More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2687 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2687  integration host factor subunit alpha  100 
 
 
123 aa  248  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2651  integration host factor subunit alpha  94.31 
 
 
123 aa  215  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.030982  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3021  integration host factor subunit alpha  88.03 
 
 
118 aa  204  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2677  integration host factor subunit alpha  96.08 
 
 
108 aa  204  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00137939  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1408  integration host factor subunit alpha  93.14 
 
 
106 aa  199  9.999999999999999e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.422535  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4630  integration host factor subunit alpha  87.27 
 
 
119 aa  198  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00633863  normal  0.0311538 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1587  integration host factor subunit alpha  86.24 
 
 
110 aa  195  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.526192  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4386  integration host factor subunit alpha  80.85 
 
 
105 aa  164  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6231  integration host factor, alpha subunit  72.73 
 
 
104 aa  150  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.75949  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7074  integration host factor, alpha subunit  74.74 
 
 
105 aa  148  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.15437  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2016  histone family protein DNA-binding protein  74.47 
 
 
108 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2055  histone family protein DNA-binding protein  74.47 
 
 
108 aa  144  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.283238 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2330  histone family protein DNA-binding protein  74.47 
 
 
108 aa  144  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45414 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3967  histone family protein DNA-binding protein  65.18 
 
 
106 aa  144  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0228483 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2924  integration host factor, alpha subunit  73.12 
 
 
105 aa  144  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0242436  hitchhiker  0.000500218 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0651  integration host factor, alpha subunit  68.04 
 
 
112 aa  141  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00749057 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3378  integration host factor, alpha subunit  64.95 
 
 
125 aa  139  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0771  integration host factor subunit alpha  70.65 
 
 
128 aa  137  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.801748  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1147  integration host factor subunit alpha  62.39 
 
 
111 aa  137  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.205645  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0778  integration host factor subunit alpha  70.65 
 
 
107 aa  137  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2518  integration host factor subunit alpha  70.65 
 
 
107 aa  137  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1668  integration host factor, alpha subunit  64.89 
 
 
105 aa  135  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4986  histone family protein DNA-binding protein  66.67 
 
 
105 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.777024  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1269  integration host factor subunit alpha  62.11 
 
 
100 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.272817 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2611  integration host factor subunit alpha  62.11 
 
 
100 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1913  integration host factor subunit alpha  62.11 
 
 
100 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.749601  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1287  integration host factor subunit alpha  67.74 
 
 
112 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.921659  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0830  integration host factor subunit alpha  65.59 
 
 
112 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120813  normal  0.0891496 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1198  integration host factor subunit alpha  66.67 
 
 
112 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1631  integration host factor subunit alpha  66.3 
 
 
112 aa  128  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0639  integration host factor subunit alpha  68.82 
 
 
103 aa  127  6e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1783  integration host factor subunit alpha  61.05 
 
 
100 aa  124  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783563  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1863  integration host factor subunit alpha  61.96 
 
 
102 aa  123  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00832208  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1721  integration host factor subunit alpha  58.33 
 
 
101 aa  123  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0913  integration host factor subunit alpha  57.14 
 
 
100 aa  122  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1522  integration host factor, alpha subunit  58.95 
 
 
101 aa  122  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00263552  normal  0.735039 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0268  integration host factor, alpha subunit  57.14 
 
 
104 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3557  integration host factor subunit alpha  58.89 
 
 
100 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3294  integration host factor, alpha subunit  58.7 
 
 
105 aa  116  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13347 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2365  integration host factor subunit alpha  55.56 
 
 
98 aa  111  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1417  integration host factor, alpha subunit  53.33 
 
 
97 aa  110  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.097817  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3032  integration host factor subunit alpha  54.84 
 
 
100 aa  107  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.814183  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
113 aa  107  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
113 aa  107  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  50 
 
 
99 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
113 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
101 aa  102  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
99 aa  102  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1424  integration host factor, alpha subunit  52.22 
 
 
93 aa  102  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000184784  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3742  integration host factor, alpha subunit  49.48 
 
 
100 aa  101  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.266099  normal  0.554438 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  48.35 
 
 
99 aa  100  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1417  histone-like DNA-binding protein  48.35 
 
 
91 aa  100  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000053245  normal  0.466182 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  51.09 
 
 
103 aa  100  8e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  51.09 
 
 
103 aa  100  8e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1888  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 
93 aa  100  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000630839  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1918  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 
92 aa  100  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000225021  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  51.11 
 
 
98 aa  99.8  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1739  histone family protein DNA-binding protein  52.69 
 
 
122 aa  99.8  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269584  decreased coverage  0.000883525 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0918  integration host factor, alpha subunit  47.25 
 
 
99 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0796  histone family protein DNA-binding protein  49.49 
 
 
118 aa  99.4  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0942374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0376  histone family protein DNA-binding protein  51.61 
 
 
171 aa  99.8  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.611734  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  47.42 
 
 
100 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  47.42 
 
 
100 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  47.42 
 
 
100 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  47.42 
 
 
100 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  47.83 
 
 
101 aa  98.6  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 
92 aa  98.6  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1521  integration host factor, alpha subunit  46.67 
 
 
91 aa  98.2  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.43426  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 
99 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  48.35 
 
 
100 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  48.35 
 
 
100 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1327  integration host factor, alpha subunit  44.66 
 
 
113 aa  97.8  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.125041  hitchhiker  0.0021642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  48.35 
 
 
100 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 
97 aa  97.4  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  46.39 
 
 
100 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  46.39 
 
 
100 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  47.83 
 
 
100 aa  97.4  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0092  integration host factor, alpha subunit  51.65 
 
 
96 aa  97.4  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  46.39 
 
 
100 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  48.31 
 
 
99 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2150  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.872084  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  48.31 
 
 
99 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  46.88 
 
 
99 aa  96.7  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.7  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1894  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 
98 aa  96.3  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.585308  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2619  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.285521  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1730  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.3  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.976876  normal  0.494462 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1957  integration host factor subunit alpha  47.19 
 
 
99 aa  96.3  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.126843  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1718  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000312537  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1826  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
99 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0289441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>