2840  protein of unknown function DUF35  32.2 
 
 
132 aa  58.9  2e-08  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00189293  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0317  protein of unknown function DUF35  34.51 
 
 
124 aa  58.9  2e-08  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2582  hypothetical protein  29.57 
 
 
123 aa  58.9  2e-08  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.709226  normal  0.0256768 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4072  hypothetical protein  30.08 
 
 
142 aa  59.3  2e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2821  hypothetical protein  27.73 
 
 
315 aa  58.9  2e-08  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.875118  normal  0.0237416 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1310  hypothetical protein  30.77 
 
 
151 aa  58.5  3e-08  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120998 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0528  hypothetical protein  33.65 
 
 
129 aa  58.5  3e-08  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.825077  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0178  hypothetical protein  31.07 
 
 
134 aa  58.5  3e-08  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.82614  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0836  hypothetical protein  31.68 
 
 
189 aa  58.5  3e-08  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1625  hypothetical protein  31.48 
 
 
130 aa  58.5  3e-08  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1644  hypothetical protein  24.62 
 
 
152 aa  58.2  4e-08  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.982412  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0530  hypothetical protein  24.62 
 
 
152 aa  58.2  4e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4323  hypothetical protein  28.7 
 
 
541 aa  58.2  4e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.51495 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0905  hypothetical protein  28.45 
 
 
135 aa  58.2  4e-08  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00718711  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0635  hypothetical protein  24.62 
 
 
152 aa  58.2  4e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.525049  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0553  hypothetical protein  24.62 
 
 
152 aa  58.2  4e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1073  hypothetical protein  30.1 
 
 
128 aa  58.2  4e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>