145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3084 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3084  hypothetical protein  100 
 
 		 107 aa  209  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.662192  normal  0.35717 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2370  hypothetical protein  85.98 
 
 		 107 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal  0.777163 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2942  protein of unknown function UPF0060  68.57 
 
 		 109 aa  148  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.255383  hitchhiker  0.00264399 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0701  hypothetical protein  67.62 
 
 		 107 aa  147  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2715  hypothetical protein  68.57 
 
 		 109 aa  146  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858893  normal  0.216037 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1018  protein of unknown function UPF0060  70.87 
 
 		 106 aa  145  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.357312  normal  0.312122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1170  protein of unknown function UPF0060  68.93 
 
 		 106 aa  140  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.540258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2004  hypothetical protein  79 
 
 		 130 aa  140  8e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0347623  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2511  hypothetical protein  64.71 
 
 		 106 aa  135  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0462845  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2837  protein of unknown function UPF0060  73.58 
 
 		 109 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.578312  normal  0.331063 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1459  hypothetical protein  73.58 
 
 		 108 aa  134  5e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.178401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1837  hypothetical protein  64.49 
 
 		 111 aa  134  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2230  hypothetical protein  63.21 
 
 		 106 aa  127  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4121  protein of unknown function UPF0060  69.81 
 
 		 107 aa  127  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.994697 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0196  hypothetical protein  51.46 
 
 		 107 aa  120  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.511333  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0659  hypothetical protein  69.81 
 
 		 106 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2302  putative transmembrane protein  69.89 
 
 		 99 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6500  protein of unknown function UPF0060  68.22 
 
 		 107 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.813001  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4363  protein of unknown function UPF0060  61.32 
 
 		 110 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.313348  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4105  hypothetical protein  59 
 
 		 113 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1380  hypothetical protein  68.32 
 
 		 106 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.114709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0916  hypothetical protein  51.89 
 
 		 110 aa  110  5e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.201272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2845  hypothetical protein  53.27 
 
 		 111 aa  110  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0436  hypothetical protein  64.89 
 
 		 108 aa  110  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0929  hypothetical protein  65.96 
 
 		 106 aa  110  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1789  hypothetical protein  63.83 
 
 		 108 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1498  hypothetical protein  50.94 
 
 		 110 aa  108  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0278138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1341  hypothetical protein  47.66 
 
 		 126 aa  106  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.43803 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0587  hypothetical protein  50.98 
 
 		 110 aa  106  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5052  hypothetical protein  50.94 
 
 		 106 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.597089 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1139  hypothetical protein  49.06 
 
 		 110 aa  105  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.798922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2955  hypothetical protein  49.06 
 
 		 110 aa  104  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1996  hypothetical protein  50.94 
 
 		 106 aa  103  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.0123851 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3409  hypothetical protein  57.55 
 
 		 107 aa  102  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4776  protein of unknown function UPF0060  50 
 
 		 106 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0366686  hitchhiker  0.00123631 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4032  hypothetical protein  52.83 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.581742 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1247  hypothetical protein  57.55 
 
 		 110 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.288271 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5886  hypothetical protein  64.89 
 
 		 107 aa  101  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.43537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1326  hypothetical protein  49.06 
 
 		 105 aa  100  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.685047  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2889  protein of unknown function UPF0060  54.21 
 
 		 112 aa  100  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  hitchhiker  0.00858506 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2087  hypothetical protein  50.47 
 
 		 110 aa  99.8  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1656  hypothetical protein  51.96 
 
 		 141 aa  99.4  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.110388  normal  0.226472 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1668  protein of unknown function UPF0060  50.47 
 
 		 110 aa  99.8  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0351  hypothetical protein  46.23 
 
 		 110 aa  98.6  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2554  hypothetical protein  46.73 
 
 		 110 aa  98.2  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1975  hypothetical protein  47.52 
 
 		 108 aa  98.6  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0423  hypothetical protein  62.38 
 
 		 110 aa  98.6  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.183716  normal  0.508856 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0232  hypothetical protein  47.52 
 
 		 117 aa  97.4  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0485  hypothetical protein  49.06 
 
