44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2728 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2728  curlin associated  100 
 
 
434 aa  827    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.718258  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2727  curlin associated  42.39 
 
 
482 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.849667  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1272  Curlin associated repeat protein  44.72 
 
 
444 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2947  hypothetical protein  27.8 
 
 
500 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.424974  normal  0.148892 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0865  hypothetical protein  29.14 
 
 
502 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3413  curlin-associated protein  30.69 
 
 
502 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.602514  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0721  curlin-associated protein  30.02 
 
 
502 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000376706  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6064  Curlin associated repeat protein  31.23 
 
 
453 aa  70.9  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0645  curlin-associated protein  28.04 
 
 
503 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.572248  unclonable  0.0000000277194 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3499  curlin-associated protein  28.88 
 
 
496 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.95975  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0841  curlin-associated protein  31.23 
 
 
496 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0876  curlin-associated protein  31.23 
 
 
496 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0864  Curlin associated repeat protein  31.23 
 
 
496 aa  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3095  curlin associated  27.65 
 
 
498 aa  63.2  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.33683  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3235  curlin-associated protein  28.57 
 
 
627 aa  60.1  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01503  putative secreted major subunit of curlin, may bind calcium  28.64 
 
 
483 aa  58.5  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3300  curlin-associated protein  29.69 
 
 
451 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4726  Curlin associated repeat protein  29.77 
 
 
415 aa  56.2  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4677  Curlin associated repeat protein  29.33 
 
 
392 aa  55.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.119342  normal  0.286934 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3136  curlin-associated protein  27.48 
 
 
496 aa  55.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1877  Curlin associated repeat protein  27.74 
 
 
441 aa  53.5  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246502  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2172  curlin-associated protein  33.1 
 
 
170 aa  52.8  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.650786  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1516  curlin-associated protein  26.77 
 
 
552 aa  52.8  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.977405  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1816  curlin-associated protein  31.87 
 
 
183 aa  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6066  Curlin associated repeat protein  34.35 
 
 
578 aa  49.3  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1996  curlin associated  31.76 
 
 
483 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425748  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1513  curlin-associated protein  32.9 
 
 
177 aa  49.7  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2589  hypothetical protein  29.93 
 
 
180 aa  48.9  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.226029  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0034  hypothetical protein  29.46 
 
 
400 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0940044 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3498  curlin-associated protein  27.41 
 
 
139 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.477257  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2590  curlin associated protein  32.19 
 
 
457 aa  46.2  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0823306  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0032  hypothetical protein  33.99 
 
 
214 aa  45.8  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0801235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2550  curlin-associated protein  27.87 
 
 
481 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.895792  normal  0.0129391 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1239  curlin minor subunit  32.29 
 
 
151 aa  44.3  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.486052  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1254  curlin minor subunit  32.29 
 
 
151 aa  44.3  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.575884 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2047  curlin minor subunit  32.29 
 
 
151 aa  44.3  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00247074  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2230  curlin minor subunit  32.29 
 
 
151 aa  44.3  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3135  curlin-associated protein  29.82 
 
 
139 aa  44.3  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1209  curlin minor subunit  32.29 
 
 
151 aa  44.3  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.524993  normal  0.273192 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0877  curlin-associated protein  28.81 
 
 
139 aa  44.3  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0722  curlin-associated protein  38.96 
 
 
139 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0634124  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0842  curlin-associated protein  28.81 
 
 
139 aa  44.3  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0865  Curlin associated repeat protein  28.81 
 
 
139 aa  43.9  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3412  curlin-associated protein  38.96 
 
 
139 aa  43.5  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.179505  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>