180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2756 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  100 
 
 		 241 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  89.71 
 
 		 243 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  71.54 
 
 		 246 aa  332  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  60.74 
 
 		 237 aa  286  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  60.56 
 
 		 247 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  58.91 
 
 		 258 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  52.99 
 
 		 251 aa  266  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  56.69 
 
 		 251 aa  252  3e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  49.61 
 
 		 251 aa  231  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  52.31 
 
 		 260 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  44.49 
 
 		 258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4525  putative outer-membrane protein  50.68 
 
 		 257 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  47.9 
 
 		 235 aa  191  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  39.36 
 
 		 245 aa  142  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  42.51 
 
 		 251 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  41.41 
 
 		 236 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  43.19 
 
 		 237 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  40.47 
 
 		 237 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  41.73 
 
 		 274 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  40.47 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  39.68 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  39.23 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  41.08 
 
 		 453 aa  121  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  40.64 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  41.92 
 
 		 238 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.05 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  41 
 
 		 243 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  41.44 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  37.29 
 
 		 997 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  35.71 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  34.55 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  36.93 
 
 		 447 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  38.75 
 
 		 452 aa  104  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  41.67 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  33.64 
 
 		 454 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  36.06 
 
 		 212 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  34.71 
 
 		 225 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.95 
 
 		 244 aa  102  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  41.41 
 
 		 258 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  39.92 
 
 		 449 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  33.33 
 
 		 449 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.5 
 
 		 243 aa  99.4  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  35.16 
 
 		 232 aa  99.8  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  37.98 
 
 		 254 aa  98.6  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  31.7 
 
 		 570 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  29.81 
 
 		 566 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  33.91 
 
 		 250 aa  92.8  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  31.06 
 
 		 562 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  37.44 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  32.08 
 
 		 570 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  32.19 
 
 		 561 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  30.8 
 
 		 652 aa  86.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  34.17 
 
 		 209 aa  86.3  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  32.52 
 
 		 255 aa  85.9  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  32.92 
 
 		 578 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  30.04 
 
 		 559 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  32.11 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  31.91 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  29.41 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  36.63 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.64 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  33.74 
 
 		 692 aa  79.3  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  33.71 
 
 		 237 aa  78.2  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  27.66 
 
 		 638 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.56 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  30.48 
 
 		 261 aa  76.6  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.86 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.83 
 
 		 661 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  31.25 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.91 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  35.76 
 
 		 689 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  32.07 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  29.33 
 
 		 645 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  34.95 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  35.12 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  31.28 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  28.86 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  29.37 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  28.51 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  31.55 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  32.6 
 
 		 674 aa  67.8  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  31.88 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  30.45 
 
 		 703 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  31.25 
 
 		 212 aa  68.2  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  30.28 
 
 		 708 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  30.45 
 
 		 703 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 670 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  34.3 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  29.18 
 
 		 277 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  33.01 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 724 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  32.5 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  29.01 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  32.63 
 
 		 662 aa  63.2  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5256  porin  34.3 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  30.97 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  30.42 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  33.33 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  28.71 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  30.42 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>