More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2677 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2677  thiamine-monophosphate kinase  100 
 
 
323 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00408376  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2640  thiamine-monophosphate kinase  81.11 
 
 
323 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23047  normal  0.216691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3011  thiamine-monophosphate kinase  77.09 
 
 
323 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2665  thiamine-monophosphate kinase  69.23 
 
 
338 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1820  thiamine-monophosphate kinase  63.47 
 
 
323 aa  398  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1721  thiamine-monophosphate kinase  63.19 
 
 
323 aa  386  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.488772  normal  0.0257709 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4643  thiamin-monophosphate kinase  62.27 
 
 
330 aa  352  4e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.567008  normal  0.372067 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3484  thiamine-monophosphate kinase  57.28 
 
 
325 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3160  thiamine-monophosphate kinase  56.97 
 
 
325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.172815  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7541  thiamine-monophosphate kinase  59.13 
 
 
330 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.301752  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6802  thiamine-monophosphate kinase  57.89 
 
 
328 aa  298  6e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.826688 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3356  thiamine-monophosphate kinase  57.28 
 
 
325 aa  295  7e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.723258  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0208  thiamine-monophosphate kinase  51.38 
 
 
331 aa  266  2.9999999999999995e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.752934  normal  0.144885 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3978  thiamine-monophosphate kinase  54.77 
 
 
331 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.142445  decreased coverage  0.00138187 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0658  thiamine-monophosphate kinase  51.23 
 
 
323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0295042 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4282  thiamine-monophosphate kinase  51.55 
 
 
336 aa  239  4e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0547325 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1820  thiamine-monophosphate kinase  48.76 
 
 
327 aa  236  6e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2116  thiamine-monophosphate kinase  50.15 
 
 
312 aa  233  3e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2915  thiamine-monophosphate kinase  47.68 
 
 
338 aa  233  5e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0468053  hitchhiker  0.00439314 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3537  thiamine-monophosphate kinase  47.35 
 
 
324 aa  225  9e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.719113  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0528  thiamine-monophosphate kinase  36.88 
 
 
315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0556  thiamine monophosphate kinase  44.44 
 
 
334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1040  thiamine-monophosphate kinase  42.28 
 
 
318 aa  197  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000743717  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3665  thiamine-monophosphate kinase  44.01 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0505  thiamine-monophosphate kinase  35.79 
 
 
314 aa  195  9e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0139572  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2605  thiamine monophosphate kinase  42.47 
 
 
331 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.807884  normal  0.0305329 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1278  thiamine-phosphate kinase  38.51 
 
 
319 aa  192  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000168907  unclonable  0.0000000000863796 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0432  thiamine-monophosphate kinase  43.77 
 
 
326 aa  192  8e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0313115  normal  0.821004 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3155  thiamine-monophosphate kinase  41.58 
 
 
323 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000840757  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1216  thiamine-monophosphate kinase  41.58 
 
 
323 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000120227  normal  0.180356 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2773  thiamine-monophosphate kinase  41.22 
 
 
323 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00271748  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2896  thiamine monophosphate kinase  39.57 
 
 
324 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3153  thiamine-monophosphate kinase  41.58 
 
 
323 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000108532  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3298  thiamine-monophosphate kinase  41.58 
 
 
323 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000889615  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1167  thiamine-monophosphate kinase  41.22 
 
 
318 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0557102  normal  0.261644 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3043  thiamine-monophosphate kinase  46.41 
 
 
357 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.426157  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1101  thiamine-monophosphate kinase  40.86 
 
 
318 aa  188  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155289  normal  0.489485 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1387  thiamine-monophosphate kinase  40.6 
 
 
319 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0324994  unclonable  0.0000000216996 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1101  thiamine-monophosphate kinase  40.86 
 
 
318 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00285593  normal  0.797182 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2768  thiamine monophosphate kinase  43.52 
 
 
332 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.086077  normal  0.517414 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3400  thiamine monophosphate kinase  42.9 
 
 
332 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0357932 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3464  thiamin-monophosphate kinase  40.14 
 
 
318 aa  186  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0223  thiamine-monophosphate kinase  39.13 
 
 
339 aa  186  6e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1021  thiamine-phosphate kinase  42.09 
 
 
333 aa  186  6e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0674633  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4471  thiamine-monophosphate kinase  42.86 
 
 
332 aa  185  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3047  thiamine monophosphate kinase  42.02 
 
