230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2353 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2353  NmrA-like  100 
 
 
223 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199904  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0163  NmrA-like protein  85.45 
 
 
223 aa  350  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2414  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.84 
 
 
223 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.596261  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1972  NmrA-like  64.13 
 
 
224 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26382  predicted protein  35.61 
 
 
267 aa  108  5e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0549744  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02532  hypothetical protein  35.29 
 
 
210 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.48 
 
 
225 aa  102  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0382  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.07 
 
 
229 aa  102  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
228 aa  99.8  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3807  hypothetical protein  38.51 
 
 
207 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0422433 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4864  hypothetical protein  38.51 
 
 
207 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.542639 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_12408  predicted protein  34.39 
 
 
210 aa  83.2  0.000000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00187836  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2748  hypothetical protein  32.24 
 
 
209 aa  78.6  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.889964  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1521  hypothetical protein  32.79 
 
 
209 aa  78.6  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.447986  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5510  hypothetical protein  41.32 
 
 
219 aa  78.6  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325809  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4454  hypothetical protein  34.9 
 
 
211 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3799  NmrA family protein  32 
 
 
216 aa  75.1  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00787812  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3887  NmrA family protein  32 
 
 
216 aa  75.1  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00312575  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0652  hypothetical protein  32 
 
 
216 aa  75.1  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.216659 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.61 
 
 
236 aa  73.9  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
212 aa  72.8  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.015604 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1729  hypothetical protein  30.84 
 
 
232 aa  71.2  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0501  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like  31.11 
 
 
216 aa  70.5  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.82125 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
234 aa  70.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.166157  normal  0.313673 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
231 aa  69.7  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0286873  normal  0.116207 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00500  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  34.82 
 
 
220 aa  69.3  0.00000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39496  normal  0.546332 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.825731  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1159  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.8 
 
 
218 aa  68.6  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1016  hypothetical protein  30.84 
 
 
231 aa  68.2  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.861732  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0208  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
232 aa  68.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2360  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10747  predicted protein  33.7 
 
 
246 aa  66.6  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.095057  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1372  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0745309  normal  0.267287 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 
212 aa  65.5  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
215 aa  65.9  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4583  Male sterility-like  31.21 
 
 
282 aa  65.1  0.0000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
233 aa  65.1  0.0000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.984722  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1230  hypothetical protein  30.1 
 
 
211 aa  64.3  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.629008  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0227  NmrA family protein  28.38 
 
 
232 aa  64.7  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2813  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.49 
 
 
214 aa  64.3  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1628  NmrA family protein  31.28 
 
 
231 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.927129  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND00720  conserved protein  27.22 
 
 
241 aa  63.5  0.000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
227 aa  63.9  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0760206  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0474  hypothetical protein  42.06 
 
 
214 aa  63.5  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.84085  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
231 aa  63.2  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
231 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0474  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.74 
 
 
210 aa  63.5  0.000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000378302  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.66 
 
 
231 aa  62.8  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.477413 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5087  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.91 
 
 
222 aa  62.4  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.81673 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2766  NmrA family protein  30.4 
 
 
233 aa  62  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.814465  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.59 
 
 
216 aa  61.6  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.468435  normal  0.127341 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2014  hypothetical protein  30.56 
 
 
231 aa  61.2  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.441743 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0786  NmrA family protein  31.31 
 
 
209 aa  60.8  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1422  NmrA family protein  29.09 
 
 
293 aa  61.6  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.578575 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2519  hypothetical protein  28.57 
 
 
223 aa  60.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.717536  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.23 
 
 
238 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0108279  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2657  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 
230 aa  60.5  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.352219  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42659  predicted protein  30.2 
 
 
282 aa  60.1  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 
231 aa  60.5  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1086  hypothetical protein  28.25 
 
 
231 aa  60.1  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.951647  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.66 
 
 
211 aa  59.7  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0623  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.7 
 
 
218 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.5 
 
 
213 aa  59.7  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
309 aa  58.9  0.00000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1003  NmrA-like  24.34 
 
 
221 aa  58.5  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.95557 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_7116  predicted protein  31.03 
 
 
218 aa  58.5  0.00000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.150512  normal  0.0561113 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3052  hypothetical protein  39.52 
 
 
219 aa  58.2  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000885422  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0809  putative NADH-flavin reductase  26.88 
 
 
219 aa  57.8  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0229953  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47367  predicted protein  27.41 
 
 
366 aa  57.8  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.389479  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1211  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.81 
 
 
211 aa  58.2  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.858868  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1754  hypothetical protein  29.47 
 
 
218 aa  57  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.843314  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
218 aa  57.4  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0203481 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1895  putative NADH-flavin reductase-like protein  26.17 
 
 
214 aa  57  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.99 
 
 
287 aa  56.6  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09343  hypothetical protein  27.98 
 
 
212 aa  56.6  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0414979  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0293  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
212 aa  56.6  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.572416  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07801  putative NADH-flavin reductase  29.45 
 
 
219 aa  56.6  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.368016  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5238  putative secreted protein  32.2 
 
 
212 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.110421 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
211 aa  56.2  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.172224  normal  0.0331815 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0923  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.92 
 
 
205 aa  56.2  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
217 aa  55.5  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.251717 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2575  NmrA family protein  32.26 
 
 
295 aa  55.5  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
219 aa  55.5  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3230  putative secreted protein  33 
 
 
212 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.627075  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08651  putative NADH-flavin reductase  26.94 
 
 
219 aa  54.7  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0142417  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08621  putative NADH-flavin reductase  25.95 
 
 
219 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2180  hypothetical protein  30.15 
 
 
221 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2218  hypothetical protein  30.15 
 
 
221 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.864295  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0675  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
223 aa  53.9  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.523369  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5164  NmrA family protein  30.09 
 
 
321 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000496465 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
211 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0412177  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
227 aa  53.9  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.942866  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2018  hypothetical protein  29.94 
 
 
294 aa  53.1  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.810011  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2224  hypothetical protein  30.73 
 
 
228 aa  53.1  0.000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0968  saccharopine dehydrogenase related protein  27.23 
 
 
215 aa  53.1  0.000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1882  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
213 aa  52.8  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
210 aa  52  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.02448  normal  0.211637 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3563  NmrA-like  29.47 
 
 
291 aa  52.4  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22830  putative NADH-flavin reductase  31.93 
 
 
227 aa  52.4  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.181005  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1725  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
214 aa  52  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>