More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3004 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3004  major facilitator transporter  100 
 
 
421 aa  819  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2280  major facilitator transporter  79 
 
 
419 aa  649  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.398896  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3504  major facilitator superfamily MFS_1  83.37 
 
 
428 aa  681  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0374275  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  84.25 
 
 
424 aa  665  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3778  putative tetracycline-efflux transporter  67.72 
 
 
422 aa  548  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1648  major facilitator transporter  51.73 
 
 
415 aa  373  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0811808 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  48.2 
 
 
408 aa  362  5e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03308  tetracycline-efflux transporter  52.96 
 
 
434 aa  341  1e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0389216  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2910  major facilitator transporter  45.27 
 
 
405 aa  324  1e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3307  major facilitator transporter  46.27 
 
 
405 aa  315  1e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0906362  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0266  tetracycline resistance protein  44.81 
 
 
405 aa  309  6e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.968173  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  42.93 
 
 
428 aa  308  8e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6748  major facilitator superfamily MFS_1  40.15 
 
 
426 aa  301  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3394  major facilitator superfamily MFS_1  41.33 
 
 
408 aa  295  1e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1444  major facilitator transporter  50.67 
 
 
413 aa  285  8e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0530  major facilitator transporter  46.04 
 
 
415 aa  283  3e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.308388  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1661  major facilitator transporter  41.27 
 
 
406 aa  283  6e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.171561  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2968  major facilitator superfamily MFS_1  40.16 
 
 
414 aa  280  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0277943 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  41.51 
 
 
421 aa  280  5e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1774  major facilitator superfamily MFS_1  39.95 
 
 
430 aa  280  5e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  40.16 
 
 
414 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2247  major facilitator transporter  41.09 
 
 
399 aa  277  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4835  major facilitator transporter  40.37 
 
 
419 aa  271  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0047  major facilitator superfamily MFS_1  41.9 
 
 
401 aa  262  7e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2249  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  40.83 
 
 
406 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0638588  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  39.04 
 
 
407 aa  260  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0923  major facilitator transporter  40.93 
 
 
406 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311973  normal  0.133556 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0153  tetracycline resistance protein, class A  41.76 
 
 
424 aa  254  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0042  tetracycline repressor protein TetA, class A  41.76 
 
 
424 aa  254  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0032  tetracycline resistance protein, class A  41.76 
 
 
399 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.581594 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2776  major facilitator transporter  40.4 
 
 
412 aa  252  1e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.978343 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1682  major facilitator transporter  39.85 
 
 
412 aa  249  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707903  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2342  major facilitator superfamily MFS_1  40.45 
 
 
427 aa  244  2e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  3.52958e-05  decreased coverage  0.00223229 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2150  major facilitator superfamily MFS_1  39.89 
 
 
406 aa  244  3e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.357257  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  39.75 
 
 
426 aa  243  7e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  1.11783e-05  unclonable  7.56922e-10 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3850  major facilitator transporter  40.8 
 
 
397 aa  241  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.369274  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2062  major facilitator transporter  36.41 
 
 
436 aa  239  8e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.020715 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0873  major facilitator superfamily MFS_1  39.72 
 
 
398 aa  236  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4478  major facilitator transporter  39.37 
 
 
428 aa  236  7e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  4.34229e-07  decreased coverage  0.000716178 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0682  major facilitator superfamily MFS_1  39.38 
 
 
397 aa  235  1e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260378  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1621  tetracycline-efflux transporter  41.01 
 
 
418 aa  233  7e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.651661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1706  major facilitator transporter  37.69 
 
 
411 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.20478  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0731  major facilitator transporter  41.38 
 
 
399 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0682  major facilitator transporter  39.55 
 
 
397 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0657  major facilitator transporter  39.55 
 
 
397 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0278  major facilitator transporter  41.38 
 
 
399 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0762  major facilitator transporter  41.38 
 
 
399 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0789  major facilitator transporter  39.15 
 
 
412 aa  224  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2068  major facilitator transporter  39.05 
 
 
395 aa  223  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.731019  normal  0.214462 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  37.96 
 
 
397 aa  218  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0973  major facilitator transporter  34 
 
