More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2415 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1930  lytic transglycosylase  66.53 
 
 		 735 aa  969    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.898731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4695  putative soluble lytic transglycosylase (SLT)  65.8 
 
 		 768 aa  1008    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.122855 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3035  lytic transglycosylase, catalytic  88.98 
 
 		 747 aa  1302    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2890  lytic transglycosylase, catalytic  71.45 
 
 		 747 aa  1021    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00446727  normal  0.0355503 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2697  Lytic transglycosylase catalytic  77.32 
 
 		 745 aa  1104    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0570177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2415  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 746 aa  1503    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00456435  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2263  lytic transglycosylase, catalytic  70.45 
 
 		 749 aa  1001    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.501845  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0698  lytic transglycosylase catalytic  45.35 
 
 		 757 aa  544  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.385758  normal  0.091894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1483  Lytic transglycosylase catalytic  46.6 
 
 		 760 aa  532  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3828  lytic transglycosylase catalytic  46.74 
 
 		 772 aa  530  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0450856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1889  lytic transglycosylase catalytic  44.14 
 
 		 788 aa  522  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00793651 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3386  Lytic transglycosylase catalytic  42.55 
 
 		 776 aa  500  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3514  Lytic transglycosylase catalytic  42.41 
 
 		 774 aa  496  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3190  lytic transglycosylase catalytic  41.99 
 
 		 774 aa  490  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0849  Lytic transglycosylase catalytic  46.4 
 
 		 747 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.943706 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1871  lytic transglycosylase catalytic  39.4 
 
 		 723 aa  444  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.292946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2861  lytic transglycosylase catalytic  36.28 
 
 		 804 aa  388  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0988  Lytic transglycosylase catalytic  39.87 
 
 		 691 aa  385  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0638  soluble lytic murein transglycosylase  38.11 
 
 		 685 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.65587  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0643  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.23 
 
 		 652 aa  376  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1141  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 691 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1431  soluble lytic transglycosylase  39.3 
 
 		 709 aa  378  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0672  lytic transglycosylase catalytic  39.43 
 
 		 685 aa  375  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2642  lytic transglycosylase catalytic  37.83 
 
 		 712 aa  365  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0940  lytic transglycosylase, catalytic  41.45 
 
 		 680 aa  358  1.9999999999999998e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.48603  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0462  transglycosylase  34.62 
 
 		 654 aa  353  8.999999999999999e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.18202  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1584  lytic transglycosylase, catalytic  33.93 
 
 		 686 aa  316  9e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0407879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3087  lytic transglycosylase catalytic  35.86 
 
 		 726 aa  300  8e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0034  lytic transglycosylase, catalytic  35.13 
 
 		 649 aa  291  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1866  lytic transglycosylase, catalytic  33.82 
 
 		 664 aa  289  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0881  putative soluble lytic transglycosylase  37.58 
 
 		 653 aa  278  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2541  lytic transglycosylase, catalytic  37.58 
 
 		 677 aa  276  7e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00863759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0149  lytic transglycosylase, catalytic  32.92 
 
 		 655 aa  266  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0831767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0125  lytic transglycosylase, catalytic  34.34 
 
 		 680 aa  265  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1442  lytic transglycosylase, catalytic  33.17 
 
 		 672 aa  256  8e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0150  putative lytic transglycosylase catalytic  33.45 
 
 		 649 aa  254  4.0000000000000004e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.862262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1732  lytic transglycosylase, catalytic  33.17 
 
 		 679 aa  249  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0596592 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0518  lytic transglycosylase, catalytic  32.23 
 
 		 682 aa  221  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.936483 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0705  lytic transglycosylase, catalytic  33.07 
 
 		 716 aa  214  4.9999999999999996e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1909  lytic transglycosylase, catalytic  29.44 
 
 		 677 aa  162  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.442257  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0177  Lytic transglycosylase catalytic  27.59 
 
 		 673 aa  157  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0429292  normal  0.082648 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2700  lytic transglycosylase, catalytic  26.2 
 
 		 715 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.232237  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2131  soluble lytic transglycosylase  32.04 
 
 		 690 aa  110  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1377  lytic transglycosylase, catalytic  30.74 
 
 		 719 aa  108  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.010256 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0717  lytic transglycosylase catalytic  29.58 
 
 		 616 aa  107  8e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  28.33 
 
 		 663 aa  105  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  28.57 
 
 		 716 aa  102  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0214  lytic transglycosylase, catalytic  37.69 
 
 		 374 aa  102  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0877  hypothetical protein  61.97 
 