 
325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3712  thiamine monophosphate kinase  43.62 
 
 
332 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.957704  normal  0.0722604 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2478  thiamine monophosphate kinase  43.71 
 
 
333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.152794  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3475  thiamine monophosphate kinase  43.71 
 
 
333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3308  thiamine monophosphate kinase  43.71 
 
 
333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1257  thiamine monophosphate kinase  43.71 
 
 
333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3477  thiamine monophosphate kinase  43.71 
 
 
333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.695085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3440  thiamine monophosphate kinase  43.71 
 
 
333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.721251  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0397  thiamine monophosphate kinase  43.71 
 
 
333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100912  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1167  thiamine-monophosphate kinase  37.58 
 
 
319 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00022874  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0163  thiamine-monophosphate kinase  37.87 
 
 
338 aa  182  7e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.959025  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1149  thiamine-monophosphate kinase  39.26 
 
 
318 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.017464  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1192  thiamine-monophosphate kinase  37.89 
 
 
323 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0510899  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0555  thiamine monophosphate kinase  42.72 
 
 
344 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0531  thiamine monophosphate kinase  42.72 
 
 
332 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1075  thiamine monophosphate kinase  38.04 
 
 
327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.255519  hitchhiker  0.000417977 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0895  thiamine-monophosphate kinase  40.62 
 
 
324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0369638  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1316  thiamine-monophosphate kinase  37.27 
 
 
336 aa  180  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0605  thiamine-monophosphate kinase  38.77 
 
 
323 aa  179  5.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.655619  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0598  thiamine monophosphate kinase  43.62 
 
 
332 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.516909  normal  0.343428 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1533  thiamine-monophosphate kinase  36.84 
 
 
320 aa  179  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0750268  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0380  thiamine-monophosphate kinase  41.36 
 
 
321 aa  179  8e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.450658  normal  0.175688 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3087  thiamine monophosphate kinase  37.61 
 
 
324 aa  178  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0487  thiamine-monophosphate kinase  43.38 
 
 
319 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3255  thiamine monophosphate kinase  38.34 
 
 
329 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05609  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0147  thiamine monophosphate kinase  43.32 
 
 
332 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0630  thiamine monophosphate kinase  43.32 
 
 
332 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0210  thiamine-phosphate kinase  43.58 
 
 
323 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.631674 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3282  thiamine monophosphate kinase  37.42 
 
 
326 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0529  thiamine-monophosphate kinase  41.59 
 
 
335 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0957799  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3166  thiamine monophosphate kinase  38.04 
 
 
329 aa  177  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1597  thiamine-phosphate kinase  42.57 
 
 
319 aa  176  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01423  thiamine monophosphate kinase  34.89 
 
 
321 aa  176  6e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.281467  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3014  thiamine monophosphate kinase  43.25 
 
 
361 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.783652 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1050  thiamine monophosphate kinase  39.21 
 
 
322 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2755  thiamine monophosphate kinase  43.04 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281901  normal  0.6872 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1028  thiamine monophosphate kinase  37.12 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1188  thiamine monophosphate kinase  42.22 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3114  thiamine monophosphate kinase  38.04 
 
 
329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1564  thiamine-monophosphate kinase  40.98 
 
 
315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.929436  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1679  thiamine-monophosphate kinase  41.97 
 
 
324 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.34027  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2604  thiamine monophosphate kinase  42.94 
 
 
361 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0796602  normal  0.511018 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0466  thiamine monophosphate kinase  38.84 
 
 
326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0521  thiamine monophosphate kinase  38.84 
 
 
326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0460  thiamine monophosphate kinase  38.84 
 
 
326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3852  thiamine monophosphate kinase  40.06 
 
 
317 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0765  thiamine-monophosphate kinase  36.22 
 
 
318 aa  172  6.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0458  thiamine monophosphate kinase  38.84 
 
 
326 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.703911  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3740  thiamine-monophosphate kinase  40.72 
 
 
325 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0794  thiamine-monophosphate kinase  35.91 
 
 
318 aa  169  6e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0885  thiamine monophosphate kinase  37.73 
 
 
323 aa  169  7e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0711  thiamine-monophosphate kinase  41.07 
 
 
321 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11460  thiamine monophosphate kinase  38.91 
 
 
322 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0770171  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1530  thiamine-monophosphate kinase  38.97 
 
 
320 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.160353  normal  0.929464 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2773  thiamine-monophosphate kinase  45.72 
 
 
310 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>