More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2552 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_0405  penicillin-binding protein 1C  57.94 
 
 		 699 aa  660    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905597  normal  0.606283 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1733  penicillin-binding protein 1C  57.87 
 
 		 705 aa  671    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0777193  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1534  penicillin-binding protein 1C  74.18 
 
 		 706 aa  1020    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232379  normal  0.600626 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0912  penicillin-binding protein 1C  56.61 
 
 		 710 aa  639    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108824  normal  0.087359 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2824  penicillin-binding protein 1C  86.24 
 
 		 680 aa  1180    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2918  penicillin-binding protein 1C  87.9 
 
 		 731 aa  1163    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2543  penicillin-binding protein 1C  78.61 
 
 		 696 aa  1036    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845119  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2552  penicillin-binding protein 1C  100 
 
 		 750 aa  1482    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0465357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2077  penicillin-binding protein 1C  79.61 
 
 		 706 aa  1071    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145944  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1396  penicillin-binding protein 1C  56.94 
 
 		 767 aa  685    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279545 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0258  penicillin-binding protein 1C  54 
 
 		 699 aa  647    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3916  penicillin-binding protein 1C (PBP-1C)  76.19 
 
 		 745 aa  1033    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.787281 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3260  penicillin-binding protein 1C  56.57 
 
 		 696 aa  674    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.247594  normal  0.375198 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1391  penicillin-binding protein 1C  57.47 
 
 		 704 aa  675    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1671  penicillin-binding protein 1C  57.68 
 
 		 733 aa  671    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.60886 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7154  penicillin-binding protein 1C  51.73 
 
 		 692 aa  629  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.334526  normal  0.789669 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3446  penicillin-binding protein 1C  51.02 
 
 		 695 aa  627  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6006  penicillin-binding protein 1C  51.89 
 
 		 693 aa  622  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.155172 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0605  penicillin-binding protein 1C  51.73 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4628  penicillin-binding protein 1C  51.43 
 
 		 684 aa  607  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.170087 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3922  penicillin-binding protein  48.2 
 
 		 695 aa  591  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.731246  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0023  penicillin-binding protein 1C  51.64 
 
 		 674 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0263  penicillin-binding protein 1C  47.47 
 
 		 679 aa  576  1.0000000000000001e-163  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.371203 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1355  glycosyl transferase family protein  51.2 
 
 		 674 aa  572  1e-161  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186022  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0013  penicillin-binding protein 1C  52.22 
 
 		 674 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0471043 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2772  penicillin-binding protein 1C  49.23 
 
 		 690 aa  539  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0105  penicillin-binding protein 1C  50 
 
 		 706 aa  533  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0637  penicillin-binding protein 1C  49.62 
 
 		 683 aa  522  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.405443  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0269  penicillin-binding protein 1C  41.76 
 
 		 734 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2726  penicillin-binding protein 1C  45.09 
 
 		 771 aa  442  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2683  penicillin-binding protein 1C  44.92 
 
 		 771 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02411  fused transglycosylase/transpeptidase  43.99 
 
 		 770 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1149  penicillin-binding protein 1C  43.72 
 
 		 770 aa  438  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.391736  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02373  hypothetical protein  43.99 
 
 		 770 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2901  penicillin-binding protein 1C  44.92 
 
 		 771 aa  439  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3022  penicillin-binding protein 1C  45.23 
 
 		 793 aa  436  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.505998 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1158  penicillin-binding protein 1C  43.72 
 
 		 770 aa  438  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.729598  normal  0.0485769 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2803  penicillin-binding protein 1C  43.55 
 
 		 770 aa  436  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3614  penicillin-binding protein 1C  45.92 
 
 		 774 aa  438  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.355013 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3748  penicillin-binding protein 1C  43.55 
 
 		 770 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2789  penicillin-binding protein 1C  44.92 
 
 		 771 aa  439  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0400715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2671  penicillin-binding protein 1C  43.55 
 
 		 770 aa  437  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.122147 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2670  penicillin-binding protein 1C  43.72 
 
 		 770 aa  438  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2894  penicillin-binding protein 1C  43.37 
 
 		 770 aa  434  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3013  penicillin-binding protein 1C  46.44 
 
 		 774 aa  434  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.928991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2770  penicillin-binding protein 1C  44.66 
 
 		 771 aa  435  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0603  bifunctional penicillin-binding protein 1C  42.38 
 
 		 807 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1435  bifunctional penicillin-binding protein 1C precursor  46.03 
 
 		 794 aa  423  1e-117  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.443847  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0572  penicillin-binding protein 1C  46.3 
 
 		 784 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0611  penicillin-binding protein 1C  46.3 
 
