More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2733 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 246 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1277  Lytic transglycosylase catalytic  62.96 
 
 		 264 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  52.08 
 
 		 328 aa  166  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  52.6 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  51.55 
 
 		 328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  60.96 
 
 		 291 aa  162  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  62.33 
 
 		 291 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  60.47 
 
 		 363 aa  149  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  60.47 
 
 		 363 aa  149  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  52.53 
 
 		 340 aa  148  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  57.46 
 
 		 340 aa  148  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  53.38 
 
 		 340 aa  148  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  62.1 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  63.41 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  63.41 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3051  lytic transglycosylase, catalytic  52.82 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3321  lytic transglycosylase, catalytic  57.48 
 
 		 341 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2453  lytic transglycosylase, catalytic  50.31 
 
 		 313 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  55.91 
 
 		 343 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0809  lytic transglycosylase, catalytic  54.26 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4762  hypothetical protein  54.69 
 
 		 359 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  55.47 
 
 		 380 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2399  lytic transglycosylase, catalytic  55.47 
 
 		 330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.537476 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  51.08 
 
 		 318 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0812  lytic transglycosylase catalytic  61.98 
 
 		 318 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1642  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.517952 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  62.39 
 
 		 276 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1512  lytic transglycosylase, catalytic  52.71 
 
 		 286 aa  108  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219216  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1463  transglycosylase  56 
 
 		 262 aa  108  7.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1651  lytic transglycosylase catalytic  54.48 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  45.52 
 
 		 242 aa  98.2  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1242  lytic transglycosylase catalytic  42.55 
 
 		 328 aa  96.7  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.270703  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  43.75 
 
 		 272 aa  94  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  43.8 
 
 		 243 aa  92.8  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  44.19 
 
 		 242 aa  91.7  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  40.74 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  49.14 
 
 		 217 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  41.53 
 
 		 245 aa  89.4  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  43.09 
 
 		 261 aa  88.6  8e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  41.8 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  57.73 
 
 		 448 aa  86.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  33.52 
 
 		 215 aa  86.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  41.53 
 
 		 239 aa  85.9  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  45.76 
 
 		 318 aa  85.9  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0137  lytic transglycosylase, catalytic  40.97 
 
 		 231 aa  85.9  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.158623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  42.02 
 
 		 260 aa  85.5  7e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  45.16 
 
 		 199 aa  85.1  8e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3847  lytic transglycosylase, catalytic  44.35 
 
 		 240 aa  85.1  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.081015  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  44.07 
 
 		 291 aa  85.1  9e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  42 
 
 		 300 aa  85.1  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  42.98 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  39.83 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  43.31 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  37.78 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  37.78 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  40.65 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  36.3 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  36.3 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  37.78 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  35.12 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  41.18 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  41.13 
 
 		 310 aa  82  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0704  lytic transglycosylase catalytic  44.17 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  41.18 
 
 		 297 aa  82  0.000000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  41.18 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  42.97 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4016  lytic transglycosylase, catalytic  42.55 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0926261  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  42.11 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  45.76 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  40.34 
 
 		 438 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  37.31 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  40.5 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  39.52 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  40.68 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1508  lytic transglycosylase, catalytic  41.67 
 
 		 254 aa  80.5  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0360  lytic transglycosylase, catalytic  44.63 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  44.63 
 
 		 368 aa  79.7  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0754  lytic transglycosylase catalytic  43.33 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.450427 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  43.59 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0406  Lytic transglycosylase catalytic  36.67 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  0.0556667 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2620  lytic transglycosylase, catalytic  41.46 
 
 		 262 aa  78.6  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  41.22 
 
 		 370 aa  78.6  0.00000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  37.19 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  36.5 
 
 		 208 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 280 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  38 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  42.28 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0586  lytic transglycosylase catalytic  43.2 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.893043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  37.42 
 
 		 196 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  37.59 
 
 		 237 aa  77.8  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  40.34 
 
 		 174 aa  77  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  36.17 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  41.38 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  41.74 
 
 		 442 aa  76.3  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  40.68 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  42.74 
 
 		 202 aa  76.3  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2804  Lytic transglycosylase catalytic  39.42 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2873  lytic transglycosylase catalytic  41.13 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0739843 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3554  lytic transglycosylase, catalytic  38.03 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.930583  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>