More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2433 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2433  3-dehydroquinate dehydratase  100 
 
 		 156 aa  320  4e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.17866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3018  3-dehydroquinate dehydratase  91.39 
 
 		 151 aa  286  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2715  3-dehydroquinate dehydratase  85.43 
 
 		 151 aa  274  3e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2867  3-dehydroquinate dehydratase  83.44 
 
 		 151 aa  259  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4214  3-dehydroquinate dehydratase  78.62 
 
 		 163 aa  244  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.392467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2187  3-dehydroquinate dehydratase  77.78 
 
 		 156 aa  244  4e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.379626  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1751  3-dehydroquinate dehydratase  78.23 
 
 		 156 aa  243  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0911231  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2104  3-dehydroquinate dehydratase  63.7 
 
 		 148 aa  192  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1610  3-dehydroquinate dehydratase  63.7 
 
 		 148 aa  191  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0468975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3290  3-dehydroquinate dehydratase  58.74 
 
 		 152 aa  188  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.267239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5032  3-dehydroquinate dehydratase  59.46 
 
 		 151 aa  184  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2302  3-dehydroquinate dehydratase  60.69 
 
 		 177 aa  179  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.708414  hitchhiker  0.00337586 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1707  3-dehydroquinate dehydratase  60.14 
 
 		 146 aa  179  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1397  3-dehydroquinate dehydratase  61.97 
 
 		 154 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000192408  normal  0.601404 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4902  3-dehydroquinate dehydratase  56.16 
 
 		 146 aa  177  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5387  3-dehydroquinate dehydratase  57.53 
 
 		 153 aa  177  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.878433  normal  0.435849 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3392  3-dehydroquinate dehydratase  62.07 
 
 		 158 aa  177  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3916  3-dehydroquinate dehydratase  58.11 
 
 		 150 aa  176  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.491166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2299  3-dehydroquinate dehydratase  58 
 
 		 159 aa  174  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.926726  normal  0.99105 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1789  3-dehydroquinate dehydratase  56.74 
 
 		 145 aa  171  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2491  3-dehydroquinate dehydratase  58.33 
 
 		 147 aa  171  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.254685  normal  0.906535 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3500  3-dehydroquinate dehydratase  59.03 
 
 		 155 aa  171  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.651593 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1551  3-dehydroquinate dehydratase  56.46 
 
 		 150 aa  171  2.9999999999999996e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.961806  normal  0.25542 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3022  3-dehydroquinate dehydratase  56.08 
 
 		 147 aa  169  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00285164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3174  3-dehydroquinate dehydratase  57.14 
 
 		 153 aa  168  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.715681 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2094  3-dehydroquinate dehydratase, type II  55 
 
 		 142 aa  167  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.641417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1538  3-dehydroquinate dehydratase  56.74 
 
 		 145 aa  166  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3376  3-dehydroquinate dehydratase  54.73 
 
 		 147 aa  166  9e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1732  3-dehydroquinate dehydratase  57.45 
 
 		 145 aa  166  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.676815  normal  0.0717581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03030  3-dehydroquinate dehydratase  52.35 
 
 		 148 aa  166  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.343672  hitchhiker  0.0000797805 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2407  3-dehydroquinate dehydratase  57.25 
 
 		 149 aa  165  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0668809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2041  3-dehydroquinate dehydratase  56.52 
 
 		 149 aa  165  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775923 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3288  3-dehydroquinate dehydratase  57.25 
 
 		 152 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5319  3-dehydroquinate dehydratase  60.56 
 
 		 149 aa  164  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2433  3-dehydroquinate dehydratase  56.34 
 
 		 149 aa  163  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.587468  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38070  3-dehydroquinate dehydratase  55.07 
 
 		 147 aa  163  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.633165  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0330  3-dehydroquinate dehydratase  53.69 
 
 		 148 aa  163  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7522  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3469  3-dehydroquinate dehydratase, type II  56.12 
 
 		 152 aa  162  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.411498 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3145  3-dehydroquinate dehydratase  57.97 
 
 		 146 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.35351  normal  0.502836 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2058  3-dehydroquinate dehydratase  56.03 
 
 		 193 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0845  3-dehydroquinate dehydratase, type II  54.79 
 
 		 145 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.556565  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0337  3-dehydroquinate dehydratase  52.38 
 
 		 146 aa  161  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3419  3-dehydroquinate dehydratase  55.1 
 
 		 151 aa  160  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0105986  normal  0.197082 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2077  3-dehydroquinate dehydratase  51.8 
 
 		 150 aa  160  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.556948  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1913  3-dehydroquinate dehydratase  55.07 
 
 		 152 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.643127  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4097  3-dehydroquinate dehydratase, type II  52.82 
 
 		 165 aa  160  7e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.517045  normal  0.0424658 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0954  3-dehydroquinate dehydratase  54.35 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0330586 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0915  3-dehydroquinate dehydratase  53.85 
 
 		 149 aa  159  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.249833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1437  3-dehydroquinate dehydratase  51.75 
 
