44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2426 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2426  hypothetical protein  100 
 
 
406 aa  791    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23  decreased coverage  0.0038773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2708  hypothetical protein  84.41 
 
 
405 aa  648    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3024  hypothetical protein  84.73 
 
 
431 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0939  hypothetical protein  75.19 
 
 
406 aa  586  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3404  hypothetical protein  74.44 
 
 
406 aa  575  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  27.08 
 
 
429 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  27.67 
 
 
417 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  25.48 
 
 
414 aa  68.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  29.25 
 
 
427 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  27.25 
 
 
441 aa  65.5  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  28.72 
 
 
426 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  30.45 
 
 
432 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  26.63 
 
 
415 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  30.45 
 
 
432 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  27.3 
 
 
457 aa  61.6  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  28.67 
 
 
428 aa  61.6  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  26.75 
 
 
456 aa  62  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  29.12 
 
 
470 aa  61.2  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  24.93 
 
 
415 aa  59.7  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  25.62 
 
 
427 aa  58.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  24.66 
 
 
415 aa  58.5  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  26.56 
 
 
452 aa  57.4  0.0000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  25.69 
 
 
415 aa  56.6  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  25.62 
 
 
401 aa  56.2  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  23.92 
 
 
458 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  26.55 
 
 
450 aa  54.3  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  24.46 
 
 
415 aa  53.9  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  23.53 
 
 
415 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  23.53 
 
 
415 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  23.53 
 
 
415 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  23.53 
 
 
415 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  23.74 
 
 
436 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  23.74 
 
 
436 aa  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  23.73 
 
 
415 aa  51.2  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  23.74 
 
 
436 aa  51.2  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  24.73 
 
 
490 aa  50.4  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  31.45 
 
 
431 aa  49.3  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  23.97 
 
 
467 aa  47.8  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  37.14 
 
 
427 aa  47.4  0.0004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  25.71 
 
 
460 aa  47  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  27.33 
 
 
417 aa  44.3  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  23.12 
 
 
415 aa  43.5  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  25.43 
 
 
475 aa  43.1  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  24.92 
 
 
476 aa  43.1  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>