211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2628 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2628  auxin efflux carrier  100 
 
 		 340 aa  666    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926353  decreased coverage  0.0000380487 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2844  auxin efflux carrier  93.99 
 
 		 317 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2945  Auxin Efflux Carrier  83.81 
 
 		 318 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2616  auxin efflux carrier  83.76 
 
 		 315 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.159278  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4150  putative malonate transporter  68.47 
 
 		 317 aa  408  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3876  auxin efflux carrier  50.63 
 
 		 318 aa  290  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573481  normal  0.565732 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1828  Auxin Efflux Carrier  45.57 
 
 		 320 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1641  Auxin Efflux Carrier  45.57 
 
 		 320 aa  272  7e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206131  normal  0.299432 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1422  auxin efflux carrier  47.35 
 
 		 320 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882088  normal  0.0189888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7177  Auxin Efflux Carrier  47.6 
 
 		 322 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468538  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0851  AEC family transporter  31.85 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0399976  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2510  auxin efflux carrier  31.85 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.894975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2027  putative malonate transporter  32.48 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7123  Auxin Efflux Carrier  33.01 
 
 		 314 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1917  auxin efflux carrier  32 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0241  malonate transporter  33.86 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2559  auxin efflux carrier  31.55 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3124  auxin efflux carrier  30.57 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.757065  hitchhiker  0.00154101 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1724  auxin efflux carrier  34.38 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0755332  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0152  Auxin Efflux Carrier  26.92 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357013  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3839  auxin efflux carrier  28.75 
 
 		 313 aa  109  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0636  auxin efflux carrier  32.25 
 
 		 309 aa  108  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.233564  normal  0.128937 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1405  putative transporter  34.17 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.419284  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0140  auxin efflux carrier  32.2 
 
 		 309 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4098  auxin efflux carrier  32.19 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.694441  normal  0.0141953 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2889  auxin efflux carrier  30.5 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.592206  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0051  auxin efflux carrier  31.01 
 
 		 313 aa  102  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1629  auxin efflux carrier  30.29 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44490  Auxin efflux carrier family protein  30.45 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4280  auxin efflux carrier  30.2 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2042  auxin efflux carrier  31.86 
 
 		 313 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00987949  normal  0.16087 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0122  Auxin Efflux Carrier  28.04 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0109  auxin efflux carrier  28.06 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0261  transporter, auxin efflux carrier (AEC) family protein  26.86 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0130  Auxin Efflux Carrier  27.36 
 
 		 318 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1189  auxin efflux carrier  25.23 
 
 		 332 aa  96.7  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000379435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3864  auxin efflux carrier  27.1 
 
 		 318 aa  96.3  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.256165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3137  Auxin Efflux Carrier  28.67 
 
 		 318 aa  95.9  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0378351  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2420  Auxin Efflux Carrier  31.25 
 
 		 317 aa  95.5  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.267139 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3957  auxin efflux carrier  26.21 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.049137  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3650  auxin efflux carrier (AEC) family transporter  26.21 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.428256 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0009  auxin efflux carrier  26.27 
 
 		 315 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000222862 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3450  auxin efflux carrier  29.17 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.476606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3829  auxin efflux carrier  31.25 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294332  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1171  auxin efflux carrier  23.87 
 
 		 320 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.864828  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3461  transporter, putative  23.3 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3945  auxin efflux carrier  29.79 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0143831  normal  0.143049 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1105  auxin efflux carrier  23.55 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.514443 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3856  Auxin Efflux Carrier  27.96 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4040  Auxin Efflux Carrier  29.28 
 
 		 318 aa  91.7  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4042  auxin efflux carrier  31.25 
 
 		 311 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4559  auxin efflux carrier  30.25 
 
 		 372 aa  90.9  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418234  normal  0.987668 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0559  auxin efflux carrier  29.43 
 
 		 316 aa  90.9  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0295  auxin efflux carrier  27.71 
 
 		 315 aa  90.1  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3716  Auxin Efflux Carrier  30.09 
 
 		 316 aa  90.5  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1044  auxin efflux carrier  26.52 
 
 		 322 aa  90.1  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3915  auxin efflux carrier  26.2 
 
 		 313 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1282  auxin efflux carrier  23.15 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000676976 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3150  auxin efflux carrier  25.08 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.858662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1219  Auxin Efflux Carrier  24.76 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0781123  normal  0.077527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1105  transporter, putative  23.77 
 
 		 320 aa  87.8  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.423026 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3152  auxin efflux carrier  24.45 
 
 		 320 aa  86.3  7e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00120095  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3295  auxin efflux carrier  24.14 
 
 		 320 aa  85.9  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0975873  decreased coverage  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4474  auxin efflux carrier  27.49 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.572232  normal  0.0637795 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0129  malonate transporter, putative  27.93 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2770  auxin efflux carrier  24.2 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.600213  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1684  auxin efflux carrier  30.84 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6747  auxin efflux carrier  25.72 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2483  Auxin Efflux Carrier  29.35 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.315761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1323  Auxin Efflux Carrier  26.76 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00589859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0325  auxin efflux carrier  31.71 
 
 		 361 aa  79.7  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0722  Auxin Efflux Carrier  28.12 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1673  auxin efflux carrier  26.61 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.719295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2804  auxin efflux carrier  27.57 
 
 		 322 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0046456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3639  auxin efflux carrier  29.81 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2093  auxin efflux carrier  26.13 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0633524 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3161  Auxin Efflux Carrier  26.02 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.303003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2179  auxin efflux carrier  24.44 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3358  auxin efflux carrier  22.98 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0125073 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30060  predicted permease  28.2 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5096  auxin efflux carrier  25.41 
 
 		 325 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.630343  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0880  hypothetical protein  25.16 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.0000000000839852  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3205  Auxin Efflux Carrier  25.32 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2979  auxin efflux carrier  25.32 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.402882 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0128  permease  25.54 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1866  Auxin Efflux Carrier  26.65 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1242  auxin efflux carrier  25.82 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.115852  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3424  auxin efflux carrier  26.75 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3595  auxin efflux carrier  27.13 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.802749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48340  Auxin Efflux Carrier family protein  30.9 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.378131  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1197  auxin efflux carrier  22.98 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.793167  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5424  Auxin Efflux Carrier  26.89 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1536  Auxin Efflux Carrier  22.94 
 
 		 315 aa  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000311444  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2077  Auxin Efflux Carrier  27.1 
 
 		 327 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.393578  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1027  transporter, putative  25.52 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0404  Auxin Efflux Carrier  27.65 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.989352  normal  0.549528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49900  permease  25.81 
 
 		 377 aa  63.9  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.058462  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0613  Auxin Efflux Carrier  25.08 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2049  auxin efflux carrier  27.15 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.633484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2164  auxin efflux carrier  25.16 
 
 		 321 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.232164  normal  0.102668 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>