More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2712 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2712  rare lipoprotein A  100 
 
 		 314 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.824805 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2676  rare lipoprotein A  82.97 
 
 		 314 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.36166  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3111  rare lipoprotein A  76.18 
 
 		 315 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.829805  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2701  rare lipoprotein A  73.02 
 
 		 312 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2012  rare lipoprotein A  71.84 
 
 		 312 aa  414  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127741  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4106  hypothetical protein  71.58 
 
 		 283 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322542  normal  0.202617 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1466  rare lipoprotein A  63.54 
 
 		 279 aa  331  8e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4323  rare lipoprotein A  56.22 
 
 		 314 aa  255  6e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6925  rare lipoprotein A  59.62 
 
 		 398 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0552998  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6276  rare lipoprotein A  59.26 
 
 		 394 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1506  rare lipoprotein A  60 
 
 		 442 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0428333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3699  rare lipoprotein A  59.9 
 
 		 455 aa  232  6e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3390  rare lipoprotein A  59.38 
 
 		 474 aa  229  5e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.728179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3581  rare lipoprotein A  53.25 
 
 		 468 aa  227  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0743436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1294  rare lipoprotein A  55.67 
 
 		 346 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.347531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1579  rare lipoprotein A  63.25 
 
 		 408 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00357969  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0545  rare lipoprotein A  58.64 
 
 		 341 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0990  rare lipoprotein A family protein  52.53 
 
 		 421 aa  218  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0958  rare lipoprotein A family protein  64.56 
 
 		 419 aa  217  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.138105  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2075  rare lipoprotein A  54.74 
 
 		 424 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1995  rare lipoprotein A  53.57 
 
 		 364 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.359065  normal  0.0392025 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1807  rare lipoprotein A  53.57 
 
 		 364 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206051  hitchhiker  0.00189733 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2153  rare lipoprotein A  52.45 
 
 		 382 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1538  rare lipoprotein A  59.49 
 
 		 383 aa  196  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.516723  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3108  rare lipoprotein A  60.31 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66001  normal  0.467764 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0823  rare lipoprotein A  56.82 
 
 		 281 aa  167  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0647438  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1705  rare lipoprotein A  59.84 
 
 		 367 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1456  rare lipoprotein A  52.38 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.12367  normal  0.0142155 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3338  sugar fermentation stimulation protein  43.23 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000024991  normal  0.0181355 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0617  rare lipoprotein A  48.45 
 
 		 332 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0426495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3711  rare lipoprotein A  42.86 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000309694  hitchhiker  0.000358046 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2845  rare lipoprotein A  52.55 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000926657  hitchhiker  0.0000043303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4967  rare lipoprotein A  49.03 
 
 		 335 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2938  rare lipoprotein A  53.97 
 
 		 265 aa  143  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000804744  normal  0.0225241 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01654  rare lipoprotein A  45.98 
 
 		 322 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000527551  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4857  rare lipoprotein A  47.5 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4804  rare lipoprotein A family  47.5 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4822  lipoprotein, rlpA family  51.06 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4362  rare lipoprotein A  51.06 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0440112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2700  rare lipoprotein A  42.5 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3488  rare lipoprotein A  52.38 
 
 		 265 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000216134 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0265  rare lipoprotein A  52.27 
 
 		 286 aa  138  8.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0973741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3795  rare lipoprotein A  48.87 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.443521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2411  rare lipoprotein A  61.47 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4679  rare lipoprotein A  46.25 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3152  rare lipoprotein A  44.91 
 
 		 260 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000593074  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12090  RlpA family lipoprotein  52.85 
 
 		 341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.751179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1109  putative lipoprotein  52.85 
 
 		 342 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1470  rare lipoprotein A  47.48 
 
 		 282 aa  135  8e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00612022  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_002978  WD0496  rare lipoprotein A, putative  50.85 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0482  rare lipoprotein A  55.08 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.241212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0983  rare lipoprotein A  51.75 
 
 		 269 aa  132  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.327643  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1548  rare lipoprotein A  53.54 
 
 		 259 aa  132  9e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.64973 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0241  rare lipoprotein A  52.14 
 
 		 381 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812141  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08420  Rare lipoprotein, RlpA family  55.45 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.108645  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2591  rare lipoprotein A  49.64 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00126384  normal  0.496007 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1713  putative rare lipoprotein A  49.6 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1386  rare lipoprotein A  45.14 
 
 		 415 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.166682  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004224  rare lipoprotein A precursor  41.57 
 
 		 267 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1548  rare lipoprotein A  46.02 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1316  rare lipoprotein A  42.53 
 
 		 417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.250086  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2496  rare lipoprotein A  52.63 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1557  rare lipoprotein A  54.05 
 
 		 321 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000368198  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3320  rare lipoprotein A  42.22 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103615  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3278  rare lipoprotein A  42.22 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396769  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1089  rare lipoprotein A  42.22 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000493551  hitchhiker  0.00000747193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3456  rare lipoprotein A  41.67 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000968437  normal  0.0261535 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2537  rare lipoprotein A  48.85 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.875468  normal  0.18015 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0175  rare lipoprotein A  41.63 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3300  rare lipoprotein A  48.23 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.650023 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2856  rare lipoprotein A  50.77 
 
 		 154 aa  127  3e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0315  rare lipoprotein A  53.98 
 
 		 394 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0852  rare lipoprotein A  48.18 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569682  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01215  hypothetical protein  39.64 
 
 		 267 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3528  putative lipoprotein  50.37 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.257959 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1224  lipoproteins  47.83 
 
 		 254 aa  124  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2872  rare lipoprotein A  40.22 
 
 		 281 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000232155  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0471  putative rare lipoprotein A  50 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420345  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0831  rare lipoprotein A  59.38 
 
 		 198 aa  124  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000124271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0111  rare lipoprotein A  47.93 
 
 		 333 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3152  rare lipoprotein A  43.37 
 
 		 370 aa  123  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00554597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04283  rare lipoprotein A  48.63 
 
 		 471 aa  123  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2087  rare lipoprotein A  53.85 
 
 		 169 aa  122  8e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1179  rare lipoprotein A  42.77 
 
 		 375 aa  122  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00815633  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0696  rare lipoprotein A  47.62 
 
 		 270 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3447  rare lipoprotein A  54.13 
 
 		 423 aa  121  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.340294 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1133  rare lipoprotein A  45.89 
 
 		 260 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0478677  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1465  hypothetical protein  45.65 
 
 		 273 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2633  rare lipoprotein A  42.94 
 
 		 257 aa  120  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2968  rare lipoprotein A  42.39 
 
 		 258 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1518  hypothetical protein  44.93 
 
 		 273 aa  119  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0988  rare lipoprotein A  48.74 
 
 		 280 aa  119  7e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000365675  normal  0.010381 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0992  rare lipoprotein A  39.34 
 
 		 280 aa  119  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257721  normal  0.149582 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1053  rare lipoprotein A  48.74 
 
 		 280 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000568388  hitchhiker  0.00641376 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3432  rare lipoprotein A  53.06 
 
 		 251 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113167  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0749  rare lipoprotein A  46.77 
 
 		 275 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0714634  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1165  rare lipoprotein A  48.74 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5161  rare lipoprotein A  52.21 
 
 		 391 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2298  rare lipoprotein A  49.57 
 
 		 238 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1152  rare lipoprotein A  48.65 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>