More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2305 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3135  serine hydroxymethyltransferase  87.1 
 
 		 434 aa  760    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1142  serine hydroxymethyltransferase  84.33 
 
 		 434 aa  738    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 434 aa  880    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3712  serine hydroxymethyltransferase  64.35 
 
 		 426 aa  560  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.611147  normal  0.0114471 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  65.62 
 
 		 439 aa  560  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  65.14 
 
 		 438 aa  551  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  65.14 
 
 		 438 aa  552  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  65.62 
 
 		 432 aa  551  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  64.13 
 
 		 427 aa  548  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0823  serine hydroxymethyltransferase  63.9 
 
 		 431 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  62.38 
 
 		 438 aa  548  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  63.42 
 
 		 431 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2481  serine hydroxymethyltransferase  64.13 
 
 		 431 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.938329  normal  0.172432 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  62.77 
 
 		 430 aa  545  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  65.46 
 
 		 437 aa  547  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  63.74 
 
 		 431 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  64.18 
 
 		 440 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  65.07 
 
 		 424 aa  542  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  64.99 
 
 		 433 aa  537  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  63.07 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  64.42 
 
 		 432 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  63.19 
 
 		 434 aa  536  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2091  serine hydroxymethyltransferase  64.08 
 
 		 429 aa  536  1e-151  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4508  serine hydroxymethyltransferase  63.59 
 
 		 412 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.732205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  62.3 
 
 		 433 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  64.51 
 
 		 434 aa  536  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  63.94 
 
 		 433 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  63.66 
 
 		 411 aa  533  1e-150  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  64.66 
 
 		 433 aa  531  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  62.5 
 
 		 434 aa  528  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  63.99 
 
 		 412 aa  528  1e-149  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  62.5 
 
 		 434 aa  528  1e-149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  64.58 
 
 		 434 aa  530  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  62.47 
 
 		 431 aa  529  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  66.01 
 
 		 435 aa  529  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  62.56 
 
 		 432 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  62.32 
 
 		 432 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5063  serine hydroxymethyltransferase  63.53 
 
 		 424 aa  526  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0644659  normal  0.0156096 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  62.02 
 
 		 434 aa  528  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8588  serine hydroxymethyltransferase  64.15 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  62 
 
 		 431 aa  527  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  64.34 
 
 		 432 aa  527  1e-148  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1131  serine hydroxymethyltransferase  62.53 
 
 		 438 aa  523  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.584691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  60.19 
 
 		 436 aa  521  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1585  serine hydroxymethyltransferase  62.86 
 
 		 424 aa  524  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.592814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  65.45 
 
 		 424 aa  524  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  62.86 
 
 		 431 aa  520  1e-146  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3546  serine hydroxymethyltransferase  63.11 
 
 		 424 aa  518  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0791  serine hydroxymethyltransferase  64.07 
 
 		 435 aa  519  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0375384  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  63.46 
 
 		 434 aa  519  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6867  glycine hydroxymethyltransferase  61.19 
 
 		 431 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.592385 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0828  serine hydroxymethyltransferase  62.86 
 
 		 424 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  58.7 
 
 		 425 aa  516  1.0000000000000001e-145  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0055  serine hydroxymethyltransferase  61.99 
 
 		 424 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.242168 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0740  serine hydroxymethyltransferase  62.86 
 
 		 424 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4822  serine hydroxymethyltransferase  62.38 
 
 		 424 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2106  serine hydroxymethyltransferase  62.86 
 
 		 424 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  62.14 
 
 		 422 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24721  serine hydroxymethyltransferase  60.67 
 
 		 424 aa  518  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  63.83 
 
 		 433 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5022  serine hydroxymethyltransferase  63.11 
 
 		 424 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.903187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3303  serine hydroxymethyltransferase  61.99 
 
 		 424 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  63.37 
 
 		 451 aa  513  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  60.49 
 
 		 413 aa  513  1e-144  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0710  serine hydroxymethyltransferase  62.38 
 
 		 424 aa  511  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1006  serine hydroxymethyltransferase  62.62 
 
 		 424 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0471  serine hydroxymethyltransferase  62.62 
 
 		 424 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000232  serine hydroxymethyltransferase  64.32 
 
 		 431 aa  511  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5297  serine hydroxymethyltransferase  63.7 
 
 		 433 aa  514  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0571  serine hydroxymethyltransferase  63.11 
 
 		 424 aa  514  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3404  serine hydroxymethyltransferase  63.7 
 
 		 433 aa  514  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  60.63 
 
 		 432 aa  514  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1979  serine hydroxymethyltransferase  62.62 
 
 		 424 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00954911  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1868  serine hydroxymethyltransferase  63.29 
 
 		 424 aa  513  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  61.31 
 
 		 418 aa  511  1e-144  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4497  serine hydroxymethyltransferase  62.62 
 
 		 424 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5200  serine hydroxymethyltransferase  62.62 
 
 		 424 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3844  serine hydroxymethyltransferase  63.96 
 
 		 431 aa  509  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.988817  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5085  serine hydroxymethyltransferase  62.62 
 
 		 424 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.750126 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2938  serine hydroxymethyltransferase  62.07 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.684623 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0952  serine hydroxymethyltransferase  61.68 
 
 		 435 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3835  serine hydroxymethyltransferase  60.1 
 
 		 413 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00110618  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  63.22 
 
 		 434 aa  505  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05971  serine hydroxymethyltransferase  62.71 
 
 		 431 aa  505  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3283  serine hydroxymethyltransferase  62.62 
 
 		 424 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2184  serine hydroxymethyltransferase  60 
 
 		 410 aa  508  9.999999999999999e-143  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1895  serine hydroxymethyltransferase  59.76 
 
 		 410 aa  505  9.999999999999999e-143  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  59.85 
 
 		 413 aa  504  1e-141  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  59.85 
 
 		 413 aa  504  1e-141  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000358223  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  59.61 
 
 		 414 aa  503  1e-141  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  59.61 
 
 		 414 aa  502  1e-141  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  59.85 
 
 		 414 aa  504  1e-141  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2992  serine hydroxymethyltransferase  61.95 
 
 		 414 aa  502  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.802435  normal  0.346056 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0756  serine hydroxymethyltransferase  60.1 
 
 		 425 aa  503  1e-141  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1660  serine hydroxymethyltransferase  62.81 
 
 		 414 aa  503  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.445565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2312  serine hydroxymethyltransferase  60.73 
 
 		 412 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.297378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  59.61 
 
 		 413 aa  503  1e-141  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129833  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  60.73 
 
 		 427 aa  502  1e-141  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2044  serine hydroxymethyltransferase  62.81 
 
 		 414 aa  503  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.110649  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1035  Glycine hydroxymethyltransferase  59.76 
 
 		 418 aa  501  1e-141  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.314303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>