 		 108 aa  97.4  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1846  hypothetical protein  57.55 
 
 		 109 aa  97.1  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3331  hypothetical protein  50 
 
 		 106 aa  97.1  7e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21660  hypothetical protein  56.6 
 
 		 109 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3679  hypothetical protein  50 
 
 		 105 aa  96.7  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1160  hypothetical protein  50 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.760553  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25900  hypothetical protein  50.94 
 
 		 222 aa  94.4  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1172  hypothetical protein  50 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0240568  normal  0.121257 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2632  hypothetical protein  49 
 
 		 112 aa  93.6  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.673518 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4423  hypothetical protein  40.57 
 
 		 117 aa  90.5  7e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4425  hypothetical protein  53.19 
 
 		 110 aa  89  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00189805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1473  hypothetical protein  45.71 
 
 		 111 aa  89  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1628  hypothetical protein  61 
 
 		 110 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229773  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1658  hypothetical protein  64.52 
 
 		 108 aa  88.2  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.417469 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1283  hypothetical protein  51.06 
 
 		 132 aa  87.4  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000413611  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0802  hypothetical protein  51.06 
 
 		 110 aa  87  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05320  hypothetical protein  45.28 
 
 		 110 aa  87  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0866851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3233  hypothetical protein  39.62 
 
 		 119 aa  87  9e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3752  hypothetical protein  60 
 
 		 110 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.179382 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0815  hypothetical protein  39.05 
 
 		 111 aa  86.3  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4944  hypothetical protein  43.81 
 
 		 110 aa  86.3  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.194262  normal  0.300598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7600  membrane protein  39.62 
 
 		 110 aa  86.7  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0769625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3546  protein of unknown function UPF0060  43.4 
 
 		 108 aa  86.7  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1184  hypothetical protein  36.79 
 
 		 110 aa  86.3  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.45839e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2546  protein of unknown function UPF0060  42.45 
 
 		 118 aa  86.7  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.465405 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1507  hypothetical protein  41.67 
 
 		 111 aa  85.9  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0118428  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4238  hypothetical protein  40 
 
 		 112 aa  85.9  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.12468  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05280  hypothetical protein  39.25 
 
 		 110 aa  85.9  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.53643  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0009  hypothetical protein  38.68 
 
 		 110 aa  85.9  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0715  hypothetical protein  39.05 
 
 		 109 aa  84.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4957  hypothetical protein  35.85 
 
 		 111 aa  84  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0343479 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14640  hypothetical protein  37.38 
 
 		 111 aa  84  6e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.702088  normal  0.333944 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0666  hypothetical protein  40.95 
 
 		 111 aa  83.2  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1798  hypothetical protein  40.19 
 
 		 110 aa  83.2  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1254  hypothetical protein  50.54 
 
 		 110 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0263746  normal  0.108455 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3406  hypothetical protein  35.85 
 
 		 108 aa  82.4  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.679363  normal  0.282544 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3127  hypothetical protein  36.79 
 
 		 108 aa  82.4  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.247319  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3474  protein of unknown function UPF0060  39.62 
 
 		 111 aa  81.6  0.000000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.395847  normal  0.288197 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1618  hypothetical protein  43.27 
 
 		 108 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333014  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01551  hypothetical protein  43.27 
 
 		 108 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520057  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2061  protein of unknown function UPF0060  43.27 
 
 		 108 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.151826  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2204  hypothetical protein  38.1 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01541  hypothetical protein  43.27 
 
 		 108 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.871793  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1598  protein of unknown function UPF0060  45.19 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0157763  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1655  hypothetical protein  43.27 
 
 		 108 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0427679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1789  hypothetical protein  43.27 
 
 		 108 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.477899  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2048  hypothetical protein  43.27 
 
 		 108 aa  81.3  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.791171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3114  hypothetical protein  36.79 
 
 		 111 aa  80.5  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0138946 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5385  hypothetical protein  36.79 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2291  hypothetical protein  43.27 
 
 		 108 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.827947  hitchhiker  0.000000000030396 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2216  hypothetical protein  39.81 
 
 		 103 aa  80.1  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.160487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2805  hypothetical protein  38.1 
 
 		 111 aa  80.1  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>