 		 784 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4592  penicillin-binding protein 1C  46.02 
 
 		 784 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0233923 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1366  penicillin-binding protein 1C  46.67 
 
 		 794 aa  422  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0369246  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0617  penicillin-binding protein 1C  45.52 
 
 		 784 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.701974  normal  0.0771525 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4387  penicillin-binding protein 1C  44.78 
 
 		 782 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1160  penicillin-binding protein 1C  43.05 
 
 		 686 aa  418  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.215949  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3968  penicillin-binding protein  39.37 
 
 		 790 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337015  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4847  penicillin-binding protein  45.25 
 
 		 782 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09670  penicillin-binding protein 1C  40.39 
 
 		 770 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0390  penicillin-binding protein 1C  46.48 
 
 		 780 aa  404  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2472  penicillin-binding protein 1C  46.44 
 
 		 799 aa  399  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000462783 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0732  penicillin-binding protein 1C  46.18 
 
 		 774 aa  398  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0068  penicillin-binding protein 1C  42.74 
 
 		 680 aa  395  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0107  penicillin-binding protein 1C  40.96 
 
 		 762 aa  395  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5076  penicillin-binding protein 1C  38.61 
 
 		 816 aa  372  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.634438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2639  penicillin-binding protein 1C  39.45 
 
 		 793 aa  363  5.0000000000000005e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3903  penicillin-binding protein 1C  38.7 
 
 		 766 aa  354  2.9999999999999997e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1901  glycosyl transferase family 51  35.63 
 
 		 688 aa  335  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2254  penicillin-binding protein 1C, putative  35.63 
 
 		 688 aa  335  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.531479  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1192  glycosyltransferase  34.46 
 
 		 774 aa  326  1e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.224348  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0543  membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein PbpC  36.8 
 
 		 780 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1881  penicillin-binding protein 1C  35.9 
 
 		 787 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.983342  hitchhiker  0.000428352 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3054  penicillin-binding protein 1C  35.9 
 
 		 787 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2980  penicillin-binding protein 1C  35.9 
 
 		 787 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0164  penicillin-binding protein 1C  35.06 
 
 		 797 aa  306  9.000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2192  penicillin-binding protein 1C  36.18 
 
 		 794 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1629  hypothetical protein  35.42 
 
 		 772 aa  304  3.0000000000000004e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1635  hypothetical protein  35.6 
 
 		 775 aa  303  8.000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1078  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  34.21 
 
 		 724 aa  301  4e-80  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00006738  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0836  penicillin-binding protein 1C  32.82 
 
 		 719 aa  296  9e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0734378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0509  penicillin-binding protein 1C  37.11 
 
 		 804 aa  290  6e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583992  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0067  penicillin-binding protein 1C, putative  36.55 
 
 		 760 aa  288  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2143  penicillin-binding protein  32.46 
 
 		 765 aa  285  3.0000000000000004e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1254  flagellar P-ring protein (basal body P-ring protein)  33.56 
 
 		 722 aa  284  5.000000000000001e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5133  penicillin-binding protein 1C  36.68 
 
 		 809 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.391992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0072  penicillin-binding protein 1C  36.18 
 
 		 760 aa  282  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3235  penicillin-binding protein 1C  36.64 
 
 		 809 aa  281  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5148  penicillin-binding protein 1C  36.26 
 
 		 809 aa  281  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4282  penicillin-binding protein 1C  36.18 
 
 		 760 aa  280  5e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0067  penicillin-binding protein 1C  36.18 
 
 		 762 aa  280  6e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1500  penicillin-binding protein 1C  33.51 
 
 		 734 aa  278  4e-73  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1293  penicillin-binding protein 1C  36.25 
 
 		 772 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1225  penicillin-binding protein  31.69 
 
 		 716 aa  270  5.9999999999999995e-71  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.555971  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2036  glycosyl transferase family penicillin-binding protein transpeptidase  37.86 
 
 		 779 aa  270  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0247082  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2356  penicillin-binding protein 1C  34.11 
 
 		 762 aa  266  1e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1530  penicillin-binding protein 1C  30.11 
 
 		 764 aa  263  8e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1842  glycosyl transferase family 51  38.86 
 
 		 782 aa  261  4e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0117542  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0309  penicillin-binding protein 1C  31.01 
 
 		 792 aa  257  7e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1168  penicillin-binding protein 1C  33.66 
 
 		 798 aa  256  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.676311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1927  glycosyl transferase family 51  38.5 
 
 		 782 aa  253  7e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0285568  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2518  glycosyl transferase family 51  31.56 
 
 		 857 aa  251  4e-65  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>