 
406 aa  212  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0924739  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2032  multidrug-efflux transporter quinolene resistance protein NorA  38.1 
 
 
396 aa  203  5e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4724  tetracycline resistance protein, class B  35.67 
 
 
401 aa  202  1e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357008  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1186  major facilitator superfamily MFS_1  38.24 
 
 
402 aa  199  9e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.924769  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1303  major facilitator superfamily permease  32.52 
 
 
414 aa  197  2e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21761  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  32.04 
 
 
414 aa  192  9e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.407538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2504  tetracycline-efflux transporter, putative  30.87 
 
 
411 aa  188  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00179141  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4096  major facilitator transporter  34.21 
 
 
416 aa  187  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.25734  normal  0.218815 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0342  major facilitator superfamily permease  32.18 
 
 
396 aa  187  3e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1931  major facilitator transporter  35.41 
 
 
395 aa  183  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0709998  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2904  tetracycline resistance protein  30.43 
 
 
411 aa  182  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.316872  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2426  tetracycline resistance protein  29.92 
 
 
411 aa  180  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  30.9 
 
 
408 aa  179  7e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  32.17 
 
 
416 aa  177  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1149  drug resistance protein, putative  32.11 
 
 
424 aa  177  4e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.488645  normal  0.633567 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2462  major facilitator superfamily MFS_1  29.27 
 
 
411 aa  175  1e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.09307e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  33.08 
 
 
391 aa  173  6e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2330  major facilitator transporter  37.54 
 
 
411 aa  172  8e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1215  major facilitator superfamily MFS_1  31.54 
 
 
423 aa  172  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 
387 aa  170  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  3.58317e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0140  major facilitator superfamily MFS_1  34.42 
 
 
398 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0151  major facilitator superfamily MFS_1  39.86 
 
 
398 aa  170  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2291  major facilitator superfamily permease  34.7 
 
 
419 aa  169  7e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0133  major facilitator transporter  39.5 
 
 
398 aa  169  9e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.456987  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2662  major facilitator superfamily permease  35.16 
 
 
417 aa  167  2e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0271  major facilitator transporter  35.03 
 
 
429 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1524  major facilitator superfamily MFS_1  30.68 
 
 
425 aa  166  5e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1794  multidrug resistance protein  34.76 
 
 
429 aa  166  6e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0994  major facilitator superfamily MFS_1  29.61 
 
 
424 aa  166  8e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1708  multidrug resistance protein  34.76 
 
 
429 aa  166  1e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.477199  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0305  multidrug resistance protein  34.76 
 
 
429 aa  166  1e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1290  multidrug resistance protein  34.76 
 
 
429 aa  166  1e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.800676  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0121  multidrug resistance protein  34.76 
 
 
429 aa  166  1e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.369056  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1119  multidrug resistance protein  34.76 
 
 
429 aa  166  1e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.510833  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0937  major facilitator superfamily MFS_1  37.46 
 
 
439 aa  162  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.725221 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29931  multidrug ABC transporter  32.85 
 
 
435 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.910726 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18291  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  31.79 
 
 
417 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0551  major facilitator transporter  30.52 
 
 
407 aa  160  5e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  1.14988e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2764  major facilitator superfamily MFS_1  33.89 
 
 
389 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0137  major facilitator transporter  32.95 
 
 
386 aa  154  3e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0342299  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1298  major facilitator superfamily MFS_1  37.08 
 
 
402 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.148337  normal  0.167522 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1111  major facilitator transporter  30.15 
 
 
444 aa  152  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1305  major facilitator superfamily MFS_1  30.66 
 
 
421 aa  152  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  31.65 
 
 
392 aa  150  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  5.24014e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3378  major facilitator transporter  34.32 
 
 
412 aa  149  1e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0191855  normal  0.504281 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1956  major facilitator superfamily MFS_1  32.36 
 
 
434 aa  148  2e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0725  drug resistance protein, putative  30.75 
 
 
417 aa  148  2e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4029  major facilitator transporter  30.75 
 
 
442 aa  147  5e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00530062  normal  0.0326348 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49750  MFS family transporter  37.77 
 
 
422 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3727  cold shock protein  29.31 
 
 
413 aa  141  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.664331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>