More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2350 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  100 
 
 
323 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  86.34 
 
 
323 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  75.08 
 
 
323 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  67.35 
 
 
329 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2324  periplasmic binding protein  63.09 
 
 
288 aa  319  5e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0524222  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  48.29 
 
 
302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2339  periplasmic binding protein  43.3 
 
 
316 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3620  periplasmic binding protein  41.47 
 
 
297 aa  219  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  40.99 
 
 
312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  43.68 
 
 
309 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  38.82 
 
 
303 aa  210  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  41.78 
 
 
309 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1442  periplasmic binding protein  42.8 
 
 
321 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181866  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  43.24 
 
 
278 aa  205  6e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  42.91 
 
 
282 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  37.04 
 
 
294 aa  194  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  40.47 
 
 
296 aa  193  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4192  periplasmic binding protein  42.63 
 
 
320 aa  189  7e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0568253  normal  0.138797 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  37.31 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  34.21 
 
 
362 aa  176  6e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4588  periplasmic binding protein  42.52 
 
 
292 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  38.34 
 
 
302 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0182  periplasmic binding protein  40.25 
 
 
296 aa  166  5e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0861033 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  37.27 
 
 
360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0853  periplasmic binding protein  36.8 
 
 
280 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  34.64 
 
 
357 aa  157  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  38.55 
 
 
276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.5 
 
 
308 aa  153  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  36.65 
 
 
272 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2460  periplasmic binding protein  35.86 
 
 
272 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  36.69 
 
 
283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  34.2 
 
 
303 aa  146  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  34.26 
 
 
273 aa  145  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  35.1 
 
 
279 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  35.1 
 
 
279 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  35.1 
 
 
279 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  37.55 
 
 
304 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1605  periplasmic binding protein  34.4 
 
 
279 aa  142  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000278278 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  35.21 
 
 
290 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  35.36 
 
 
302 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  35.94 
 
 
308 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
317 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  36.22 
 
 
305 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  36.33 
 
 
308 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  36.22 
 
 
305 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  36.33 
 
 
308 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  36.22 
 
 
305 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0219  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  36.61 
 
 
305 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  31.63 
 
 
312 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  35.94 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  35.94 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  35.94 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  35.94 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  28.35 
 
 
284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  31.4 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  33.09 
 
 
294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  34.23 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  35.08 
 
 
270 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  31.73 
 
 
304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0324  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB  34.5 
 
 
277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295814  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  27.59 
 
 
304 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05241  ABC-type hemin transport system periplasmic component  34.62 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  31.37 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0786  periplasmic binding protein  29.41 
 
 
327 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.683071  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  32.08 
 
 
294 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  32.96 
 
 
297 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  31.7 
 
 
294 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  32.94 
 
 
271 aa  123  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  32.33 
 
 
310 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  31.46 
 
 
299 aa  122  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  30.94 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  34.2 
 
 
304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0962  periplasmic binding protein  32.58 
 
 
348 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  31.54 
 
 
290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  30.68 
 
 
290 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  30.55 
 
 
331 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  29.9 
 
 
343 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  29.87 
 
 
308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  32.34 
 
 
343 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.45 
 
 
317 aa  112  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3239  periplasmic binding protein  32.58 
 
 
306 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.720856  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5424  hypothetical protein  32.22 
 
 
297 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.233376  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  29.37 
 
 
379 aa  107  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  28.2 
 
 
355 aa  106  6e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  28.93 
 
 
335 aa  105  9e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  30.51 
 
 
295 aa  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  28.12 
 
 
289 aa  99  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01536  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  29.3 
 
 
318 aa  96.3  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0371  periplasmic binding protein  26.92 
 
 
380 aa  93.6  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  26.81 
 
 
318 aa  92.8  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2873  periplasmic binding protein  28.76 
 
 
364 aa  92  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  26.91 
 
 
309 aa  90.9  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  28.31 
 
 
380 aa  86.7  5e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  25.08 
 
 
335 aa  85.1  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  27.09 
 
 
354 aa  84.7  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  24.51 
 
 
305 aa  84  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  25.09 
 
 
315 aa  83.2  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  29.03 
 
 
307 aa  82.8  0.000000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  27.44 
 
 
315 aa  82.4  0.000000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>