More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2368 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  63.64 
 
 
692 aa  825    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  63.72 
 
 
686 aa  813    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
680 aa  1356    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  44.87 
 
 
658 aa  481  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.9 
 
 
683 aa  478  1e-133  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6272  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  41.52 
 
 
687 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.106273 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.73 
 
 
687 aa  464  1e-129  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.13 
 
 
680 aa  455  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.65 
 
 
704 aa  450  1e-125  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.5 
 
 
694 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.2 
 
 
694 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.35 
 
 
694 aa  445  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  42.32 
 
 
663 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.27 
 
 
683 aa  435  1e-120  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.12 
 
 
680 aa  434  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  37.28 
 
 
681 aa  430  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.74 
 
 
676 aa  427  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  42.99 
 
 
701 aa  427  1e-118  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.91 
 
 
690 aa  426  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  37.72 
 
 
680 aa  429  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.9 
 
 
694 aa  429  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.34 
 
 
706 aa  417  9.999999999999999e-116  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.74 
 
 
711 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.79 
 
 
690 aa  410  1e-113  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.06 
 
 
698 aa  412  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5834  hydantoin utilization protein  37.63 
 
 
687 aa  409  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302011  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.57 
 
 
692 aa  405  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.4 
 
 
678 aa  405  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.09 
 
 
682 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.44 
 
 
657 aa  403  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  36.72 
 
 
676 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.32 
 
 
690 aa  402  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9148  hydantoin utilization protein  38.09 
 
 
687 aa  401  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.04 
 
 
694 aa  402  9.999999999999999e-111  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.84 
 
 
676 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0640  putative N-methylhydantoinase A  39.73 
 
 
672 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.221754  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4226  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.58 
 
 
690 aa  396  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.12 
 
 
672 aa  399  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.67 
 
 
765 aa  397  1e-109  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.37 
 
 
692 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.25 
 
 
684 aa  393  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.95 
 
 
739 aa  395  1e-108  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.79 
 
 
691 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4826  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.75 
 
 
831 aa  391  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.19 
 
 
676 aa  392  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3649  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.71 
 
 
721 aa  390  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495656  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.19 
 
 
691 aa  389  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4428  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.07 
 
 
690 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  38.37 
 
 
679 aa  385  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.59 
 
 
681 aa  384  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  38.4 
 
 
660 aa  384  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1719  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.46 
 
 
688 aa  385  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6595  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.39 
 
 
674 aa  384  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0790  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.41 
 
 
679 aa  385  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.745628 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4325  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.37 
 
 
691 aa  385  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.79538  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.12 
 
 
684 aa  383  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8488  Hydantoinase/oxoprolinase  36.71 
 
 
682 aa  385  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.593385  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20940  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  36.8 
 
 
706 aa  384  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796393  normal  0.0791884 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2412  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.9 
 
 
662 aa  384  1e-105  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0201127  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.54 
 
 
680 aa  379  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0985  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.24 
 
 
726 aa  379  1e-104  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.623858  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.74 
 
 
674 aa  380  1e-104  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.02 
 
 
707 aa  382  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.77 
 
 
706 aa  379  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1857  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.38 
 
 
674 aa  376  1e-103  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0444045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.74 
 
 
712 aa  376  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.59 
 
 
690 aa  376  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.08 
 
 
681 aa  377  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.09 
 
 
706 aa  374  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0678775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1980  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.52 
 
 
693 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3097  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.09 
 
 
702 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364987  normal  0.554031 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2497  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.35 
 
 
719 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4143  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.22 
 
 
702 aa  373  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  37.16 
 
 
698 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  36.12 
 
 
678 aa  375  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.1 
 
 
687 aa  371  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.07 
 
 
682 aa  369  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4389  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.56 
 
 
684 aa  370  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  37.37 
 
 
694 aa  372  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.76 
 
 
701 aa  368  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6263  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.58 
 
 
673 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.3 
 
 
684 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.53 
 
 
693 aa  368  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.95 
 
 
688 aa  369  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  36.48 
 
 
685 aa  365  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4028  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.51 
 
 
711 aa  366  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2226  5-oxoprolinase  36.88 
 
 
680 aa  365  2e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460045  normal  0.133433 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0398  hydantoinase/oxoprolinase  37.78 
 
 
1277 aa  364  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.66 
 
 
765 aa  363  5.0000000000000005e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4426  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.04 
 
 
692 aa  363  6e-99  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.68 
 
 
648 aa  360  6e-98  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.96856  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1876  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.89 
 
 
690 aa  360  6e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6223  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.44 
 
 
690 aa  359  8e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220681  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.38 
 
 
684 aa  359  9.999999999999999e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1473  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.68 
 
 
687 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2529  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.18 
 
 
685 aa  356  1e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413249  normal  0.693617 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0425  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.27 
 
 
647 aa  352  1e-95  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0038  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.4 
 
 
661 aa  350  6e-95  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0691  hydantoin utilization protein A  38.09 
 
 
689 aa  348  1e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.167885  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0321  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.16 
 
 
652 aa  347  6e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>