19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2410 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2410  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 
91 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00616498  normal  0.0220666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3041  hypothetical protein  84.62 
 
 
92 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0384  type IV pilus assembly PilZ  62.92 
 
 
108 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.892803  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0055  hypothetical protein  62.5 
 
 
106 aa  113  7.999999999999999e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.555564  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0047  hypothetical protein  65.88 
 
 
106 aa  113  8.999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.090381  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0087  hypothetical protein  62.07 
 
 
101 aa  110  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423806  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0205  hypothetical protein  59.77 
 
 
104 aa  107  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.229186  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0626  hypothetical protein  60.23 
 
 
104 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0227611  normal  0.369246 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0080  hypothetical protein  58.89 
 
 
102 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.270368  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0398  hypothetical protein  58.14 
 
 
105 aa  95.9  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.511382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3854  hypothetical protein  55.06 
 
 
106 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3800  hypothetical protein  60.49 
 
 
104 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1875  hypothetical protein  58.02 
 
 
104 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.102054  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1495  hypothetical protein  55.68 
 
 
106 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0493  type IV pilus assembly PilZ  55.29 
 
 
109 aa  90.1  8e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0528  hypothetical protein  50.56 
 
 
107 aa  88.6  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.536263  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4775  type IV pilus assembly PilZ  47.67 
 
 
103 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0542658  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4372  type IV pilus assembly PilZ  34.12 
 
 
83 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132797  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4663  hypothetical protein  31.76 
 
 
83 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.969031  normal  0.75307 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>