More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2482 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1983  TonB-dependent receptor  80.25 
 
 		 727 aa  1233    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.454223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2482  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 728 aa  1499    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2970  TonB-dependent receptor  44.11 
 
 		 718 aa  617  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.222916  normal  0.415846 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  45.37 
 
 		 708 aa  594  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0941  TonB-dependent receptor  45.09 
 
 		 716 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3697  TonB-dependent receptor  41.93 
 
 		 731 aa  551  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5501  TonB-dependent receptor  41.93 
 
 		 731 aa  552  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  40.58 
 
 		 744 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  36.16 
 
 		 697 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 		 654 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3699  TonB-dependent receptor  31.68 
 
 		 685 aa  360  7e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 		 683 aa  356  1e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  31.95 
 
 		 674 aa  348  2e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0151  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  30.69 
 
 		 675 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0604  TonB-dependent outer membrane receptor  31.05 
 
 		 682 aa  331  3e-89  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 		 667 aa  325  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5341  TonB-dependent receptor  30.1 
 
 		 657 aa  317  5e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 675 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 668 aa  286  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  30.25 
 
 		 663 aa  266  7e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 693 aa  252  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 656 aa  248  3e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 656 aa  247  6.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1516  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 690 aa  187  5e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.18651  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.5 
 
 		 653 aa  153  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 665 aa  150  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  21.98 
 
 		 678 aa  114  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  21.75 
 
 		 699 aa  94.7  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  20.94 
 
 		 669 aa  92.8  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 651 aa  84.3  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  28.42 
 
 		 666 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  28.11 
 
 		 666 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  27.4 
 
 		 666 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  28.11 
 
 		 666 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  26.88 
 
 		 663 aa  82  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  28.11 
 
 		 666 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  26.52 
 
 		 663 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  21.16 
 
 		 709 aa  72  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4382  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 635 aa  71.6  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.429499  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  28.5 
 
 		 656 aa  71.6  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  28.65 
 
 		 655 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3716  TonB-dependent receptor, plug  25.94 
 
 		 527 aa  65.5  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0878035  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  27.81 
 
 		 662 aa  65.1  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  27.44 
 
 		 729 aa  65.1  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  27.44 
 
 		 741 aa  65.1  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  30.39 
 
 		 749 aa  65.1  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 613 aa  63.5  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  29.83 
 
 		 707 aa  63.2  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  28.57 
 
 		 634 aa  63.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  29.83 
 
 		 767 aa  63.2  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  29.51 
 
 		 737 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  31.21 
 
 		 673 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  31.68 
 
 		 671 aa  62.4  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  25 
 
 		 638 aa  62  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  24.33 
 
 		 671 aa  61.2  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  26.19 
 
 		 775 aa  60.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  31.43 
 
 		 647 aa  60.8  0.00000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  27.56 
 
 		 693 aa  60.8  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  32.31 
 
 		 632 aa  60.8  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 1128 aa  60.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 642 aa  60.5  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 751 aa  60.5  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  21.67 
 
 		 698 aa  60.5  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 690 aa  59.7  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  27.72 
 
 		 634 aa  60.1  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  27.78 
 
 		 646 aa  58.2  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  27.84 
 
 		 623 aa  58.2  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  38.24 
 
 		 779 aa  58.2  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  28.34 
 
 		 613 aa  57.8  0.0000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  21.38 
 
 		 836 aa  57.8  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 621 aa  57.4  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 618 aa  57.4  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  39.78 
 
 		 695 aa  57.4  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0870  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 784 aa  57  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  24.06 
 
 		 620 aa  56.6  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1486  TonB-dependent receptor, plug  30.56 
 
 		 677 aa  55.8  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243313  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 655 aa  56.2  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 714 aa  56.2  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4248  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 772 aa  55.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 		 670 aa  55.8  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  26.23 
 
 		 695 aa  55.8  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4136  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 772 aa  55.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  26.63 
 
 		 646 aa  55.5  0.000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3191  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 720 aa  55.5  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126534  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  37.8 
 
 		 647 aa  55.5  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 		 778 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  24.88 
 
 		 633 aa  55.1  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 692 aa  54.7  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 688 aa  54.7  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 707 aa  54.3  0.000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.85 
 
 		 728 aa  54.3  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 697 aa  54.3  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 647 aa  54.3  0.000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0882  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 784 aa  53.9  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.72079  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05316  putative ferrisiderophore receptor protein  23.74 
 
 		 779 aa  53.5  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  32.67 
 
 		 668 aa  53.9  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0970  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 786 aa  53.9  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108903  normal  0.157986 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  23.62 
 
 		 617 aa  53.9  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  21.77 
 
 		 759 aa  53.5  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1010  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 790 aa  53.9  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0114301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>