 		 146 aa  159  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0623689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0579  3-dehydroquinate dehydratase  56.03 
 
 		 193 aa  159  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2207  3-dehydroquinate dehydratase  55.32 
 
 		 151 aa  158  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0892  3-dehydroquinate dehydratase  55.32 
 
 		 151 aa  158  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.396481  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0849  3-dehydroquinate dehydratase  55.32 
 
 		 151 aa  158  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1896  3-dehydroquinate dehydratase  55.32 
 
 		 193 aa  158  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1714  3-dehydroquinate dehydratase  59.26 
 
 		 145 aa  158  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.011115  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15470  3-dehydroquinate dehydratase  51.06 
 
 		 143 aa  158  3e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.363675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1267  3-dehydroquinate dehydratase  53.62 
 
 		 146 aa  158  3e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0717044  hitchhiker  0.00235053 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0482  3-dehydroquinate dehydratase  55.32 
 
 		 193 aa  158  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.644593  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1753  3-dehydroquinate dehydratase  55.32 
 
 		 151 aa  158  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.111772  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2272  3-dehydroquinate dehydratase  51.05 
 
 		 176 aa  157  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.156045  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0904  3-dehydroquinate dehydratase  52.45 
 
 		 176 aa  157  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0908  3-dehydroquinate dehydratase  52.45 
 
 		 157 aa  157  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21280  3-dehydroquinate dehydratase  54.61 
 
 		 150 aa  156  8e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.775201  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0045  3-dehydroquinate dehydratase, type II  57.25 
 
 		 144 aa  156  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.152368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2664  3-dehydroquinate dehydratase  54.81 
 
 		 150 aa  156  9e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3467  3-dehydroquinate dehydratase  53.52 
 
 		 149 aa  155  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04071  3-dehydroquinate dehydratase  48.95 
 
 		 147 aa  155  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01135  Catabolic 3-dehydroquinase (EC 4.2.1.10)(3-dehydroquinate dehydratase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P05147]  53.62 
 
 		 153 aa  155  2e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.174731 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4964  3-dehydroquinate dehydratase  54.48 
 
 		 151 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222066 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04381  3-dehydroquinate dehydratase  47.92 
 
 		 147 aa  155  2e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0246  3-dehydroquinate dehydratase, type II  53.9 
 
 		 156 aa  155  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0032  3-dehydroquinate dehydratase  53.47 
 
 		 149 aa  155  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0344  3-dehydroquinate dehydratase  53.79 
 
 		 151 aa  155  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.960001  normal  0.658958 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3063  3-dehydroquinate dehydratase  54.48 
 
 		 151 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.816098  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7090  3-dehydroquinate dehydratase  51.37 
 
 		 147 aa  155  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5304  3-dehydroquinate dehydratase  54.48 
 
 		 151 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5193  3-dehydroquinate dehydratase  52.38 
 
 		 151 aa  153  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4665  3-dehydroquinate dehydratase  53.1 
 
 		 151 aa  153  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560222  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0744  3-dehydroquinate dehydratase  54.81 
 
 		 153 aa  153  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00682582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0715  3-dehydroquinate dehydratase  54.81 
 
 		 153 aa  153  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2566  3-dehydroquinate dehydratase  53.06 
 
 		 147 aa  152  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5950  3-dehydroquinate dehydratase  50.99 
 
 		 149 aa  152  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0375239  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2864  3-dehydroquinate dehydratase  55.88 
 
 		 162 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2785  3-dehydroquinate dehydratase  52.11 
 
 		 156 aa  151  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.995047 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0383  3-dehydroquinate dehydratase  51.09 
 
 		 166 aa  151  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0668  3-dehydroquinate dehydratase  54.01 
 
 		 156 aa  151  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2300  3-dehydroquinate dehydratase  52.78 
 
 		 148 aa  150  5.9999999999999996e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.562117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5453  3-dehydroquinate dehydratase  50.35 
 
 		 147 aa  150  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.747889  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1733  3-dehydroquinate dehydratase  52.55 
 
 		 161 aa  150  8e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0846239 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0204  3-dehydroquinate dehydratase, type II  52.05 
 
 		 147 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1848  3-dehydroquinate dehydratase  50.71 
 
 		 143 aa  149  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.690997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3030  3-dehydroquinate dehydratase  51.41 
 
 		 155 aa  149  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3425  3-dehydroquinate dehydratase  49.32 
 
 		 151 aa  148  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2620  3-dehydroquinate dehydratase  52.94 
 
 		 155 aa  149  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.535696 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04491  3-dehydroquinate dehydratase  49.28 
 
 		 146 aa  149  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.609687  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1841  3-dehydroquinate dehydratase  50.71 
 
 		 143 aa  149  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.226528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3063  3-dehydroquinate dehydratase  52.21 
 
 		 162 aa  148  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2377  3-dehydroquinate dehydratase  54.48 
 
 		 149 aa  148  3e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4568  3-dehydroquinate dehydratase  52.52 
 
 		 151 aa  148  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0883  3-dehydroquinate dehydratase  51.43 
 
 		 160 aa  148  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.893545  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>