More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2416 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3034  hypothetical protein  84.28 
 
 		 298 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3324  protein of unknown function DUF6 transmembrane  55.33 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2383  hypothetical protein  58.53 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.195914  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2911  hypothetical protein  52.84 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.100063 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2545  hypothetical protein  52.17 
 
 		 299 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4236  putative transport protein  52.79 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172586  normal  0.870652 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8212  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.66 
 
 		 303 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3051  hypothetical protein  30.47 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2852  hypothetical protein  29.14 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3402  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.3 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.418802  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4057  hypothetical protein  28.91 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.365603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0367  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.88 
 
 		 293 aa  95.5  1e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4618  hypothetical protein  30.18 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0215  hypothetical protein  30.28 
 
 		 334 aa  87  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.327271  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0286  hypothetical protein  31.93 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00960763  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4695  hypothetical protein  28.46 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.658127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0377  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.75 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0825  hypothetical protein  27.14 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2796  hypothetical protein  28.52 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0154  drug/metabolite transporter  26.92 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.98831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0031  drug/metabolite transporter  26.92 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6822  normal  0.556158 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1754  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.96 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.568137  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3287  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.43 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1098  hypothetical protein  31.09 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.100036  normal  0.664944 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2949  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.1 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.106399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3556  hypothetical protein  28.96 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2255  hypothetical protein  33.62 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.116056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3106  hypothetical protein  32.22 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0777432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2560  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.78 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.711408  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0056  hypothetical protein  29.24 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0122515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3501  hypothetical protein  28.78 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0732  hypothetical protein  29.56 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1390  DMT family permease  28.88 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.526899  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5896  hypothetical protein  29.2 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5404  putative transporter  27.46 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.532448 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03829  predicted permease  27.46 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.46 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03778  hypothetical protein  27.46 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4072  hypothetical protein  27.46 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4391  putative transporter  27.46 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.568191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4177  putative transporter  27.46 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4566  hypothetical protein  29.17 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.912559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4309  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.77 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.174107  normal  0.924081 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1309  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.52 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.511844  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1011  hypothetical protein  30.58 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0158427  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4430  putative transporter  28.06 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2552  hypothetical protein  31.56 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2356  hypothetical protein  29.81 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.469762  normal  0.368317 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4483  putative transporter  27.4 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4244  PecM protein  28.57 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0960699 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4286  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.4 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.853408 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0406  hypothetical protein  26.22 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4367  hypothetical protein  28.7 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2455  hypothetical protein  29.02 
 
 		 272 aa  68.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151746 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4618  hypothetical protein  29.52 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7502  regulator protein pecM  30.11 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.26 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4508  integral membrane protein  24 
 
 		 309 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.563212  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  27.23 
 
 		 274 aa  66.6  0.0000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4157  DMT family permease  24.73 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000489633  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2545  hypothetical protein  32.73 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2401  hypothetical protein  32.73 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1953  hypothetical protein  27.37 
 
 		 293 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201428  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2588  hypothetical protein  27.37 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344975  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4168  permeases of the drug/metabolite transporter (DMT)  24.91 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.221065  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0900  hypothetical protein  28.57 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3272  hypothetical protein  29.46 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4706  hypothetical protein  30.88 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.783854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0239  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.47 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4184  hypothetical protein  30.53 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2564  hypothetical protein  27.37 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4804  hypothetical protein  28.22 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2300  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.68 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4503  hypothetical protein  24.36 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00148993 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5479  hypothetical protein  28.47 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.293066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3563  hypothetical protein  28.22 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.390712  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3804  hypothetical protein  26.92 
 
 		 331 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.91 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0619  hypothetical protein  30.29 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3396  hypothetical protein  27.31 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.321335  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1999  EamA family protein  25.82 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.099067  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1118  hypothetical protein  29.35 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.65286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2020  hypothetical protein  21.61 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.252549 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1734  drug/metabolite exporter family protein  25.45 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000184981  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  26.46 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2020  transporter, EamA family  25.82 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000240822  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1777  EamA family protein  25.45 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00180942  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1756  drug/metabolite exporter family protein  25.45 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1915  eama family protein  25.45 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0191779  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1951  transporter, EamA family  25.45 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000452263 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1688  hypothetical protein  28.82 
 
 		 286 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.757189 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1258  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.43 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10380  permease of the drug/metabolite transporter (DMT) superfamily  23.55 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000142725  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1505  hypothetical protein  24.64 
 
 		 305 aa  62  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  26.49 
 
 		 324 aa  62  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1919  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  25.82 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.208347  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4453  hypothetical protein  28.67 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.309026 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4446  hypothetical protein  29.03 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.602147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0532  hypothetical protein  29.26 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>