 		 185 aa  100  9e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.704927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0230  soluble lytic murein transglycosylase  29.04 
 
 		 648 aa  99.8  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2373  Lytic transglycosylase catalytic  31.53 
 
 		 686 aa  99  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1715  Lytic transglycosylase catalytic  29.5 
 
 		 652 aa  98.2  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.728382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  37.32 
 
 		 690 aa  98.2  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2410  Lytic transglycosylase catalytic  29.55 
 
 		 730 aa  97.8  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3701  Lytic transglycosylase catalytic  29.55 
 
 		 730 aa  97.4  8e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.236251  normal  0.218254 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1999  lytic transglycosylase, catalytic  29.02 
 
 		 628 aa  97.4  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  29.84 
 
 		 678 aa  97.1  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2362  SLT domain-containing protein  28.17 
 
 		 654 aa  96.3  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.292833 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  40.85 
 
 		 663 aa  95.5  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0553  lytic murein transglycosylase  30.39 
 
 		 645 aa  95.1  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1065  Lytic transglycosylase catalytic  28.88 
 
 		 698 aa  95.1  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1895  soluble lytic murein transglycosylase, putative  36.99 
 
 		 638 aa  95.1  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2602  lytic transglycosylase catalytic protein  36.96 
 
 		 709 aa  95.1  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1311  lytic transglycosylase, catalytic  27.2 
 
 		 721 aa  94.7  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00111867  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3051  lytic transglycosylase, catalytic  27.79 
 
 		 731 aa  95.1  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  36.96 
 
 		 709 aa  94.7  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4098  lytic transglycosylase, catalytic  29.3 
 
 		 590 aa  94.4  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2239  Lytic transglycosylase catalytic  26.77 
 
 		 729 aa  94.4  7e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  40.88 
 
 		 659 aa  94.4  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4132  lytic transglycosylase, catalytic  26.74 
 
 		 642 aa  94.4  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0267  lytic transglycosylase, catalytic  29.43 
 
 		 574 aa  94  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2125  lytic transglycosylase, catalytic  34.62 
 
 		 645 aa  93.2  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004401  soluble lytic murein transglycosylase precursor  42.22 
 
 		 645 aa  93.6  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1778  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  28.05 
 
 		 669 aa  92  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000296468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2092  lytic transglycosylase, catalytic  28.66 
 
 		 720 aa  92  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.467729 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0716  soluble lytic murein transglycosylase precursor  29.55 
 
 		 649 aa  92  4e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0658  soluble lytic murein transglycosylase precursor  36.42 
 
 		 644 aa  91.7  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0376  Lytic transglycosylase catalytic  25.76 
 
 		 730 aa  91.7  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2013  secreted protein  35.66 
 
 		 187 aa  91.7  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3613  lytic murein transglycosylase  34.25 
 
 		 639 aa  91.3  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3877  lytic transglycosylase catalytic  35.61 
 
 		 898 aa  91.3  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0817  lytic murein transglycosylase  34.25 
 
 		 639 aa  91.3  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3484  lytic murein transglycosylase  34.25 
 
 		 639 aa  91.3  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0633  lytic transglycosylase catalytic  29.22 
 
 		 649 aa  90.9  8e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.716649  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1484  soluble lytic murein transglycosylase, putative  27.69 
 
 		 747 aa  90.5  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180895  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1135  lytic transglycosylase, catalytic  31.43 
 
 		 677 aa  90.5  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.643084  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2046  lytic transglycosylase, catalytic  38.69 
 
 		 735 aa  90.1  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.490447  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04268  lytic murein transglycosylase, soluble  36.26 
 
 		 645 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3605  Lytic transglycosylase catalytic  36.26 
 
 		 645 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3664  lytic murein transglycosylase  36.26 
 
 		 645 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5907  lytic murein transglycosylase  36.26 
 
 		 645 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4628  lytic murein transglycosylase  36.26 
 
 		 645 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0702  Lytic transglycosylase catalytic  29.97 
 
 		 647 aa  89.4  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04233  hypothetical protein  36.26 
 
 		 645 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4940  lytic murein transglycosylase  36.26 
 
 		 645 aa  89.4  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00998  soluble lytic murein transglycosylase  40.74 
 
 		 648 aa  89.4  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4943  lytic murein transglycosylase  36.26 
 
 		 645 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.996707 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4991  lytic murein transglycosylase  36.26 
 
 		 645 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0624  lytic transglycosylase, catalytic  25.07 
 
 		 808 aa  89  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1874  lytic transglycosylase, catalytic  30.35 
 
 		 706 aa  88.6  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.331721  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>